Цонгкхапа был рукоположён в возрасте трёх лет четвёртым Кармапой, Ролпе Дордже (Rolpe Dorje) (1340 — 1383), и получил обет новообращённого в возрасте семи лет. Говорят, что даже в столь юном возрасте он уже проявлял необыкновенные способности к учёности. Вначале Цонгкхапа начал путешествовать по всему Тибету, учась у некоторых самых выдающихся учителей в самых известных монастырях. В это время он изучал «Абхидхармакошу» Васубандху («Abhidharmakosha of Vasubandhu»), трактаты по логике и эпистемологии Дхармакирти, «Абхидхарма–самукчая» («Abhidharma‑samucchaya») Асанги, «Мадхьямакаватара» («Madhyamakavatara») Чандракирти, а также тексты по монашеской дисциплине. Благодаря всему этому обучению Цонгкхапа стал способен много запоминать и быстро понимать то, что ему преподавали. Кроме того, он мастерски и увлечённо участвовал в дебатах. Уровень академических знаний и достижений Цонгкхапы подтверждает тот факты, что его комментарии к «Абхисамая–аланкара» («Abhisamaya‑alankara») Майтреи используют все двадцать один индийский комментарий. Биография Цонгкхапы подчёркивает, что он был также осуществлённый практик, безупречно сохранял правила монашеской дисциплины и был скромен и свободен от высокомерия.
В возрасте тридцати трёх лет, преодолев возражения своего главного учителя Рендавы, Цонгкхапа оставил академические занятия, ушёл в уединение и обратился к практике тантр. В это время он выполнил Херуку (Heruka) практику Кагьюпы, шесть йог Наропы, тантрическую практику Нигумы и «Калачакра тантры», последние остаются особенно важными для приверженцев школы Гелук и сегодня. В течение последующих лет он получил ряд откровений от Манджушри, который руководил как его обучением, так и практикой. В 1398 году в возрасте сорока одного года, после сна, в котором его благословлял индийский основатель Прасангики (Prasangika) Буддхапалита, Цонгкхапа достиг реализации.
Когда Цонгкхапа, смотрящий с высоты своего достижения, взглянул на традиции дхармы, которые существовали в Тибете в его время, он увидел потребность в чистке и реформе. Он чувствовал, в частности, что те, кто вёл монашескую жизнь, погрязли в лени и слабости и что учение и учёность стали небрежными и запутанными. Цонгкхапа решил, что делом его жизни станет исправление этой ситуации. Когда учитель приступил к работе, он выделил несколько тем.
1. Ясное утверждение, что путь полностью предопределённого монаха — самая высокая практика буддизма. Цонгкхапа был особенно заинтересован в восстановлении целостности монашеского идеала и настаивал на потребности полной и внимательной приверженности Винайе, правилам монашеского ограничения.
2. Новое подтверждение ценности учения, учёности и дебатов как жизненно важных элементов пути буддиста. Учитель чувствовал, что буддистская философия находилась в стадии упадка и хотел снова поставить её в центр религиозной жизни и оживить, выработав более строгие стандарты. Снова обратясь к традициям Атиши и использовав своё собственное учение, Цонгкхапа разрабатывает учебный план для обучения и дебатов, включающий пять тем; которые считались наиболее важными в больших монастырях Северной Индии, процветающих во время раннего и более позднего распространения. Итак, учебный план монастырей Гелук включал следующие темы:
1) Парамита, изучение Праджнапарамиты и других сутр махаяны;
1) Философия Мадхьямаки, подход Прасангика Чандракирти;
2) Прамана (Pramana), логика, эпистемология;
3) Абхидхарма, буддистская психология; и
4) Винайя.
Эти же пять тем были также приняты для изучения в монашеских колледжах (shedra) других школ, хотя, конечно, реально изучаемые тексты отличались.
3. Реформа тантрической практики с целью защиты её от излишков и злоупотреблений. Как мы уже видели, практика тантр была важным элементом в собственном буддистском обучении Цонгкхапы. В дополнение к упомянутым традициям, он особенно ценил тантры Ваджрабхайрава (Vajrabhairava), Гухьясамаджа (Guhyasamaja) и Чакрасавара (Chakrasamvara), которые остаются наиболее важными для приверженцев школы Гелук. В то же время, однако, Цонгкхапа был особенно чувствителен к вызовам, представленным практикой тантр, и особенно к её опасности. Он чувствовал, что те, кто были не достаточно подготовлены к тантрической практике, подвергались риску её непонимания и нанесения большого вреда себе и другим. Как мог человек должным образом подготовиться? Прежде всего, говорил Цонгкхапа, тантры могут должным образом практиковать только полностью предопределённые монахи. Кроме того, чьё‑либо побуждение бодхичитта и чьё‑либо обязательство бодхисатвы должны достигнуть определённого уровня зрелости. И наконец, даже полностью предопределённый монах, который был хорошим бодхисатвой, может войти в тантры только пройдя через большинство требуемых курсов академических занятий, выполненных в течение многих лет. Сэмюэл таким образом подводит итог в решении этого вопроса: «Утверждение ясно: тантрическая практика опасна и должна быть оставлена великим ламам, медитирующим с учётом их опыта предшествующих десятилетий дисциплины и академического обучения… Система Гелук должна была производить небольшое число интенсивно обученных учёных и ещё меньшую элиту знатоков тантр, в то время как огромное большинство монахов выпадало из числа избранных в некоторой точке в начале академического обучения»{Там же. С. 511.}.