Цонгкхапа был плодовитым автором, и к концу жизни им было написано 210 текстов, собранных в двадцати томах. Возможно, его наиболее важная работа — Lamrim Chenmo (Стадии буддистского пути), резюме пути, который отличает три главных уровня духовного развития. Этот текст, отражающий уважение Цонгкхапы к учению Атиши, является своего рода комментарием Бодхипатхапрадипы (Bodhipathapradipa) Атиши, схемы пути махаяны. Согласно Lamrim Chenmo, на первой стадии, на которой находится обычный мирянин, каждый занят добыванием счастья для себя ради лучшего возрождения. На этой стадии человек совершает хорошие дела, чтобы получить желаемый результат. Вторая стадия — уровень практика хинаяны, на этой стадии человек практикует тройное обучение шила, самадхи и праджну. На этом уровне мотивацией человека является достижение освобождения от сансары, но для одного себя.
Третья, и самая высокая, стадия пути, согласно Цонгкхапе, это путь махаяны. Здесь каждый производит бодхичитту и окончательно, и относительно (обсуждается в главе 12) и даёт обет бодхисатвы. Практика состоит из шести парамит. Последние две, dhyana (медитация) и prajna (необыкновенное знание), идентифицируются как шаматха (shamatha) и випашьяна (vipashyana). Шаматха имеет примерно то же значение, которое обсуждалось выше, а именно медиативную стабилизацию сознания в однонаправленном внимании. Випашьяна, однако, рассматривается Цонгкхапой иначе, не так, как дано в кратком описании в главе 3. Там это определялось как спонтанное, лишённое эго понимание (интуиция), возникающее из шаматхи. Напротив, Цонгкхапа интерпретирует это, говоря словами Сэмюэла, как «постепенное, шаг за шагом, рассматривание логических аргументов учения, достигающее высшей точки для недействительности эго и всех явлений»{Там же. С. 509.}. Стоит отметить, что интерпретация випашьяны, данная Цонгкхапой, имеет древние корни в индийском буддизме как один из двух главных путей понимания випашьяны в ранней традиции. Его исполнение имело более сильный академический уклон, в то время как данный путь, описанный в главе 3, — в большей степени йогический. (Дальнейшее обсуждение шаматхи и випашьяны даётся в главе 11).
Понимание Цонгкхапой випашьяны представляет собой подтверждение того, что философское изучение и дебаты — это мощные элементы преобразования. Говоря словами Роберта Турмана: «Таким образом, доказывается, что философия является полным путём освобождения и преобразования; окончательно разумное сознание считается полностью способным выйти за пределы неблагоразумной травмированной ментальности, пойманной в порочный круг неокончательной реализации. Поэтому нужно сопротивляться искушению, чтобы отказаться от критического рассуждения и снова предаться переживаемому подтверждению мирской интуиции»{Роберт А. Ф. Турман (перевод). «Tsong Khapa» Speech of Gold in the Essence of True Eloquence: Reason and Enlightenment in the Central Philosophy of Tibet» (Princeton, N. J.: Princeton University Press, 1984). C. 17. Цитируется в: Сэмуэл. «Civilized Shamans». С. 511.}.
Ещё одна важная работа Цонгкхапы — его резюме тантр, известное как Ngag‑rim Chenmo (Стадии пути тантр). В этой работе Цонгкхапа настаивает, что философская точка зрения тантрической практики должна быть точкой зрения школы Мадхьямака буддизма махаяны, а точнее, Прасангика Мадхьямака. Эта философская традиция мобилизует ряд логических аргументов, чтобы опровергнуть любые «представления» («виды», «взгляды») о природе окончательной действительности, которых может придерживаться практик. Таким образом, Цонгкхапа говорил, что можно практиковать тантры только в том случае, если очистишь себя путём изучения любых взглядов, мнений или мыслей о том, что в конечном счёте, реально (см. главу 15).
Важная часть его подхода состояла в оценке других школ, не Гелук. Уже говорилось выше, что он считал существующие школы, как Нового Перевода, так и Старого, несовершенными в монашеской дисциплине, академическом обучении и чистой тантрической практике. Он также следовал традициям позднего распространения, обсуждая подлинность текстов первого распространения, и это означало те тексты, которые были особенно важны для Ньингмы. Цонгкхапа твёрдо придерживался преобладающей точки зрения позднего распространения о том, что только тексты, появившиеся в Тибете в период позднего распространения, о которых можно доказательно говорить, что они являются переводами индийских оригиналов, должны считаться законными. Все другие тексты, происходят ли они из первого распространения или от неиндийских влияний, следует избегать.