Между тем машина Истории неумолимо двигалась вперед, чтобы сокрушить не папу, но Флорентийскую республику, правительство Содерини и некоего Никколо Макиавелли.
Съезд в Туре сделал то, чего ждал от него король. За Людовиком XII было признано право отправиться в Италию на защиту своего союзника герцога Феррарского, любые же возможные отлучения и прочие санкции Юлия II были признаны не имеющими законной силы. Это означало разрыв галликанской церкви с Римом, раскол. Королева Анна заклинает духовенство Бретани не подписываться под экстремистскими постановлениями Синода. Но поздно: эскалация войны в Италии продолжается, Шомон д’Амбуаз, послушный королевскому приказу, перешел в наступление.
Юлий II, не помня себя от гнева, отлучает от Церкви всех французских военачальников — война с Францией превращается в священную войну.
Папа требует, чтобы все кардиналы явились к нему в Болонью. В ответ на это пятеро из них отправились в Милан искать защиты у Людовика XII: двое французских кардиналов, один из которых, Гильом Брисонне, кардинал Сен-Мало, был прежде суперинтендантом Людовика XI, а впоследствии правой рукой Карла VIII во всех вопросах, касавшихся отношений между Францией и папством; двое испанских кардиналов, Карвахаль и Борджа, и один итальянец, кардинал Сан-Северино, столь же вспыльчивый, как и его брат капитан Фракассо.
Взбунтовавшиеся кардиналы решили созвать Собор, чтобы низложить папу. Правда, решение об этом было принято только в марте 1511 года на втором Синоде, после многочисленных уловок, потому что по такому серьезному вопросу трудно было добиться всеобщего и безоговорочного согласия. Чтобы оправдать подобные действия, сослались на постановление Собора в Констанце, которое предписывало собирать Вселенский Собор каждые десять лет. Папа же не сдержал торжественно данное им при восшествии на престол обещание созвать такой Собор незамедлительно, если возникнет необходимость срочно обсудить вопросы реформирования Церкви. Кроме того, папа недостоин занимать престол святого Петра как по причине своего «безнравственного» поведения, так и из-за военных действий.
Максимилиан хотел, чтобы Собор прошел во Флоренции, и рассчитывал заставить флорентийцев заплатить дукатами за предоставленную им честь. Синьория же ясно дала понять: она не в восторге от такого выбора. Тогда Людовик XII потребовал, чтобы Флоренция доказала свою преданность Франции и разрешила провести Собор в Пизе, которая в 1409 году уже открывала для этого свои ворота. После яростных дискуссий и благодаря тем, кто с любовью вспоминал о Савонароле, который поддержал бы идею такого Собора, Флоренция дала свое согласие, но договорились держать все в тайне как можно дольше, поскольку папа не испытывал ненависти к Республике и еще оставалась надежда на то, что с ним удастся договориться.
Тем более что положение Юлия II не было таким уж безнадежным. В октябре 1510 года Шомон д’Амбуаз чуть было не захватил его в Болонье, но папе удалось обмануть этого слишком уж совестливого француза, которому было явно не по душе атаковать римского первосвященника. Д’Амбуаз вынужден был снять осаду, когда прибыли испанцы и венецианцы, которым начатые переговоры позволили прийти на помощь понтифику. Окрыленный успехом, Юлий II в январе 1511 года лично участвовал, в самый разгар снежной бури, в осаде и взятии Мирандолы. Эта победа вдвойне была неприятна французам, поскольку маленький городок, расположенный в сорока километрах от Феррары посреди болот долины реки По, был своего рода ключом ко всему герцогству, а графиня Франческа Пико, великолепно его оборонявшая, соревнуясь в этом с Катариной Сфорца, приходилась внебрачной дочерью Джан Джакомо Тривульцио — Тривульсу, маршалу Франции.
Война стоит дорого. Альфонсо д’Эсте закладывает свое серебро и драгоценности жены. Юлий II в свою очередь «создает» кардиналов: эти назначения не только питают папскую казну, но и имеют политическое значение. Кардиналами становятся посол Англии, швейцарец Шиннер и Матиас Ланг, епископ Гуркский, правая рука императора. Без поддержки Генриха VIII, швейцарских кантонов и Максимилиана «сборище» Людовика XII может превратиться в фарс, и его организаторов просто поднимут на смех.
Требование к папе явиться 1 сентября 1511 года в Пизу вывешено во всех христианских церквях и даже на стенах церкви в Римини, что в двух шагах от дворца, в котором укрылся Юлий II, потерявший в мае 1510 года Болонью. Тогда подули совсем другие ветры, и под стенами Болоньи появился уже не робкий Шомон д’Амбуаз, но суровый Тривульс вместе с юным и бурлящим энергией капитаном Гастоном де Фуа, племянником короля. Чтобы оправдать свое поражение, герцог Урбинский утверждал, что «город был сдан французам ценою предательства». Он был призван папой в Равенну и собственной рукой среди бела дня прямо на площади убил кардинала Алидози, фаворита Юлия II и правителя Болоньи, которого в этом предательстве обвиняли.