Отсутствие даже минимальных санитарных условий вызвало вспышку дизентерии. Эта беда усугублялась тем, что отсутствовал больничный стационар. Полевой госпиталь, организованный в палатках в двух километрах от городка, имел очень неприглядный вид. В палатках от нещадного солнца температура поднималась до сорока и более градусов. В дополнение к этому — рои мух.
На борьбу с дизентерией были мобилизованы все врачебные силы полигона, из Москвы на полигон было прикомандировано около двадцати врачей-специалистов и срочно доставлялись необходимые медикаменты. Принятые срочные меры помогли пресечь дальнейшее распространение заболевания.
Большую опасность для личного состава гарнизона представляло то, что район полигона с санитарной точки зрения характеризовался как район с природными очагами чумы. В этих районах (Аральском и Кармакчинском) имелись очаги природной чумы, носителями которой являются грызуны: суслики, песчанки, мыши и даже зайцы. Поэтому одной из первоочередных задач на полигоне было срочное формирование противочумных отрядов и проведение широких мероприятий по уничтожению грызунов.
Вначале грызуны уничтожались на территории всех строящихся объектов и в местах размещения личного состава. Затем, согласно разработанному плану, зона уничтожения грызунов расширялась. В первую очередь ликвидировались очаги поселений песчанок и сусликов. Для этой цели каждая часть, каждое подразделение получали определенный район, который они обязаны были обработать в определенные сроки. Эти мероприятия предотвратили возможную вспышку чумы. Однако в 1955 году, в августе, был случай заболевания чумой нескольких человек гражданского населения в Аральском районе, поэтому наложили карантин на Аральский и Кармакчинский районы. В период карантина пассажирские поезда на станциях и разъездах от Аральска до станции Джусалы не останавливались или если останавливались, то пассажирам не разрешалось выходить.
Алексей Иванович вспоминал: «В то время, когда был карантин, я вылетел из Москвы в Тюра-Там. Летел через Куйбышев, где был предупрежден, что в Джусалах высадка пассажиров не разрешается в силу объявленного карантина. Когда прилетели в Джусалы, то действительно никого из самолета не выпустили. Мне удалось выйти лишь благодаря тому, что начальник аэропорта знал меня. Он заявил, что генерал А. И. Нестеренко прибыл для организации борьбы с эпидемией чумы, то есть для оказания таковой помощи местным властям. Под ответственность начальника аэропорта мне разрешили сойти с самолета».
К счастью, врачи-эпидемиологи быстро ликвидировали очаг возникновения чумы, и уже через две-три недели карантин был снят.
Этот случай заставил всех более серьезно относиться ко всем противочумным мероприятиям. В частности, в гарнизоне проводилась противочумная прививка всему личному составу, невзирая на лица и положение. Никому не выдавался пропуск на объекты до получения прививки, в том числе и представителям промышленности, центрального аппарата, аппаратов Совета министров, ЦК КПСС и Генерального штаба (врачи заявили, что чума в рангах не разбирается и никакой субординации не знает).
Такое явление, безусловно, очень мешало продолжать укомплектование полигона. Эти же обстоятельства: пустынная местность, район с очагами природной чумы, жаркий и резко континентальный климат с песчаными бурями — позволили возбудить ходатайство и добиться 20-процентной надбавки к зарплате (как некоторый стимул), а впоследствии 10-процентной для всех сотрудников полигона. Эту процентную надбавку в обиходе называли «пыльная».
Жизнь этих людей сродни подвигу. Они жертвовали обычными земными радостями, здоровьем для решения эпохальной задачи покорения космоса, вставшей перед нашей страной, а в более широком масштабе — перед всем человечеством. Хотя, конечно, испытания ракетной техники не в последнюю очередь преследовали военные цели: в навязанной нам гонке вооружений важно было достичь паритета, способного охладить самые горячие головы на Западе и отбить у них саму мысль о нападении на Советский Союз.
На долю Нестеренко выпал самый тяжелый период в жизни космодрома — строительство, формирование, организация первых испытаний, жизни и быта практически на голом месте в сжатые сроки, когда все небывалые работы надо было делать параллельно. Нестеренко занимался отводом земельных участков, согласованием проектных документов и графиков строительства, подбором кадров, формированием частей и подразделений.
Алексей Иванович запомнился всем, кто его знал, как опытный организатор, деятельный руководитель, вникающий во все мелочи, влияющие на жизнь и работу подчиненных ему людей, как умелый учитель и воспитатель, требовательный к себе и подчиненным. Особенно тепло он относился к молодежи, часто выступал на комсомольских собраниях, откликаясь на все чаяния и запросы молодых офицеров. Он вместе с офицерами играл в волейбол, городки, по праздникам организовывал вечера отдыха, его уважали и любили все, кто его знал.