Несмотря на то, что Алексей Иванович всей своей последующей жизнью доказал беззаветную преданность ракетам, ему не простили его ошибки даже через много лет. Совет ветеранов Байконура вместе с другими организациями к семидесятилетию А. И. Нестеренко вышел с ходатайством о присвоении ему звания Героя Советского Союза, которое он безусловно заслужил более многих околокосмических героев из Москвы (имевших, кстати, в своем «активе» куда более серьезные и к тому же небескорыстные ошибки). Однако обращение оставили без последствий.
При изучении этой истории возникает много вопросов. Кто не простил поступок Алексея Ивановича? Если это было руководство страны или Министерства обороны, то как объяснить последующие назначения Нестеренко на самые ответственные должности? Если его не могли простить сотрудники королевского НИИ-88, то возникает логичный вопрос — а кто они такие? Они что, руководили страной, вооруженными силами, могли распоряжаться судьбами людей? К тому же неизвестно, писал ли на самом деле Нестеренко записку с критикой ракетной программы. Ее текст в архивах не найден, и ни С. П. Королев, ни другие конструкторы нигде не упоминали о ней.
Нам кажется вероятным другой, более простой вариант. Академия артиллерийских наук оказалась не слишком компетентной организацией (в перспективе это и привело к ее ликвидации в апреле 1953 года), поэтому во время проверок ее начальник Благонравов сдавал своих начальников институтов и даже подливал масла в огонь, когда чувствовал, что над ним сгущаются тучи. Иначе как объяснить, что и через полтора года после отстранения Нестеренко от должности комиссия Министерства обороны снова отмечала в деятельности его НИИ те же недостатки?
Минуло более шестидесяти лет, как Алексей Иванович оставил свой пост начальника НИИ-4, но его сотрудники и жители выросшего вокруг института подмосковного города Юбилейного чтут память первого начальника и основателя первых военных городков. Именем Нестеренко названа одна из главных улиц города Юбилейного, где на административном здании к его девяностолетию была установлена мемориальная доска. В ее открытии приняли участие бывшие слушатели спецнабора Артиллерийской академии Э. В. Алексеев и М. М. Бордюков, рассказавшие молодым жителям города о жизненном и боевом пути генерал-лейтенанта Нестеренко.
«ПОСТАНОВЛЕНИЕ от 11.06. 96 № 255-ПГ г. Москва
О переименовании улицы 2-го микрорайона г. Юбилейного в улицу имени А. И. Нестеренко Рассмотрев материалы, представленные администрацией и собранием представителей г. Юбилейного, а также ходатайства руководства и коллективов 4 Центрального научно-исследовательского института Министерства обороны Российской Федерации, 50-го Центрального научно-исследовательского института Военно-космических сил, Совета ветеранов г. Юбилейного, постановляю:
1. Переименовать улицу 2-го микрорайона г. Юбилейного, на которой расположены дома № 21,22,23,33,37,38,92,40,49, здания администрации и Собрания представителей города, военторга № 858 и УНР № 336, — в улицу имени А. И. Нестеренко.
2. Рекомендовать администрации города Юбилейного установить на одном из домов улицы мемориальную доску и выполнить необходимые организационно-технические мероприятия.
Глава администрации Московской области А. С. Тяжлов».
В последние годы жизни Нестеренко тяжело болел и не мог присутствовать на торжественных мероприятиях, которые никогда не пропускал раньше. В такие дни, особенно перед Днем Победы, представители командования института посещали заслуженного ветерана дома. С таким поручением генерал-майор М. М. Бордюков побывал у Алексея Ивановича в последний год его жизни, когда он постоянно жил в подмосковном городе Видное. Долго вспоминали институт. Алексей Иванович был растроган, он очень дорожил вниманием бывших сослуживцев и подчиненных.
С января 1952 года по 22 января 1953 года А. И. Нестеренко служил в должности заместителя командующего артиллерией Белорусского военного округа. В декабре 1952 года очередная аттестация подтвердила:
«АТТЕСТАЦИЯ
За период с ноября 1949 года по ноябрь 1952 года
На заместителя командующего артиллерией Белорусского военного округа генерал-лейтенанта артиллерии НЕСТЕРЕНКО Алексея Ивановича.
Недостатки, отмеченные в предыдущей аттестации в 1949 году — Указано на несоответствие должности по специальной своей подготовке.
Выводы по аттестации за 1949 год — Должности (начальника НИИ-4 ААН) не соответствует. В 1950 году необходимо командировать на ВАК Высшей Военной академии.