Окончание битвы
Несмотря на это, Итачи выживает, укрывшись сильнейшей техникой Мангекё Шарингана, Сусаноо. У Саске не остаётся другого выбора, кроме как освободить Орочимару, заключенного в нем. Саннин облачается в восьмиглавого змея. Тем не менее, Итачи запечатывает Саннина с помощью Тотсука но Тсуруги, и собирается добить Саске, однако, в самый последний момент схватки, Итачи погибает загадочным образом.[34] Увидев, что его злейший враг наконец-то умер, Саске ухмыляется, и падает, теряя сознание.
Саске в разговоре с Тоби
Саске клянётся уничтожить Коноху
После сражения, Тоби находит Саске, и забирает его и тело Итачи. Тоби говорит Саске, что он никто иной, как Учиха Мадара. Он приоткрывает свою маску, дабы показать Шаринган, тем самым подтверждая, что он - Мадара, однако из глаза Саске появляется Аматерасу, и попадает на Тоби, однако тот выживает. Тоби рассказывает Саске о том, что всё это было обманом Итачи, и он рассказывает историю заговора клана Учиха против Хокаге.[35]Здесь становится ясно, что Итачи всего лишь хотел защитить своего брата, и даже был готов пожертвовать собой. Сражение против Саске было всего лишь трюком, с целью, с одной стороны - снять влияние Орочимару на Саске, а с другой - передать ему свою силу и сделать героем Конохи. Узнав всю правду, Саске заливается горькими слезами, устремляя свой взгляд в закат. Пробудив Мангекё Шаринган, он заявляет о реорганизации Хеби в Така. Их следующей целью он называет уничтожение Конохи, деревни, которая погубила его брата.
Нападение Пейна
Така перед Киллером Би
Саске, со своей командой Така, вступает в союз с Акацки. С этого момента, он планирует ликвидацию Конохи и особенно, как он рассказывает своей команде, убийство старейшин. Така получает от Тоби задание - поймать Хачиби. Когда Саске, Джуго, Суигетсу и Карин прибывают в Кумогакуре, они встречают Джинчурики Хачиби, шиноби Кумогакуре по имени Киллер Би.
Саске против Киллера Би
Би оказывается мастером Кендзюцу. В бою с Така, он орудует семью мечами. Би прибегает к использованию чакры Хачиби, и наносит Саске критическое ранение. Чтобы спасти своего товарища, члены Така идут на большие жертвы. В итоге, Би полностью превращается в Хачиби, а Саске поджигает его Аматерасу. Така доставляют его к Тоби. Однако, Джинчурики Хачиби спрятался, превратив отрезанное щупальце в себя. Теперь Саске планирует нападение на Коноху.
Гокаге Кайдан
Така направляются в Коноху, однако им преграждает путь Тоби. Он недоволен, что Така не удалось захватить Джинчурики Хачиби. Рядом с ним появляется Зетсу, который сообщает, что один из советников Хокаге, Шимура Данзо, сейчас находится на Гокаге Кайдан в Тетсу но Куни. После того, как команде Така и Зетсу удаётся пробраться в здание, они попадают в засаду самураев.
Саске против Райкаге
Вскоре на их пути встаёт Йондайме Райкаге, брат Киллера Би, который собирается убить Саске. Сражение отбирает у него много сил. В отчаянии, Саске активирует свой Мангекё Шаринган, пробуждая способность к манипуляции Аматерасу. Это пламя попадает на руку Йондайме Райкаге, который затем готовится добить раненного Саске.
Саске в бою с Гаарой
Сражение прерывает Гаара, который безуспешно пытается воззвать к нему. Несмотря на это, Саске не собирается останавливаться. В итоге, Гаара, Канкуро, Темари и Даруи одновременно атакуют Саске, но тот активирует Сусаноо, разрушая колонны, что приводит к разрушению зала. Саске уходит, захватив с собой Карин, чтобы догнать свою настоящую цель - Данзо, однако тот спасается бегством, и на Саске нападают Годайме Мизукаге и Чоджуро. Будучи уже уставшим, Саске почти проигрывает ей, однако Зетсу спасает его с помощью своих спор, но в конце-концов его атакует Сандайме Тсучикаге, и, по-видимому, убивает, но вдруг появляется Тоби с телом Саске на плече, и телепортирует его и Карин.
Саске против Данзо
Тоби материализует обоих, когда встречается с Данзо, чтобы Саске сражался с ним. Выясняется, что правая рука Данзо оснащена ДНК Шодай Хокаге и имплантированными Шаринганами. Во время боя, Данзо подтверждает правду об Итачи, что лишь усиливает ненависть Саске. Данзо избегает его атак, используя Изанаги, однако, после потери всех глаз, он оказывается в безвыходном положении. Шимура берёт в заложницы Карин, но это не останавливает Саске, и он пронзает обоих своим Чидори Эйсо. Перед смертью, Данзо пытается погубить Саске и Тоби, но те избегают его финальной техники.
Саске вновь сражается с Наруто
После того, как Саске убивает Хокаге, появляется Сакура, которая заявляет о своём желании перейти на его сторону. Саске, понимая, что это обман, заставляет её убить Карин, после чего атакует со спины, но девушку спасает Какаши. Между ним и Какаши разворачивается поединок. Впоследствии, Саске вновь пытается убить Сакуру, но её спасает внезапно появившийся Наруто. Саске продолжает бой с бывшими товарищами. Между ним и Наруто вновь происходит диалог, который сеет сомнения в душе Саске. Он уходит с поля боя вместе с Тоби и Зетсу. Так как из-за частого использования Мангекё Шарингана Саске почти ослеп, он отправляется с Тоби в убежище Акацки, и просит его пересадить себе глаза Итачи, с помощью которых он планирует разрушить деревню.