А между тем, Гаагская конвенция не давала Японии права на пленение их. Нарушение конвенции быстро определили в Петербурге.
Российское общество Красного Креста обратилось к японским коллегам с запросом о состоянии здоровья персонала госпитальных пароходов.
21 мая командир "Костромы" Смельский сообщил телеграммой, что пароход находится в плену и все его служащие здоровы, а через четыре дня о хорошем состоянии здоровья экипажей обоих пароходов телеграфировало японское общество Красного Креста. Личному составу разрешили посылать в Россию письма и телеграммы на французском и английском языках. Цензура контролировала корреспонденцию, вычеркивала слова "плен","захват".
Например, в телеграмме главного врача Мультановского в Российское общество Красного Креста упоминание о захвате "Орла" была заменено на "15 числа благополучно прибыли в Сасебо".
Сняв запрет на переписку, японцы ввели ограничения на медицинскую деятельность. Применение этой меры связано с поступлением в сасебский морской госпиталь раненого адмирала Рожественского. Узнав об этом, сестра Павловская обратилась к японским властям с просьбой разрешить ей ухаживать за дядей. Японцы разрешили ей встретиться с адмиралом, а уход за ним поручили японской сестре милосердия. Затем желание помочь раненым соотечественникам, опираясь на богатые возможности своего госпиталя, высказали врачи "Орла". К ним присоединились коллеги с "Костромы". Запрет на подобную деятельность последовал немедленно. Русские заявили протест. Они исходили из невиновности "Орла" и "Костромы" и ожидали в борьбе положительного исхода. В медицинской помощи раненым они видели свой профессиональный долг. Японцы же заявили, что они принципиально не могут допустить русских врачей лечить раненых, находящихся в отечественных лечебных заведениях. Это прямой долг японских врачей.
20 мая 1905 г. началось следствие, которое проводилось одним из судей Сасебского призового суда и следователем, их обслуживали секретари, чиновники и переводчик, безукоризненно владевший русским языком. На них возлагалось производство следственных действий в целях полного и всестороннего исследования обстоятельств дела и составление обвинительного заключения.
В сущности своей следствие мало чем отличалось от дознания; велось оно более формально и с охватом большего круга должностных лиц. В течение двух дней на корабле были допрошены доктор Мультановский и капитан 2 ранга Лахматов. Потом их допрашивали еще раз в здании призового суда, там же допросили помощника уполномоченного Красного Креста барона Остен-Сакена и старшего офицера лейтенанта Бейермана. Новые мысли на допросах не возникли, повторялись вопросы, которые ставились на дознании. Только один раз при допросе доктора Мультановского судья заметил, что в госпитале получали помощь больные с зафрахтованных иностранных пароходов. Следствием была затребована у госпиталя точная поименная справка о таких больных. Однако в дальнейшем японцы не развивали этот вопрос, опасаясь негативной реакции правительств государств, граждане которых обращались за помощью.
Офицеры госпитального судна "Орел".
Первый ряд слева направо: 2-й помощник капитана Л. Н. Алексеев, 1 -й помощник капитана А.Л. Бейерман, капитан Я.К. Лахматов, старший механик В.М, Вейцель, 2-й механик П.К. Персия нов; второй ряд слева направо: помощник капитана А.Р. Газелихр, 3-й помощник капитана С.М. Костромитинов, 3-й механик И.П. Черепанцев, судовой врач Д.Ю. Морозов, 4-й механик С. И. Скоропад.
28 мая судьи в сопровождении комиссии японских морских врачей произвели подробный осмотр и проверку всего госпитального оборудования и имущества, а также бухгалтерии и кассы, после чего все было опечатано. Жалкая расписка о содеянном, полученная доктором Мультановским, явилась единственным документом, засвидетельствовавшим факт прекращения деятельности эскадренного госпиталя. Параллельно было покончено с существованием госпитального судна. Для этого японцы забрали все пароходные документы: мерительное свидетельство, официальное удостоверение на ведение милосердной деятельности, выданное российским послом в Париже, свидетельство о том, что пароход "Орел" приспособлен исключительно под госпиталь и под наблюдением французского правительства, выданное главным морским начальником Тулонского порта, и, наконец, вахтенный журнал парохода с мая 1904 г. по май 1905 г.