Рождалось уникальное сооружение, не имевшее аналогов в мировой практике конструирования, проектирования и строительства, без каких-либо методик расчетов основных ведущих конструкций. Многие вопросы приходилось решать, полагаясь на здравый смысл, интуицию и высокий уровень общей профессиональной подготовки проектировщиков и конструкторов. Задача осложнялась еще и тем, что многие работы велись параллельно. Непрерывно менялись исходные данные на системы, и требовалось постоянно вносить изменения в строительную часть. Но постепенно в чертежах будущий стартовый комплекс приобретал свои реальные формы.
Проектировщики и строители должны были построить сооружения и смонтировать оборудование, обеспечивающее работу многосложного организма полигона. Особые требования предъявлялись к стартовому сооружению, подвергающемуся во время пуска колоссальным динамическим и температурным нагрузкам. Должны были быть обеспечены: устойчивость старта, прочность конструкций, стойкость, морозоустойчивость, долговечность. Полигон в целом должен быть обеспечен энергией, водой, теплом, связью, канализацией, вентиляцией, жильем, необходимыми сооружениями бытового и культурного назначения.
Строительство начало развертываться почти одновременно во всех гарнизонах. Поступала техника, которую необходимо было смонтировать, отладить и принять в эксплуатацию. Вся эта огромная работа требовала большой оперативности, своевременной, четкой информации и личного контроля со стороны руководителей всех звеньев. Поэтому командованию полигона приходилось непрерывно разъезжать в пункты формирования: в Москву, Болшево, ГЦП, в «Тайгу» и т. д., а также непрерывно командировать офицеров ОКСа, тыла, политотдела, штаба, службы НИР на строящиеся объекты. Да и самому начальнику полигона сидеть спокойно не приходилось. Ежедневно возникало очень много вопросов, которые нужно было решать незамедлительно. Каждый день Алексею Ивановичу надо было что-то с кем-то согласовывать, и это отнимало немало времени, сил и нервов.
Полигон подчинялся отнюдь не председателю Госкомитета по оборонной технике и тем более не С. П. Королеву. Нестеренко как начальник полигона находился в непосредственном подчинении заместителя министра обороны Главного маршала артиллерии М. И. Неделина. Армия строителей, создающая в этой пустыне самый большой в мире научно-испытательный ракетный центр, подчинялась другому заместителю министра обороны. Поэтому начальник строительства полигона формально не подчинялся начальнику полигона. Для контроля за полетом ракет почти на всей территории страны необходима четкая и надежная работа связи. За создание системы связи на полигоне и за его пределами отвечал начальник войск связи Советской армии — тоже заместитель министра обороны. Чтобы начал, наконец, работать аэропорт на самом полигоне, надо было обращаться еще к одному заместителю министра обороны — главнокомандующему Военно-воздушными силами.
Доставлять ракетные блоки, компоненты топлива для заправки, тысячи тонн грузов для строительства и жизнедеятельности все увеличивающегося числа площадок, а также привозить людей за 20 километров ежедневно на работу из города — с площадки № 10 — можно было только по железной дороге. За строительство железнодорожных путей от станции Тюра-Там по многим новым направлениям несли ответственность Министерство путей сообщения и железнодорожные войска Министерства обороны. Электроэнергией полигон должно было обеспечить Казахэнерго. Для этого необходимо было установить опоры и проложить на сотни километров высоковольтные линии электропередач. А пока их не было, электроэнергией стройку обеспечивали специальные энергопоезда.
Алексей Иванович осуществлял связь с Генштабом и аппаратом Министерства обороны, решал организационно-штатные вопросы, занимался проблемами перспективного развития Байконура, проявляя недюжинные способности хозяйственника. Он предвидел и устранял многие сложности, вызванные недостатками проекта, вникая до мелочей во все вопросы планирования, строительства, быта, обеспечения и культуры.