Николай Иванович впервые так много внимания уделяет самому себе, описывая свою жизнь, анализируя свои мысли, давая себе характеристики: «Я один из тех, которые еще в конце двадцатых годов нашего столетия, едва сошед со студенческой скамьи, уже почуяли веяние времени и с жаром предавались эмпирическому направлению науки, несмотря на то, что вокруг их еще простирались дебри натуральной и гегелевской философии».
Страницы «Дневника» постепенно заполняются философскими размышлениями Пирогова: «Без участия мысли и фантазии не состоялся бы ни один опыт, и всякий факт был бы бессмысленным. Наши мысль и фантазия, как причина, производящая и опыт, и наблюдение, не могут, однако же, по особенности своей натуры, ограничиться этими двумя способами знания. Ум, употребив опыт и наблюдение, то есть направив и заставив наши чувства, потом рассматривает с разных сторон, связывает и дает новое направление собранным чувствам и впечатлениям, и всегда не иначе, как с участием фантазии. Все высокое и прекрасное в нашей жизни, науке и искусстве создано умом с помощью фантазии, и многое – фантазиею при помощи ума. Можно смело утверждать, что ни Коперник, ни Ньютон, без помощи фантазии, не приобрели бы того значения в науке, которым они пользуются. Между тем нередко и в жизни, и в науке, и даже в искусстве слышатся возгласы против фантазии, и не только против ее увлечений, но и против самой нормальной ее функции. Для современного реалиста и естествоиспытателя нет большего упрека, как то, что он фантазирует. Но, в действительности, только тот из реалистов и эмпириков заслуживает упрека в непоследовательности, кто хотя на один шаг отступает от указаний чувственного опыта, направляемого и руководимого умом и фантазиею».
Почти год Пирогов размышлял на бумаге о человеческом бытии и сознании, о материализме, о характере мышления, о религии и науке. Но когда заглянул в глаза смерти, почти отбросил философствования и стал просто вспоминать события своей жизни:
«Мне сказали, что я родился 13-го ноября 1810 г. Жаль, что сам не помню. Не помню и того, когда начал себя помнить; но помню, что долго еще вспоминал или грезил какую-то огромную звезду, чрезвычайно светлую. Что это такое было? Детская ли галлюцинация, следствие слышанных в ребячестве длинных рассказов о комете 1812 года или оставшееся в мозгу впечатление действительно виденной мною, в то время двухлетним ребенком, кометы 1812 года, во время нашего бегства из Москвы во Владимир, – не знаю.
Помню и еще какую-то странную грезу нити, сначала очень тонкой, потом все более и более толстевшей и очень светлой; она представлялась не то во сне, не то впросонках и была чем-то тревожным, заставлявшим бояться и плакать: что-то подобное я слыхал потом и о грезах других детей. Но воспоминания моего 6—8-летнего детства уже гораздо живее.
…О времени моих воспоминаний, то есть о возрасте, к которому относятся первые мои воспоминания, я сужу из того, что живо помню еще и теперь беличье одеяльце моей кровати, любимую мою кошку Машку, без которой я не мог заснуть, белые розы, приносившиеся моей нянькою из соседнего сада Ярцевой и при моем пробуждении стоявшие уже в стакане воды возле моей кровати; мне было тогда наверное не более 7 лет; по крайней мере года отделяют эти воспоминания от других, уже совершенно ясных, относящихся к моему десятилетнему возрасту».
Пирогов описывает время, когда проходили его детство и юность, и замечает: «Не родись я в эпоху русской славы и искреннего народного патриотизма, какою были годы моего детства, едва ли бы из меня не вышел космополит; я так думаю потому, что у меня очень рано развилась, вместе с глубоким сочувствием к родине, какая-то непреодолимая брезгливость к национальному хвастовству, ухарству и шовинизму».
Николай Иванович с любовью вспоминает и описывает своих родных: «Начиная с десяти лет моей жизни, я уже помню отчетливо. И детство мое до 13–14 лет оставило по себе самые приятные воспоминания. Отец мой служил казначеем в московском провиантском депо; я как теперь вижу его одетым, в торжественные дни, в мундир с золотыми петлицами на воротнике и обшлагах, в белых штанах, больших ботфортах с длинными шпорами; он имел уже майорский чин, был, как я слыхал, отличный счетовод, ездил в собственном экипаже и любил, как все москвичи, гостеприимство. У отца было нас четырнадцать человек детей, – шутка сказать! – и из четырнадцати, во время моего детства, оставалось налицо шесть: трое сыновей и столько же дочерей.