Смысл этой покупки (надо сказать, никаких враждебных шагов против самой Помереллии не предпринималось) становится понятным лишь в контексте общей ситуации в области нижней Вислы. Река не разъединяла, а соединяла берега. Теперь крепнущему орденскому государству, подступившему к Висле с востока, надлежало двинуть свои силы на противоположный берег. Об этом свидетельствуют и другие, не столь значительные, мирные завоевания. Еще в XIII веке, завоевав область Меве к западу от Вислы и выровняв затем ее границы, орден вынужден был отказаться от дальнейших территориальных притязаний, но все-таки включился в политическую борьбу за Помереллию. Еще в те времена, когда орден начал завоевание Пруссии, германские переселенцы, жители Данцига и Диршау и прилежащей сельской местности, захватили области к западу от нижнего течения Вислы. Теперь же ордену принадлежала вся эта область, таким образом, был завершен целый этап в развитии государства, начавшийся еще несколько десятилетий назад. Теперь земли ордена имели прямое сухопутное сообщение с Германской империей, что благоприятно сказалось на экономических связях и способствовало притоку крестоносцев и наемников.
Пока прусское государство разрасталось и обретало все больший вес внутри Немецкого ордена, Запад утратил свои последние позиции на Востоке: в 1291 году Аккон перешел в руки мусульман. В обороне участвовали и братья Немецкого ордена. С большой неохотой орден навсегда распрощался со Средиземноморьем и крестовыми походами в Святую землю. Вначале резиденция великого магистра была перенесена в Венецию, поближе к изначальной цели ордена и его обширным южным владениям. Но после завоевания Помереллии прусское государство оказалось в центре орденского бытия. Грандиозные задачи стояли перед братьями в Пруссии. Теперь сюда должны были хлынуть доходы с германских владений ордена (а распоряжался ими великий магистр), которые прежде тратились на завоевание Святой земли. Прусское государство представляло собой четкую структуру, поэтому и к выбору центра надлежало подойти взвешенно. Удобное расположение по отношению к Помереллии и всей Пруссии имел Мариенбург; он и стал теперь главной резиденцией ордена. Перенос резиденции стоил ордену немалых трудов, а осуществил его Зигфрид фон Фейхтванген. Первый великий магистр, который был избран уже после переноса «центра тяжести» ордена, Карл фон Трир, был встречен в штыки прусской ветвью ордена и по-настоящему признан только за пределами Пруссии. Лишь после его смерти в 1324 году исчезла должность ландмейстера в Пруссии. С тех пор во главе всего ордена, в том числе и прусской его ветви, стоял великий магистр; следующими по значимости были германский магистр, возглавлявший орден в Германии, и магистр в Ливонии.
Перенос резиденции великого магистра в Пруссию изменил и отношение великого магистра к прусскому государству. Теперь орден был сувереном в Пруссии. Осуществление высших административных задач и представительских обязанностей, особенно принесение присяги на верность при передаче власти, фактически превращало великого магистра в удельного князя. Столь независимое его положение сохранялась до тех пор, пока орден шел в гору. Но у великого магистра по-прежнему были обязательства перед конвентом, зафиксированные в статутах ордена: именно эти кандалы и сковали в XV веке административный гений великого магистра Генриха фон Плауэна.
Включение Помереллии в прусское государство серьезно осложнило его отношения с Польшей. Но дело было не только в этом: внутренне сплотилось и польское государство. Консолидация политических сил внутри орденского государства и аналогичные процессы в Польше усугубляли внешнеполитические трения. В XIV веке конфликт был уже неизбежен. И поскольку в это время укрепилась и литовская государственность, уже в первой трети XIV века сложилась некая политическая система, объединившая всю Восточную Европу, которая, в конце концов, включилась в историческое противостояние между императором и папой. Земли ордена объединились в союз с Богемией и Бранденбургом; Силезия, даже польское княжество Мазовия, сохранявшее относительную независимость до XVI века, а также Померания некоторое время тоже были по эту сторону фронта; на востоке он охватывал Красную Русь, которой угрожали и Литва, и Польша. По другую сторону фронта Польша и Литва объединились и на какое-то время захватили Померанию. Фоном для этой политической системы служило историческое противостояние папства и императора, которое в тот момент продолжили Иоанн XXII и Людвиг Баварский. Немецкий орден, прежде всего та его часть, что подчинялась германскому магистру, как и в момент своего основания, хранил верность императору. В решающий момент братья Немецкого ордена встали на сторону германского короля. По другую сторону была Польша, которую с курией связывали общие церковные, финансовые, а также чисто политические интересы. Таким образом, противоречия между орденом и его духовным патроном серьезно усугублялись союзом между Польшей и папой.