Таким был Херсонес Таврический в 1827 г. Он напоминал необитаемый остров, лишь изредка посещаемый пиратами. Кто же был первым Робинзоном на этом клочке земли? Имя его почти совпадает с героем Даниэля Дефо. Крузе был лейтенантом российского флота. Подобно Муравьеву-Апостолу и другим образованным россиянам своего времени, он видел в развалинах древнего города нечто большее, чем склад дарового материала.
Раскопками Крузе были вскрыты три средневековые базилики, которые сохранили в современных археологических планах Херсонеса его имя. Крузе вел исследования и в районе так называемого Страбонова Херсонеса. Определенный вклад в археологическое изучение Херсонеса внес энтузиаст археологии граф Алексей Степанович Уваров (1826—1884). В 1847—1848 гг. он производил свои первые разведки и раскопки от устья Дуная до Таманского полуострова.
Вооруженный этим опытом, в 1853 г. молодой ученый прибыл в Херсонес. Его привлекли две группы памятников: за городской чертой — погребения, внутри города — христианские храмы. Раскопки Уваровым херсонесских гробниц, несмотря на недостатки их научной методики, впервые дали представление о погребальном обряде херсонеситов. Исследованная им гробница представляла собой склеп, выдолбленный в стене. По трем сторонам небольшой четырехугольной комнаты располагались ниши для тел. В головах покойников ставилась стеклянная слезница, у ног были сосуды, с правой стороны — светильники, с левой — нож или оружие. Женщин украшали бусами, подвесками, золотыми или серебряными кольцами. Иногда рядом с ними помещались бронзовые зеркала. Уварова, естественно, заинтересовала датировка херсонесских погребений. Он ее установил по встречавшимся в них монетам. Это были монеты римских и византийских императоров первых девяти столетий новой эры. Более древние гробницы не встретились.
В северной части города, на крутом морском берегу, Уварову удалось раскопать большую базилику, носящую в археологической литературе его имя. Во всю длину базилики в два ряда располагались мраморные колонны, делившие ее на три части. Средняя часть была вымощена плитами белого мрамора, боковые — мозаикой. На некоторых колоннах увековечены имена граждан, пожертвовавших деньги на их возведение. Одной из самых интересных находок стала древняя надпись с указанием затрат на сооружение храма Артемиды. Она позволила Уварову прийти к выводу, что христианская базилика перестроена из материала языческого храма в IV в. В современной науке эту перестройку датируют VI в.
Вскоре после раскопок А.С. Уварова территория Херсонесского городища превратилась в арену жестоких боев между героически оборонявшими Севастополь русскими войсками и наступавшей англо-франко-турецкой армией. В районе Херсонесской гавани французские саперы вырыли траншею и оборудовали площадки под батареи. Рвавшиеся снаряды разрушали древние стены. Покидая Севастополь, англичане и французы прихватили с собой приглянувшиеся им антики Херсонеса.
В 1861 г. на территории городища появился мужской православный монастырь. Монахи обосновались в центральной его части, к востоку и северо-востоку от херсонесской агоры, окружили свою усадьбу каменной стеной, построили ряд служб и гостиниц для приезжих, разбили сады, выкапывая ямы для деревьев прямо на памятниках. Русские археологи того времени понимали, какой вред приносит Херсонесу сооружение на его территории монастыря. И впоследствии, когда монастырь был уже построен, председатель Московского археологического общества графиня Прасковья Сергеевна Уварова обращалась к Николаю II с ходатайством о переносе монастыря для спасения древнего города. Но ходатайство было оставлено без внимания. И, более того, монастырскому руководству было поручено ведение раскопок. В мировой практике это не было новшеством. За несколько десятилетий до этого во французской колонии Алжире Карфаген начали раскапывать католические «белые монахи».
По мере сооружения рядом с монастырем большого собора Св. Владимира и планировки подходов к нему монастырские раскопки приобретают более целенаправленный характер, и ими уже руководят представители высшего духовенства. Целью раскопок становится отыскание «христианских древностей», которые предполагалось сосредоточить в «христианском музее» поблизости от собора.
С 1876 г. общий надзор за монастырскими раскопками осуществляется Одесским обществом истории и древностей. Из переписки президента общества Н. Мурзакевича с архимандритами и игуменами монастыря, а также из других документов видно, что в 70—80-х гг. расхищение памятников происходило в невиданных ранее масштабах. В нем участвовали не только монахи, но и строители собора, солдаты соседней с городищем воинской части и просто случайные лица, совершавшие пиратские набеги на Херсонес. Обеспокоенное этим «потоком и разграблением», монастырское начальство предписывало после общей молитвы перед началом работ чтение инструкции о бережном обращении с памятниками. Чтобы затруднить доступ на городище «любителям» древностей, предполагалось уничтожение тропинок со стороны моря.