Руководству союзов ЕХБ Советы предложили "военный вопрос". Дело в том, что в царское время баптисты свободно смотрели на военную службу, как на свой гражданский долг. Революция же и, особенно, братоубийственная Гражданская война заставили многих братьев пересмотреть свое отношение к военной службе и пойти на отказ. Так появилась на съездах ЕХиБ Резолюция по военному вопросу: "Поступать согласно своих религиозных убеждений". Этому содействовал и изданный в 1919 году Декрет Ленина об освобождении верующих от военной службы по религиозным убеждениям. После смерти Ленина новые власти стали рассуждать так: если баптисты в царское время могли идти на войну и защищать Родину, то почему они отказываются это делать при Советской власти? Значит они враги Советской власти? Поэтому Советы предложили руководителям союзов ЕХиБ под страхом закрытия этих союзов и их общин ясно высказаться по военному вопросу на своих съездах и принять соответствующие Резолюции.
Итак, братья И.С.Проханов и И.А.Голяев и их помощники встали перед тяжелым выбором: если оставаться на прежних позициях, то есть придерживаться старой Резолюции: "Поступать согласно своих религиозных убеждений", иначе говоря, не признавать всеобщую воинскую повинность, то надо с клеймом врагов народа идти в "катакомбы" с вытекающими оттуда горестными последствиями. У большевиков не дрогнет рука расправиться с сектантамитак, как они расправились с православием. Если же принять новую Резолюцию: "Служить наравне со всеми гражданами", то неминуемо в Братстве произойдет раскол, так как многие видные работники в центре и на местах и даже целые Объединения твердо стояли на позициях невзятия оружия. Безбожие в обоих случаях выигрывает: хоть разгром, хоть раскол. Но раскол для него лучше. Разгромить они всегда успеют, 30-е годы не за горами. А сейчас нужно сохранить фасад видимой свободы для признания молодой Республики капиталистическими странами,
В этом направлении начинает усиленно работать Лубянка (ОГПУ – Объединенное Государственное Политическое Управление и внутренняя тюрьма на Лубянской площади в Москве) и такое же заведение на Гороховской и Шпалерной улицах в Ленинграде. Эти органы вызывают в свои апартаменты руководителей обоих союзов и давят на них. Кто понял "неблагоприятно сложившуюся к тому времени обстановку", тот созывал Пленумы, съезды и принимал Резолюцию "Служить наравне со всеми гражданами". Кто не понял, тот освобождался от председательского поста (И.А.Голяев) или переходил в другие здания с решетками на окнах и следовал дальше в Туруханский край или на Соловки (М.Д.Тимошенко, И.Н.Шилов, А.П.Петров и другие братья).
Так, к примеру, все руководство Северного Союза Баптистов во главе с Председателем И.Н.Шиловым и его заместителем, пресвитером центральной общины "Дома Евангелия" в Ленинграде А.П.Петровым, было не допущено на 26-й съезд Баптистов в 1926 году, а арестовано и освобождено на короткое время после окончания работы этого съезда. ( Журнал "Сеятель Истины" "Воспоминания изгнанного за веру". Варшава. 1933 г.)
Но к славе нашего Господа и к чести великого Братства ЕХиБ, не произошло ни разгрома, ни раскола. Те делегаты съездов, которые стояли на позиции невзятия оружия, при голосовании за Резолюцию "Служить наравне со всеми гражданами" или оставались при своем особом мнении, или присоединялись к большинству голосов, не создавая проблем. Так же и братья, которые проводили свой "съезд" в тюрьме, имели мудрость и любовь к Братству и не пошли в раскол.
Таким образом, руководители обоих союзов проявили большую мудрость в сложной политической обстановке и сохранили возможность официально существовать, свободно проводить собрания и проповедовать Евангелие еще некоторые годы. Атеизм потерпел поражение.
Но Безбожие оказалось не из тех, кто при первой неудаче складывает свое оружие. Уже вскоре после съездов 1926 года стали публиковаться в газетах порочащие евангельских христиан и баптистов статьи, выходить ведомственные и правительственные циркуляры. В 1929 году на съезде Воинствующих Безбожников была принята Резолюция: "Религиозные организации, в лице их верхушек, проповедников, активистов, являются политической агентурой и военно-шпионскими организациями международной буржуазии". К ним причислялись и евангельские христиане-баптисты.