Саске приходит к Орочимару
Обе техники сталкиваются друг с другом, но Саске побеждает. Он стоит над бессознательным телом Наруто, вспоминая слова Итачи о том, что чтобы стать сильнее, ему необходимо убить лучшего друга. Тем не менее, Саске решает не идти по стопам брата, и щадит своего лучшего друга. Он прибывает в убежище Орочимару, и сразу же приступает к тренировкам.
Инфильтрационная миссия на мосту Тенчи
Встреча с Наруто
Саске исчезает
Спустя два с половиной года, Саске знакомится со своей заменой в команде Какаши, Саем. Невероятная сила, исходящая от Шарингана Саске, пугает Сая. Спустя некоторое время, Сай, вновь объединившийся с командой Какаши, проникает в комнату Саске, якобы пытаясь убить его. На самом же деле, проникшийся кредо Наруто, Сай хочет вернуть его в Коноху. После этого Саске устраивает мощный взрыв, освобождаясь от дзюцу Сая и разрушая часть убежища. На поверхности он сталкивается с Наруто и Сакурой, а также с временным лидером команды, Ямато. После небольшого разговора, Саске замахивается своим Кусанаги в Наруто, но его останавливает Сай.
В ходе боя, Саске проникает в подсознание Наруто и блокирует чакру Кьюби. После непродолжительной битвы с командой Какаши, и демонстрации своих новых способностей, Саске готовится применить последнюю технику, но его останавливает Орочимару. Затем Саске, вместе с ним и Кабуто, покидает убежище Саннина.
Описанные в этом разделе факты, персонажи, места и прочее встречаются исключительно в аниме.
Появление Треххвостого
Саске, тренируясь у водопада, видит одного из подчинённых Орочимару, Юкимару. Во флэшбеке Гурен, сила юного Учиха производит на неё впечатление. Когда Наруто находится в желудке Санби, он видит иллюзию Саске.
Конец раздела.
Миссия по поиску Итачи
Саске "убивает" Орочимару
Некоторое время спустя, Орочимару решает проверить способности Саске, выставив против него сотню воинов из Отогакуре. Тем не менее, Саске не убивает никого из них, оставаясь милосердным. Вскоре Саске проникает в комнату ослабленного Орочимару, и открыто заявляет, что не одобряет его деятельность, и не желает отдавать своё тело. Тот пытается завладеть телом Саске с помощью Фуши Тенсей, но, с помощью Шарингана, Саске сам поглощает его.
Саске и его команда
Чтобы противостоять любому врагу на своём пути и отыскать Итачи, Саске решает собрать команду. Сначала он освобождает Хозуки Суигетсу, затем Карин, которая идёт с Саске только потому, что влюбилась в него. После этого они вербуют Джуго из тюрьмы Орочимару. Тот первоначально оказывает сопротивление, однако Саске, который напомнил ему его старого друга Кимимаро, удаётся переубедить Джуго.
Саске против Дейдары
Команда Хеби разделяется, так как все четверо ищут Итачи в разных направлениях. Во время поисков, они сталкиваются с Каге Буншин Наруто, понимая, что Коноха также заинтересована в поимке Итачи. В своих поисках, Саске встречает членов Акацки, Дейдару и Тоби, которые тут же нападают на него. В ходе боя, Саске избегает бомб Дейдары. От него он хочет узнать местоположение Итачи, в то время, как Дейдара хочет убить Саске, из-за ненависти к шарингану и самому Саске, не признающему искусство Дейдары. В попытках убить Саске, Дейдара подрывает себя, однако Саске выживает, спрятавшись во рту Манды. Благодаря поглощению Орочимару, Саске очень быстро восстанавливается, после чего он встречает Итачи в одном из старых убежищ Акацки. Но это оказывается клон, который указывает Саске дорогу к Итачи. По дороге к Итачи, четверку останавливает Кисаме, который по просьбе Итачи пропускает только Саске.
Предначертанная битва между братьями
Начало долгожданного сражения
Саске доходит до места, где его ожидает Итачи. Во время их встречи, тот говорит, что хочет обладать Вечным Мангекё Шаринганом, который способен противодействовать его потери зрения. Через его Гендзюцу, Саске узнаёт о Учиха Мадаре и Учиха Изуне, которые были первыми, кто пробудил Мангекё Шаринган.
Брат против брата
В ходе сражения, Итачи одерживает преимущество, несмотря на то, что ему не удается увернуться от самых примитивных атак. Во время столкновения их Катон: Гокакью но Дзюцу, Итачи якобы сжигает Саске с помощью Аматерасу. На самом же деле тот выживает и притворяет в жизнь свою сильнейшую технику - Кирин, разрушив убежище клана Учиха.