Предначертанная битва между братьями
После перегруппировки, Инузука Киба обнаруживает запах Саске и они устремляются к его источнику. По пути они встречают члена Акацки по имени Тоби, который встаёт у них на пути. Также он оказывается неуязвимым для их атак. Получив известие, что Саске убил Итачи, Тоби уходит, а команды 7 и 8 пытаются достичь тела Саске раньше него. Тем не менее, они терпят неудачу и возвращаются в деревню.
Описанные в этом разделе факты, персонажи, места и прочее встречаются исключительно в аниме.
Высвобождение Шестихвостого
Команда Какаши отправляется на миссию по защите Киндзюцу клана Тсучигумо. Какаши сопровождает команду 8 обратно в деревню, в то время как Ямато ведёт Сакуру, Наруто и Сая на миссию. В ходе миссии Сакура сражается с членами Магаки-шу и помогает освободить мирных жителей из-под контроля Ширанами. Когда Ширанами был остановлен, команда Какаши возвращается в Коноху.
Конец раздела.
Нападение Пейна
Сакура побеждает многоножку
Сакура присутствует в кабинете Хокаге, когда Наруто узнаёт о смерти Джирайи. Она защищает свою наставницу от обвинений Наруто в её адрес, а затем, некоторое время спустя, просит Шикамару оставить её в покое, зная, что Тсунаде тяжело переживает гибель друга. Позже, Сакура пытается помочь Шикамару в расшифровке ключа к тайне личности лидера Акацки, но их прерывает Пейн, вторгнувшийся в деревню. Сакура направляется к больнице Конохи, по пути спасая группу гражданских лиц от гигантской многоножки. Попав в больницу, она оказывает медицинскую помощь пострадавшим, несмотря на большое количество нуждающихся и нехватку Ирьёнинов.
Сакура благодарит Наруто
Когда Пейн разрушает Коноху, Сакура и другие жители деревни были спасены Тсунаде с помощью Катсую. В отчаянии, Сакура умоляет Наруто вернуться домой, и её друг словно откликается на её призыв. Израсходовав большое количество чакры, Тсунаде впадает в кому и Сакура берётся перенести её тело в безопасное место. Во время битвы, Сакура ощущает преобразование Наруто во вторую форму Кьюби, после того как Пейн нанёс смертельное ранение Хьюга Хинате. Она поручает Катсую передать сообщение сельским жителям на безопасное расстояние, в то время как сама лечит Хинату. В конце концов, Наруто побеждает Пейна и, когда он возвращается в деревню, Сакура бьёт его за принятие на себя такого большого риска, а затем обнимает в знак благодарности.
Описанные в этом разделе факты, персонажи, места и прочее встречаются исключительно в аниме.
Прошедшие действия ~Следы Конохи~
Встретив в деревне Инари и Тазуну, они вместе с Наруто сидят и обсуждают времена, когда в команде 7 ещё был Саске, вспоминая миссию со страусом.
Позже Сакура и Шизуне присматривают за находящейся в коме и исхудавшей Тсунаде. Их навещают Чоджи и Наруто. Сакура вспоминает, как на неё чихнул Наруто. У них обоих было подозрение на "вирус чакры", от которого Сакура слегла, а Наруто пытаются поймать и изолировать как источник инфекции. Наруто оказывается здоровым - "вируса" не было, а у Сакуры была банальная аллергия на насморк Наруто.
Потом к Сакуре и Тсунаде, всё ещё не вышедшей из своей комы, входит Рок Ли. Он дает Сакуре лекарство для Тсунаде, которое сделал Гай. Ли объясняет это тем, что именно Тсунаде поставила его на ноги, из-за чего он благодарен ей до самой смерти. Они начинают вспоминать, как искали целебный цветок.
Конец раздела.
Гокаге Кайдан
Сакура сообщает Наруто о коматозном состоянии Тсунаде, и что нет никакого способа вернуть её обратно. В ходе беседы они встречают Тазуну и Инари, прибывших, чтобы помочь в восстановлении Конохи. Они спрашивают о Саске, но Сакура и Наруто не вдаются в подробности, дабы избежать темы о его дезертирстве. Впоследствии, они получают известие о снятии Тсунаде с должности Хокаге и её преемнике Шимура Данзо, который отдал приказ убить Саске за его предательство. Наруто и Сакура находят Сая, чтобы спросить его, как они могут убедить Данзо изменить своё решение, но Сай не в состоянии им помочь. Омои и Каруи из Кумогакуре подслушивают их разговор о Саске, и требуют выдать информацию о нём, желая убить его за содействие Акацки в похищении Киллера Би. Эта новость сильно расстраивает Сакуру, и Наруто уводит от неё Омои и Каруи.
Сакура болезненно признаёт, что Саске должен быть остановлен любой ценой
Позже, Сай сообщает Сакуре о добровольном избиении Наруто от рук Каруи, поскольку он не хотел предавать Саске. Кроме того, он сообщает ей о намерении Наруто встретиться с Йондайме Райкаге, чтобы попытаться получить прощение за действия Саске против Кумо. Сакура не может понять, почему Наруто пошёл на всё это, но Сай объясняет, что он делает всё это из-за любви к ней и всё ещё корит себя за невыполненное обещание, которое он дал несколько лет назад. Также Сай оценивает боль, которую Сакура и Саске принесли Наруто. Шикамару присоединяется к их разговору, чтобы проинформировать их о решении Коноха 11 устранить Саске самостоятельно, так как он больше не должен очернять репутацию Конохи своими преступлениями. Эмоционально разбитая Сакура вызывается лично сообщить об этом Наруто.