Дело постарался уладить местный архиерей Гермоген (Долганев). В письменной форме он заявил революционно настроенным депутатам, что Россия юридически не есть республика, и объявить ее таковой полномочно лишь Учредительное собрание, что, согласно Священному Писанию, государственному и каноническому праву, церковным канонам и данным истории, бывшие монархи, находящиеся вне управления своей страны, не лишаются сана как такового и соответствующих им титулов. Следовательно, священник, дозволивший провозглашение многолетия, ничего предосудительного не совершил. По тем временам это было смелое заявление, которое не могло вызвать сочувствия депутатов, более руководствовавшихся принципами революционного правосудия. Для них Николай II был «бывшим» монархом и «кровавым палачом» собственного народа. И только.
Третьего января 1918 года солдатский комитет отряда особого назначения постановил «снять погоны, чтобы не подвергаться оскорблениям и нападениям в городе». Для царя это было непостижимо. Всегда трепетно относившийся к армейской форме, он воспринял запрет на ношение погон как личное оскорбление. Не желая носить форму без погон, командир отряда полковник Кобылинский на следующий день пришел на службу в штатской одежде. Впрочем, солдатская инициатива должны была найти подтверждение во Всероссийском центральном исполнительном комитете. Некоторое время спустя санкцию получили. Резолюция, вынесенная секретарем ВЦИК, гласила: «Сообщите, что б[ывший] ц[арь] находится на положен[ии] арестован[ного] и решение отряда [нахожу] правильным». Телеграмма из Москвы была получена в начале апреля, и Николай II вынужден был подчиниться. Ефрейторские погоны требовалось снять и с маленького наследника. С тех пор на прогулки царь выходил без погон, надевал их только в доме. «Этого свинства я им не забуду!» — в сердцах записал он в дневнике.
Развязка приближалась с каждым днем. Борьба с прошлым окончательно и бесповоротно персонифицировалась с последним самодержцем, ограничение прав которого рассматривалось с точки зрения пресловутых «интересов пролетарской революции». Неслучайно в том же январе 1918 года, когда в Тобольске заговорили о погонах, в президиуме ВЦИКа и в СНК стали обсуждать возможность открытого суда над Николаем II. 29 января ленинские наркомы слушали сообщение о переводе царя в Петроград для предания суду. Тогда ничего не решили, но уже 20 февраля вопрос вновь оказался на повестке дня. В результате комиссариат юстиции и представители Крестьянского съезда, завершившего свою работу незадолго до этого, получили задание подготовить следственный материал по делу Николая II. Вопрос о переводе царя отложили до его пересмотра в СНК.
Советская власть в Тобольске тогда еще не была окончательно установлена, но влияние большевиков неуклонно росло. Утративший после падения Временного правительства связь с центром комиссар В. С. Панкратов оказался в положении представителя несуществующей власти. Кроме того, изменялся и личный состав охранявшего царскую семью отряда. На смену выбывших старых солдат из большевистского Петрограда прислали новых. Обстановка в отряде резко ухудшилась, начались раздоры.
«Мои противники, — вспоминал Панкратов, — старались выставить истинной причиной всего этого меня, как комиссара, который не устанавливает никаких отношений с центром.
Мои сторонники, солдаты отряда, приходили меня уговаривать, уверяя, что если я соглашусь уступить, то отряд успокоится».
И Панкратов уступил. 24 января 1918 года он подал в комитет Отряда заявление о своем уходе с поста комиссара. Можно предположить, что его отставка стала одним из последствий обращения делегации представителей отряда в СНК и во ВЦИК, встречи с Я. М. Свердловым.
Ухудшалось и материальное положение пленников. При отъезде в Тобольск Керенский выдал Кобылинскому значительную сумму денег, из которой оплачивались содержание прислуги и стол свиты. Деньги должны были высылаться ежемесячно. Однако уже в октябре Петроград ничего не прислал, но Кобылинский не хотел обращаться к не признанному тогда Тобольском большевистскому правительству и первое время пытался самостоятельно решать материальные проблемы. Однако без центральной власти и ее поддержки продолжать вести прежний образ жизни царская семья не могла. И не только по причинам материального свойства (в конце концов, у царя имелись собственные средства). Дело было в том, что большевики решили перевести семью Николая II на солдатский паек и позволили ему тратить не более 150 рублей в неделю на человека. По воспоминаниям дочери доктора Боткина — то есть Мельник, на содержание всех (царя, царицы, их детей, свиты и прислуги) ежемесячно отпускалось по четыре тысячи рублей. «Свита, конечно, тотчас стала платить за себя, но не так-то легко было устроиться с прислугой». Платить ей жалованье приходилось исходя из выделенного государством лимита в четыре тысячи рублей. Пришлось ввести режим жесткой экономии. 27 февраля Николай II записал в дневнике: в последние дни «все мы были заняты высчитыванием того минимума, кот[орый] позволит сводить концы с концами». По этой причине царской семье пришлось расстаться со многими из тех, кто приехал вместе с ними в Тобольск, так как возможности содержать всех уже не было. Но мир не без добрых людей: вскоре в Тобольск стали приходить посылки с маслом, кофе, печеньем и вареньем. «Так трогательно!» — заметил по этому поводу царь в дневнике.