Новая Эра
Арка Поступления в Академию
Основная статья: Арка Поступления в Академию
Боруто пробуждает свое доудзюцу.
В аниме, Боруто вместе с Шикадаем Нара на вершине поезда проезжают через Конохагакуре и погружаются в диалог об отношении Боруто к учёбе. Позже, Боруто натыкается на мальчика, которого преследует группа хулиганов, и спасает его от них. Затем мальчик представляется под именем Денки, а Боруто очень удивляется тем, что он сын президента компании Каминаримон. Впоследствии, когда Денки утверждает что его отец строг с ним и требует, чтобы он изучал ниндзюцу, Боруто настаивает на том, что Денки стоит высказываться перед отцом за то, что он против своей воли не будет присоединяться к Академии. На следующий день по пути на церемонию открытия Академии Боруто увидел Денки и последовал за ним. Он узнал, что Денки собирался отомстить хулиганам которые издевались над ним. Боруто с помощью своего доудзюцу увидел странную тень на Денки и последовал за ним. Следуя за Денки, в поезде Боруто узнал, что Денки собрался отомстить хулиганам за предыдущий день, и умолял его остановить поезд от столкновения. Из-за слов Боруто, Денки пришёл в себя от влияния неизвестной теневой фигуры и осознал, что он делает, как раз почти во время столкновения. Боруто сумел перемкнуть рычаг, чтобы вывести поезд на другие рельсы. При этом, Боруто был на грани между жизнью и смертью, но Денки и банда хулиганов вовремя поймали его. После происшествия, Боруто и Денки угнали поезд, чтобы попасть на церемонию открытия учебного года в академии, и впоследствии разбили его об каменное лицо Седьмого Хокаге, из-за чего Боруто был отстранён от занятий на две недели.
Боруто бьётся с Ивабее.
Две следующие недели, Боруто обучается дома под надзором Хинаты. После возвращения В Академию, Боруто присоединился к классу Шино Абураме и представляется своим одноклассникам, после чего они начинают сплетничать, что к Боруто проявляют особое отношение как к сыну Хокаге. Вскоре после этого Боруто на тренировочном забеге занял второе место в классе. Позже, пытаясь пообедать вместе в классной комнате, Боруто, Денки и Шикадай столкнулись с учеником Ивабее Юйно, который в свою очередь был второгодником. Ивабее начал говорить о своих взглядах на силу, ниндзя и начал оскорблять Боруто. Денки заступился за своего друга под предлогом того, что Боруто хочет сделать себе имя сам без помощи отца. Ивабее, раздраженный Денки, схватил его за горло, но на помощь Денки прошел Боруто. Поскольку двое учеников начали спорить о том, что значит быть шиноби, они решили пропустить урок, чтобы уладить все в бою. В конечном счете, Боруто побеждает Ивабее, тем самым закончив борьбу и изменив мнение о себе внутри класса.
Позже, класс начал изучать сюрикендзюцу. Когда безрассудство Боруто нанесло некоторый имущественный ущерб, их учитель Шино решил, что Боруто вместе с другими учениками академии поможет в ремонте Скалы Хокаге. Во время ремонта, беспокойный Метал Ли был слишком взволнован и причинил большой ущерб лицу Хокаге. Впоследствии, Шикадай отметил боязнь к чужому вниманию у Ли и сказал, чтобы он справился с этим. На следующий день, Боруто вместе с Иноджином и Шикадаем нашли Ли, который действовал необычайно агрессивно. Правый глаз Боруто снова активировался, заметив ту же темную чакру вокруг Ли, что и у Денки прежде. Совместными усилиями, они смогли привести Ли в себя после достаточно долгого боя. Когда они извинились перед Ли за прошлый день и похвалили его за отличные боевые навыки, их группа стала намного ближе друг к другу. Позже, Боруто, обеспокоенный тем, почему только он мог видеть темную чакру, попросил маму рассказать о Бьякугане больше.
Во время классного занятия, предназначенного для ознакомления студентов с призывами, другие ученики были поражены выступлением Конохамару с призывом гигантской жабы, а Боруто не был впечатлён, из-за чего некоторые из девочек назвали его завистником. Желая проявить себя, Боруто попытался тоже вызвать жабу, но он не смог это сделать, потому что не подписал контракт с существом. Когда Боруто и другие мальчики стали спорить с девушками, Конохамару успокоил их. Позже, во время обеденного перерыва Боруто начал сражаться с Сарадой за последнюю булочку якисобы. Появился Шино, настаивая на том, чтобы мальчики и девочки соревновались в испытании с флагом. Соревнование быстро разогрелось, и многие из мальчиков были выведены из строя, пока в их команде не остались только Боруто, Шикидай и Иноджин. В отчаянии, Боруто нашел свиток для призыва и чудесным образом вызвал змееподобное существо. Существо разъярилось и напало на учеников, сбросив Чоучоу Акимичи с крыши, которую Боруто смог спасти с помощью некоторых других учеников. После того, как существо было повержено при своевременном прибытии Конохамару, конкурс закончился тем, что девушки получили флаг. Несмотря на свою победу, девочки заключили мир с мальчиками.