Но прошло лишь полвека, как в мае 1087 года сюда прибыли итальянские купцы, которые завладели мощами святого и перевезли их в Бари (о чем мы расскажем позднее). Купцы видели и описали храм в Мирах. Особенно саркофаг, который после открытия источал запах миро. Храм тогда был особой достопримечательностью города. К нему со всех сторон примыкали различные здания. Комплекс напоминал город в городе.
В XIII столетии здесь произошла катастрофа местного масштаба. В горном районе бывшей Ликии сошел гигантский сель (так предполагают ученые), который река принесла своими водами к морю. По другой версии, частые землетрясения повернули русло реки вспять, и она быстро залила окрестности. Город был буквально затоплен грязью и погребен под землей почти на семь метров! В наши дни даже трудно представить себе масштабы бедствия. Но главное — были засыпаны главные святыни, включая храм с гробницей святителя Николая.
В 1850 году к мощам святого совершил паломническую поездку А. Н. Муравьев, оставив свои записки под названием «Мирликийская церковь и гробница святителя Николая Чудотворца». Он описал увиденную обстановку, которая была не менее плачевной, чем состояние нынешнее. «Спустился я несколькими ступенями в темное преддверие святилища, — рассказывает паломник, — отделенное стеной от внутренней его части; глубокий мрак царствовал внутри храма, и когда несколько привыкли к нему глаза наши и зажжены были три убогие лампады перед иконостасом и над самой гробницей, могли мы рассмотреть все горькое убожество и вместе сокровище неоцененное сей церкви. Низкая четырехугольная гробница святителя, обложенная по краям мрамором, хорошо изваянным, но отчасти отбитым, с обширным отверстием посередине, отколе похищена была некогда рака, уцелела еще от буйства времени и людей. Длина ее до восьми четвертей и не более трех ширина, а высота — одна четверть; внутри глубокая яма, наполненная землей, которую, однако, я мог, хотя и с трудом, достать рукой… Став на колена перед самым гробом, я прочел тропарь святителя: «Правило веры и образ кротости»…
Собранные Муравьевым по возвращении в Россию 25 тысяч рублей стимулировали раскопки. О размахе работ отзывались на Западе. Ныне у нас это предприятие почти забыто, хотя оно спасало положение дел и имело важные научные итоги.
Так бы всё и оставалось до наших дней. Но в 1863 году, узнав о поездке Муравьева, российский император Александр II купил территорию храма в Мирах. Так начались работы по восстановлению всего комплекса, связанного с именем святителя Николая. Были обновлены внешний нартекс, эмпории и главный неф. Предполагалось, что паломники из России будут иметь все условия и удобства для посещения здешних святынь. Но проблемные российско-турецкие отношения помешали делу. Работы были остановлены. Реставрацию смогли завершить в 1910-х годах.
И все-таки что же с гробницей? Всякому посетителю храма в Мирах покажут ее и скажут: здесь лежали мощи святителя. Но среди исследователей известно, что до сих пор не нашли ни одного точного места, которое можно было бы обозначить как саркофаг или место упокоения Николая Мирликийского. Но мы же находимся ныне в храме, построенном в конце VIII — начале IX века (после землетрясения), который, в свою очередь, поставлен на фундаменте храма VI столетия. Тогда, в 529 году (по «Хронографии» Иоанна Малалы конца VI столетия), тоже случилось землетрясение, после которого город помог восстановить император Юстиниан. В том году пострадало много городов. По свидетельствам Иоанна Эфесского, только в Эфесе погибло около пяти тысяч жителей, а в Лаодикее — семь с половиной тысяч. Ритор Малала пишет: «В то же время пострадал от Божьего гнева главный город Ликии Мира. Многие милости оказал император спасшимся и много дал на восстановление города». Не выдержали городские храмы, рассыпались…
Но церковь VI века в Мирах стояла на еще более древнем основании, скорее всего — IV столетия. Археологи предполагают, что от VI века остались некоторые части — два придела в юго-восточной части храма, они расположены справа от алтаря. А зачем восстановители церкви их оставили? Ведь это самое что ни на есть удобное место для помещения в нем гробницы святого! Справа от алтаря! Конечно, эти пристройки могли оставить потому, что они сохранились после землетрясения. Не более того. Но все-таки…
После землетрясения VI века и началось возведение храма, в котором почти полтысячелетия хранились мощи святителя Николая. Даже в трудные времена храм выживал. Например, в 792 году, когда багдадский халиф Харун ар-Рашид захватил Миры, и, невзирая на предупредительный шторм на море, ограбил город, церковь и вскрыл гробницу. Однако помня о морской буре, он не разрушил само здание храма. Да, строение было не раз захвачено или во многом разрушено. Но потом его восстанавливали, и в сложном виде храм сохранился до нашего времени.
В храме несколько саркофагов. С крышками и без них. Можно их отнести к саркофагам ликийского типа: основания и крышки, украшенной гребнем. Один, сделанный из мрамора и украшенный барельефами, расположен в нише южного нефа. Его турецкие представители и преподносят как тот, в котором почивали мощи святителя. Боковая стена саркофага разрушена. Говорят, что именно итальянскими купцами (моряками) еще в XI столетии, когда они срочно похищали мощи. Иногда внутрь саркофага сердобольные хранители музея подкладывают куски яркой материи для привлечения большего внимания паломников.
Многие исследователи сходятся во мнении, что саркофаг имеет языческую внешность. И в такой гробнице вряд ли мог быть похоронен христианский святой. Но как тогда этот саркофаг попал в христианский храм? Принесен был уже в наше время или значительно ранее?
При раскопках в XIX столетии в храме на глубине 4 саженей была обнаружена древняя мраморная гробница. Возможно, она и была хранилищем святыни. Рельефы на ней были «не религиозного содержания». Но это, по мнению исследователей, «совершенно согласно с обыкновением погребать умерших в старых гробницах, взятых с языческого кладбища» (традиция существовала в Римской империи до VI столетия). Эта версия о языческом саркофаге была весьма распространена. В наши дни саркофаг иногда датируют 160–170 годами, и считается, что он не был местом почивания мощей святителя Николая. И действительно, вряд ли столь почитаемого христианского подвижника похоронили в языческой гробнице и даже не заменили ее в более поздние времена!
Исследователь Евгений Соколовский, занимавшийся раскопками в 1858–1861 годах и оставивший свои записки «Открытие и возобновление древней базилики св. Николая в Мире Ликийской», описал подробно увиденное. Тогда даже султан Османской империи издал фирман о разрешении проведения работ: «Как греческая церковь, известная под именем церкви св. Николая, находящаяся в соседстве деревни Темре… с течением времени пала в развалины, жители выше означенной деревни просили позволения поправить ее… Эта церковь действительно имеет надобность в исправлении, это было предложено нам и дарован наш верховный указ, заключавший позволение исправить и возобновить». Соколовский также отметил: «Работы… с октября 1858 по май 1860 года, состояли: 1) в выемке и отвозке 6500 кубических метров (около 800 кубических сажен) земли; 2) в возобновлении стен и покрытии сводами: главного нефа, верхней части боковых галерей и двух притворов».
Саркофаг стоял тогда в нише внешней южной галереи (VIII–XII века). На рисунке автора он изображен с колоннадой и скульптурами покойных на крышке. Боковая сторона его была разрушена. «Это объясняется самым сказанием о похищении св. мощей итальянцами, — писал Соколовский, — массивная мраморная крыша, украшенная двумя фигурами (мужескою и женскою), в настоящее время с отбитыми головами и изувеченными ногами, представляла больше затруднений к разлому, чем тонкие стенки и, разумеется, барийцы… сломали тонкую стенку, не заботясь о том, что портили оставляемую ими древность». Данное описание привело некоторых исследователей к выводу, что саркофаг установили в нише именно после 1087 года в виде замены какого-то другого, утраченного вместе с реликвиями. Однако сам Соколовский, находясь в Мирах, сделал свой, противоположный такому мнению вывод: «Расположение гробницы, как раз под алтарем нынешней церкви, и местные предания доказывают, что она хранила в себе мощи угодника… При возобновлении базилики нужно сломать часовню, которая держится на поверхности земли, покрывающей придел церкви, в котором расположена подлинная гробница св. Николая».