Тем не менее понятия «хозяин страны» и «орден» не являются идентичными. В обычной картине структуры государства ордена, а также в изложении, которое простоты ради говорит об ордене как о хозяине земли, отсутствует упоминание о том, что он вовсе не был единственным хозяином в Пруссии. Хозяевами земли, кроме него, были четыре епископа.
После того как сопернику ордена, епископу Христиану, не удалось создать единое епископство Прусское (см. с. 72), в 1243 году папские легаты учредили четыре епископства: Кульм, Помезанию, Вармию и Самбию. При этом каждое епископство получило свою территорию — треть епископского округа — диоцеза. В этой трети диоцеза хозяином был не орден, а епископ или соборный капитул, ибо епископы делили владычество с капитулами. Поэтому на деле Пруссия состояла из девяти территорий: четыре принадлежали епископам, четыре — капитулам и одна — ордену. Последняя была самой обширной: ордену принадлежало две трети земель.
Впрочем, в политическом плане орден пользовался правом не только в своей части владений, поэтому бытующее мнение, что орден — единственный хозяин в Пруссии, если и не совсем верно, то все же понятно и небеспочвенно. Орден пользовался правом на территориях епископов и капитулов по двум причинам. Во- первых, изначально в его задачу входило защищать также и области епископов и капитулов. Правда, подданные епископов и капитулов несли воинскую повинность, как и владельцы земель, пожалованных орденом. Но в случае войны те и другие формировали единое войско на территории ордена. Исполняя данную военную задачу, орден имел право, как и на других территориях, взимать соответствующие подати. Впрочем, епископы и капитулы взяли на себя защиту собственных территорий. Когда незадолго до битвы при Танненберге верховный магистр по совету своих служащих, то есть высшей администрации ордена, объявил войну, то это относилось не только к территории ордена, но и к Пруссии в целом. Епископы и подумать не могли о том, чтобы проводить собственную внешнюю политику. Такое бывало лишь в исключительных случаях, например после битвы при Танненберге, когда они подчинились королю Польскому.
Итак, военную самостоятельность, полученную с оговорками, и отсутствие внешнеполитической самостоятельности прочих территорий невозможно уяснить с помощью законов, договоров и иного актового материала. О них свидетельствуют факты, в частности тот (это вторая главная причина господства ордена и на остальных прусских территориях), что капитулы Кульма, Помезании и Самбии были инкорпорированы в Немецкий орден. Каноники были братьями священниками Немецкого ордена, как и епископ, если на то не было возражения Папы. Тем самым епископы и капитулы были дисциплинарно подчинены верховному магистру. Верховный магистр и орден могли в известной мере определять, кому в этих трех (или шести) землях должна принадлежать высшая власть. Кроме того, орден мог присваивать земли, назначая церковных фогтов, то есть тех должностных лиц, которые на других территориях принадлежали семьям местной знати и служили созданию их собственных владений, а нередко и других территорий.
Фактически какое-то время орден занимал известное место и в неинкорпорированном епископстве Вармия. Кафедру в Вармии иногда занимал доверенный верховного магистра. И все же это епископство обладало большей самостоятельностью, чем остальные. Это проявилось в середине XV века, когда Немецкий орден добивался хотя бы частичной инкорпорации капитула. Верховному магистру удалось получить от Папы Николая V право назначать двух из 24 вармийских каноников, но эта привилегия не осуществилась. Капитул и епископ Франц Кушмальц, между прочим тесно сотрудничавший с орденом, сумели постоять за себя.
Значит, не следует недооценивать самостоятельности епископств. С другой стороны, в первой половине XV века наблюдается слияние территорий епископств и капитулов с орденскими владениями. В противостоянии с прусскими сословиями верховный магистр, должностные лица ордена и епископы обычно действовали сообща. Но и сословия начинали управлять страной совместно. Темы, которые они обсуждали с хозяевами земли во время переговоров, нередко касались всей страны, независимо от того, чья это была территория. И только проводя внешнюю политику, выступая против Польши и Литвы, Пруссия представляла единство. И все же территории епископов и капитулов продолжали существовать особняком от территорий ордена. Впрочем, на вопрос, кто же был реальным хозяином последних, ответить не просто. Кто правил в Пруссии: верховный магистр, все рыцари ордена или часть их?
Однозначного ответа нет, хотя в распространенном представлении о системе правления в государстве ордена в Пруссии присутствует мнимая ясность. В отличие от прочих немецких территорий позднего Средневековья, Пруссии были присущи стройные политические структуры, единое правление и весьма четкое распределение служебных обязанностей. Говорят даже, что многое из этого служило прообразом форм правления Нового времени. Такое мнение порождают письменные нормы, которые на деле являлись или должны были являться составной частью жизни братьев ордена: устав и дополнения к нему.