Государство требовало от ордена жестких политических решений, орден должен был выбрать между миссионерской деятельностью и государственными обязанностями; подавив уже третье восстание пруссов, орден решился на вынужденные меры: государство строилось на принципе силы, а развитие его должно было подчиняться определенным законам; этого требовали задачи ордена. Последнее восстание, разразившееся в 1260 году и окончательно подавленное лишь в 1283 году, не только разрушило административную систему, которая была создана для управления покоренными пруссами, но и нанесла непоправимый ущерб уже немецким колониям — стремительно развивающимся городам и открытым поселениям. К концу века Пруссия была полностью покорена, а население ее приняло христианскую веру.
Пока резиденция великого магистра находилась в Акконе, а сам он жил в Средиземноморье или в Германии, прусскую ветвь ордена и тамошнюю административную систему возглавлял ландмейстер. Роль главной резиденции ордена играл Эльбинг. В Кульмской земле, управляемой настоятелем-комтуром, орденом было образовано множество мелких комтурств, территории которых совпадали с прежним (действовавшим при польских правителях) делением. В самой Пруссии комтурства либо примыкали к Ногате, как Мариенбург и Кристбург, либо простирались от побережья до границы с Мазовией по всей ширине территории. Так, комтурства Эльбинг, Бальга, Бранденбург и Кенигсберг узкими и длинными полосами тянулись в глубь страны, а их административные центры располагались на побережье. Поэтому на юге понадобилось создать еще несколько комтурств. Наконец, и те комтурства, что были созданы на Мемеле — Мемель и Рагнит — обрели свою водную артерию. Сами комтурства, в свою очередь, делились на более мелкие территориально-административные единицы, подвластные фогтам, и далее (или параллельно) на попечительские и лесные службы. В каждом комтурстве в замке была резиденция конвента, состоявшего как минимум из 12 братьев, по числу апостолов. Такие замки, весьма немалых размеров, выполняли одновременно две функции — крепости и монастыря; крепости поменьше предназначались для менее значимых административных задач и служили скорее военным целям.
И вот эта весьма четкая и ясная система, которая, конечно же, подчинялась уставу и основывалась на значительной децентрализации самого ордена и его административного аппарата, была нарушена образованием в Пруссии четырех епископств. В 1234 году ордену дано было имя святого Петра, и, как было обещано курией, в 1243 году папский легат разделил Пруссию на четыре епископства. Так появились: Кульмское епископство, занимавшее особое место, поскольку именно здесь трудился первый епископ-миссионер Кристиан; резиденция епископа находилась в Кульме, а кафедральный собор в Кульмзе; здесь же проходил соборный капитул; Помезанское епископство, названное так в соответствии с одной из областей Пруссии (к востоку от Вислы и к северу от Оссы), с резиденцией епископа в Ризенбурге{47} и кафедральным собором в Мариенбурге; Эрмландское епископство с кафедральным собором во Фрауэнбурге{48} и, наконец, Самландское епископство с кафедральным собором в Кенигсберге и резиденцией епископа в Фишхаузене{49}. Теперь внутреннее деление орденских земель определялось еще и тем, что каждый епископ получал треть епископства, в котором он нес службу, в качестве самостоятельного владения, отдавая в свою очередь треть своему соборному капитулу. Столь монолитное внешне орденское государство внутри состояло из множества мелких владений, которые выполняли две основные государственные функции — внешнеполитическую и военную — и, разумеется, подчинялись ордену. «Монолитность» государства сохранялась еще и потому, что три из четырех соборных капитулов входили в состав ордена, а каноники и избранные ими епископы принадлежали к числу братьев. Из этой системы выпадало лишь Эрмландское епископство. Часть епископства, по форме напоминавшая клин, узким концом выходила на побережье залива Фришес-Хафф, а широким простиралась в глубь материка; эта территория представляла собой угрозу целостности прусского государства и в 1466 году действительно вышла из его состава. Таким образом, единство прусского государства основывалось не только на сплоченности ордена; как и на более поздних этапах, многое определялось неизменностью его установок, а также общностью интересов, благодаря которой в условиях изменившейся административной схемы сохранялось весьма эффективное (хотя более никак не закрепленное) внутреннее равновесие.