Сражение Обито
В конечном итоге, Саске объединяет своё Сусаноо с Курамой Наруто. Путём совместной работы, из Обито вытягивают Чакру Биджу, и он теряет силу Шинджу. Саске собирается добить умирающего Обито, но его опережает Какаши, который, однако, не убивает Обито из-за вмешательства Минато.
Мадара пронзает сердце Саске
Альянсу удаётся одержать победу над Учиха Обито и освободить всех Биджу. Спустя некоторое время, полумёртвого Обито берёт под контроль Куро Зетсу, и заставляет его воскресить Мадару. Мадара обретает собственное тело, но лишается глаз, так как потерял их при жизни. Отделавшись от Аматерасу Саске, Мадара забирает Сенчакру Шодай Хокаге. Саске немедля атакует Мадару, который предлагает ему сотрудничать, но тот отказывается.
Саске и Наруто перед Мадарой
После этого, Зетсу приносит одно из глаз Мадары, и тот побеждает всех Биджу, а затем запечатывает их в Гедо Мазо. Саске отправляется навстречу Мадаре, но Шодай Хокаге просит его принять свою технику. Вскоре, Саске вновь атакует Мадару, но тот перехватывает его Кусанаги, и вонзает его в сердце Саске. Силы начинают покидать тело Саске. Он пытается остаться в живых, мотивируя себя воплощением в жизнь мечты Итачи, но, в конечном итоге, он теряет силы. Саске предположительно погибает. Рядом с телом Саске Карин обнаруживает личность, чья чакра не предвещает ничего хорошего.
Наруто и Саске против Мадары
Орочимару и Така наконец добираются до тела Саске. Таинственным человеком, который стоит рядом с ним, оказывается Кабуто. Ему удалось выбраться из Изанами Итачи и найти свою истинную сущность. Тронутый любовью Итачи к своему брату, Кабуто настроен спасти жизнь молодому Учиха. С помощью своего Ирьёниндзюцу и опыта исследований ДНК Сенджу Хаширамы, под контролем Тобирамы, Кабуто принимается лечить Саске. В своём подсознании Саске встречает Рикудо Сеннина, и тот одаряет его частицей своей силы. Спустя некоторое время, Саске приходит в себя, и отправляется на помощь Наруто в битве против Мадары. Когда Мадара возвращает свой левый Риннеган, он активирует Муген Тсукуёми. Саске прикрывает себя и товарищей по команде своим Сусаноо, тем самым избежав действия Гендзюцу.
Нападение Отсутсуки Кагуи
Команда 7 побеждает Кагую
Вскоре, Куро Зетсу предаёт Мадару, после чего тот начинает поглощать чакру всех жертв Муген Тсукуёми. Он не справляется с контролем, отчего надувается, а его место занимает Отсутсуки Кагуя - прародительница чакры и мать Хагоромо. Понимая, что объединение сил Наруто и Саске может запечатать её, Кагуя разделяет их, отправляя Саске в пустынное измерение. Благодаря Обито и Сакуре, ему удаётся сбежать оттуда, и вернуться в битву против Кагуи. Вместе с Наруто, он использует Рикудо Чибаку Тенсей, благодаря чему запечатывает Кагую, а также Куро Зетсу. В реальном измерении, Хагоромо, с помощью всех предыдущих Каге, возвращает команду Какаши и девять Биджу в реальный мир.
Финальная битва Саске и Наруто
После отправки Каге в Джодо, Саске неожиданно заявляет о своём намерении устроить революцию в мире шиноби, убив всех предыдущих Каге. Таким образом, он погружает Биджу в Гендзюцу, и захватывает их при помощи Чибаку Тенсей. Сакура пытается остановить Саске, но тот погружает и её в Гендзюцу. Он вызывает Наруто на финальный поединок в Шуматсу но Тани. Прибыв туда, Саске объясняет ему своё понимание слова Хокаге, после чего между ними начинается бой. В ходе боя, Саске использует своё Сусаноо, как сосуд для всех Биджу, после чего противостоит Наруто в Биджу Модо.
Наруто и Саске примиряются
В итоге, оба противника оказываются истощены. Поглотив чакру Кьюби внутри Наруто, Саске готовится убить его своим Чидори. Наруто отбивает удар Саске и создаёт Расенган, в то время, как тот формирует заряд Чидори в сочетании с Аматерасу. Столкновение техник приводит к разрушению Шуматсу но Тани. Сами же Наруто и Саске лишаются по одной руке, однако Саске, увидев в Наруто Итачи, признаёт своё поражение, что свидетельствует о возобновлении их дружбы. Вскоре на развалины Шуматсу но Тани прибывают Какаши и Сакура, которая обрабатывает раны своих товарищей. Саске извиняется перед всеми ними. Затем он и Наруто развеивают Муген Тсукуёми.
Промежуточный период
Саске прощается с Наруто
Наруто возвращает Саске его старый протектор
По окончании Четвёртой мировой войны Ниндзя, Саске был посажен в тюрьму, в то время как Каге определяли его дальнейшую судьбу.[47] Несколько месяцев спустя, благодаря просьбе Какаши, как нового Рокудайме Хокаге, и героя войны, Наруто, а также с учётом того, что он помог развеять Муген Тсукуёми, с него снимается уголовная ответственность. Саске решает покинуть деревню и отправиться в странствия, чтобы понять, как ему теперь смотреть на мир шиноби. На просьбу Сакуры взять её с собой, Саске говорит, что это его путь и что он должен самостоятельно исправить свои ошибки и увидеть этот мир. Тем не менее, Саске прикасается к её лбу двумя пальцами, как это делал ему Итачи, и благодарит её за всё. По пути он встречает Наруто, который передаёт ему его старый протектор.