Елизавета Феодоровна и ее спутницы были отправлены сначала в Пермь. Имеется ее последнее письмо сестрам обители, где она благодарит за их письма, согревающие ее исстрадавшееся сердце, где продолжает утешать их своими чудными молитвенными словами и вспоминает последние их совместные минуты: «…Дорогие мои детки, слава Богу, что вы причащались: как одна душа вы все стояли перед Спасителем… О, как теперь вы будете совершенствоваться в спасении. Я уже вижу начало благое. Только не падайте духом и не ослабевайте в ваших светлых намерениях, и Господь, Который нас временно разлучил, духовно укрепит…».
Далее путь их следовал через Екатеринбург, где в эти дни уже находилась в заточении императорская семья. Встреча между ними осталась за пределами надежд.
20 мая 1918 года арестованные сестры, соединенные с шестью узниками — родственниками императорской семьи и одним верным служащим — были привезены в Алапаевск, где их поместили на краю города в здании школы. Несмотря на все душевные и телесные тяготы, жизнь заключенных в Алапаевске протекала в большой дружбе и взаимной любви. Общее положение сроднило их. Все старались что-то делать, даже работали в огороде. Елизавета Феодоровна, хорошо знающая этот труд, руководила посадками. Первое время им разрешено было ходить в церковь.
Но око новой власти из центра следило за ними. Все шло по их коварному плану. Через месяц жизнь заключенных резко изменилась. Были отобраны личные вещи и деньги. Их лишили последнего утешения — посещения церкви.
Инокиня Екатерина уговорами и устрашениями была изъята из маленького сестринского общества. Варвара же осталась непоколебимой. Она заявила, что готова дать подписку даже своей кровью и что желает разделить судьбу с Матушкой.
Крестовая сестра Марфо-Мариинской обители Милосердия Варвара Яковлева явилась первой, направившейся по стопам Великой княгини Елизаветы. Она была келейной сестрой настоятельницы и одной из самых ей близких сестер. Но не гордилась этим, была ласкова и доступна, и все любили ее. Пока остается многое о ней неизвестным. Но теперь очевидно навсегда, что она осталась верной своей Высокой матушке до конца и добровольно пошла за ней на страдания и смерть во имя Христа: «Нет больше той любви, как если кто положит душу свою за други своя» (Ин. 15,13).
В ночь с 17 на 18 июля, когда Православной церковью празднуется память преподобного Сергия Радонежского, узников в нескольких повозках повезли к старому железному руднику, в направлении деревни Синячихи. Для своего зверского плана палачи выбрали Нижнеселимскую шахту, глубиной в шестьдесят метров. Стены шахты были выложены полусгнившими бревнами. Узников поставили перед черной дырой шахты. (Вблизи шахты находился местный крестьянин. Он видел всё и слышал всё .) С площадной руганью палачи стали бросать свои жертвы в эту шахту, избивая их прикладами.
Первой столкнули в зияющую чернотой яму Великую княгиню Елизавету. Она громко молилась и крестилась: «Господи, прости им, не знают, что делают!» Потом стали бросать остальных. Всех столкнули живыми, кроме великого князя Сергея Михайловича. В последний момент он стал бороться с палачами, схватив одного из них за горло, и был убит.
Л.П. Миллер приводит выдержку из газеты «Новое русское слово» от 11 августа 1984 года (Нью-Йорк), где была помещена статья Радина с рассказом одного из палачей алапаевских узников (по всей видимости, переданным от одного к другому и ставшим страшным, но важным свидетельством): «Рябов и другие изуверы, побросав свои жертвы в шахту, думали, что они утонут в воде, которая находилась на дне шахты. Но когда они услышали их голоса, то Рябов бросил туда гранату. Граната взорвалась, и наступила тишина. Потом опять возобновились голоса и послышался стон. Рябов бросил вторую гранату. И тогда палачи услышали, как из шахты понеслось пение молитвы «Спаси, Господи, люди Твоя». Ужас охватил чекистов. В панике они завалили шахту хворостом и валежником и подожгли. Сквозь дым еще долетало до них пение молитв…» Эта свирепая расправа с невинными была до того адски страшна, что даже некоторые ее участники не выдержали. Двое из них сошли с ума. Это было их спасением: для Царства Небесного такой человек вполне благонадежен — рассудка нет, а сердце может каяться (прим. В.М. Ереминой).
…Накануне, 17 июля, произошло зверское убийство Царской семьи…
Когда в сентябре армия адмирала Колчака заняла район Екатеринбурга и Алапаевска, началось расследование, в том числе при помощи местных жителей, злодеяний большевиков по убийству императорской семьи, их родственников и сестер Марфо-Мариинской обители.