После того, как Тонери забирает Хинату, чтобы жениться на ней, лишив Наруто чакры, Сакура спасает его, передавая ему свою чакру, но, в результате, она сама ослабевает на некоторое время. Позже, когда Наруто приходит в себя, и впадает в депрессию от того, что Хината «отвергла» его чувства, Сакура помогает ему восстановиться, и понять чувства Хинаты к нему, давая Наруто мужество для продолжения миссии. Вскоре, команда проникает во дворец Тонери, где они снова разделяются. Сакура с Саем спасают Ханаби, и уничтожают её телохранителей. Когда Наруто и Хината уничтожают Тенсейган, с помощью которого Тонери управлял Луной, Сакура с остальными наблюдает за тем, как Тонери теряет контроль над своей чакрой, однако, Наруто спасает его. После успешного завершения миссии, Сакура с товарищами возвращается обратно в Коноху.
Сакура Хиден
Основная статья: Sakura Hiden: Shiren, Harukaze ni Nosete
После окончания Четвёртой Мировой Войны и ухода Учиха Саске в странствие прошло около двух лет. Сакура основала детскую психиатрическую клинику. Какаши отправляет её и Ино в Сунагакуре, чтобы обсудить основание подобной клиники. Перед уходом из деревни, Сакура навещает свою наставницу Тсунаде и просит её сделать ставку против её личной жизни, поскольку она всегда проигрывает. Прибыв в деревню, Сакура и Ино узнают от Гаары и Темари, что Саске пытался возглавить террористическую организацию, а после получения отказа убил всех отступников. Гаара просит девушек оповестить Хокаге.
Какаши говорит Сакуре и Ино, что вскоре вопрос о Саске может быть рассмотрен на Гокаге Кайдан и, при показаниях Гаары, Каге ничего не останется, кроме как снова признать Саске Нукенином. Прогуливаясь по деревне, Сакура проходит мимо Академии, где Наруто стал инструктором. Он предлагает ей поучаствовать в занятиях. Затем он узнаёт от неё, что Саске подозревают в присоединении к террористической организации. Наруто, вопреки ожиданиям Сакуры, не выходит из себя, убеждённый в невиновности друга. Сакура встречается с Тсунаде, чтобы попытаться выяснить, как самозванцу удаётся скопировать чакру Саске. Варианты с Хенге но Дзюцу, Широ Зетсу и Шотен но Дзюцу отпадают, однако, Сакура приходит к выводу, что враг мог использовать волосы или кожу Саске.
Какаши объединяет Сакуру, Сая и Ино в одну команду. Те нарекают себя Ино-Саку-Сай. Троица успешно ведёт расследование, открывая всё больше и больше обстоятельств в деле Тсумики Кидо, главного подозреваемого. Прогуливаясь по деревне, Сакура замечает, что Анбу избивают Саске в переулке. Однако, девушка понимает, что это самозванец. Прежде чем ей удаётся что-то предпринять, её выводят из равновесия и она теряет сознание.
Сакура приходит в себя в убежище Кидо. Убив её на глазах Саске, он и Магире рассчитывают, что его глаза станут совершенными, после чего с их помощью они создадут наркотики из Шарингана, позволяющие пробудить этот Кеккей Генкай простым людям. Заболтав обоих, Сакуре удаётся накопить достаточное количество чакры и выбраться. Объединившись с Саем и Ино, она сражается с приспешниками Кидо, принявших наркотик Хвостатого. Затем Сакура вступает в бой с самим Кидо, который также обращается к наркотикам. Несмотря на это, она одолевает его.
Узнав, что несколько членов Анбу покинули деревню, чтобы продолжить воплощать план Кидо, Сакура и остальные отправляются перехватить их, однако, прибыв на место, они обнаруживают, что все Анбу были обезврежены. Вдали Сакура замечает силуэт Саске. Перед уходом на встречу с Ирьёнинами Суны, Сакура подталкивает Ино отправиться на свидание с Саем. Наблюдая за ними, Сакура продолжает ждать своего возлюбленного.
Коноха Хиден
Основная статья: Konoha Hiden: Shūgenbiyori
Сакура, как и все друзья Наруто и Хинаты, получает задание от Рокудайме Хокаге подготовить уникальные свадебные подарки для жениха и невесты. Сакура находит рамку, которая, по её мнению, станет идеальным подарком. Тем не менее, эту же рамку присматривает для себя Ино. Девушки начинают соперничать за неё, после чего дело доходит до физического противостояния. В итоге, обе оказываются за пределами магазина. Сакура и Ино начинают оскорблять друг дружку, а затем решают выяснить, кто из них лучший кулинар, в результате чего миссия Какаши отходит на второй план.