К 1881 г. монастырские археологи открыли главную улицу, ведущую от сооружавшегося Владимирского собора на восток, к морскому берегу. Впервые на свет появилась часть города с фундаментами зданий и даже постаментами исчезнувших еще в древности статуй. Это увеличило интерес к Херсонесу со стороны столичных ученых и вызвало специальный царский рескрипт о сохранении руин христианского Херсонеса и поручении раскопок Императорской Археологической комиссии (1887). Высокопоставленные члены этой комиссии наезжали в Севастополь в качестве гостей и ревизоров, сами же раскопки были поручены местному жителю Карлу Казимировичу Косцюшко-Валюжиничу.Косцюшко-Валюжинич (1847—1907), могилевский дворянин польского происхождения, в истории раскопок Херсонеса занимает совершенно исключительное место. До того, как возглавить раскопки Херсонеса, он перепробовал много профессий, в том числе был редактором «Севастопольского листка». В какой-то мере его можно сравнить со Шлиманом. Он был самоучкой, фанатиком археологии, обладал исключительной энергией и настойчивостью. Но у Косцюшко-Валюжинича не было миллионов Шлимана и его коммерческих дарований. Археологическая комиссия отпускала очень ограниченные суммы, в начале его деятельности — всего 2 тысячи рублей в год. На эти деньги надо было оплачивать рабочих, сторожа, вывозить раскопанную землю, отправлять находки в Петербург.
Монастырское начальство обвиняло Косцюшко-Валюжинича в том, что, «будучи лицом инославного происхождения», он умышленно оскверняет христианские погребения.
Подобно тому, как Винкельман принял католичество, чтобы попасть в Рим, Косцюшко-Валюжинич, чтобы продолжать раскопки Херсонеса, перешел в православие. Но это мало что изменило. Жалобы монастырского начальства на его действия продолжались. И они могли бы иметь неожиданные последствия (во главе принимавшего жалобы Синода в те годы стоял К.П. Победоносцев), если бы не поддержка, какой пользовался археолог со стороны сановных членов Императорской археологической комиссии в Петербурге. Им удалось убедить царя, что раскопки Херсонеса — это слава империи и его царствования. В дневнике Николая II мы можем прочесть слова «милейший Валю…». Полного имени археолога царь никак не мог запомнить.
В письмах к своим покровителям Косцюшко-Валюжинич умело отводил обвинения монастырского начальства и разоблачал его интриги. Но Петербург был далек, а монахи рядом. Они делали все, чтобы отстранить Коснюшко-Валюжинича от раскопок. В минуту отчаяния Карл Казимирович писал: «Я так предан делу расследования Херсонеса и, как фанатик, так далеко зашел, что возврата нет. Для меня расстаться с Херсонесом все равно, что расстаться с жизнью».
Косцюшко-Валюжиничу приходилось не только отражать нападки духовенства, но и вести острый научный спор с просвещенным знатоком херсонесских древностей Александром Львовичем Бертье-Делагардом. Последний, так же как и Косцюшко-Валюжинич, не был профессиональным ученым, но профессия военного инженера делала его мнение об архитектурных памятниках весьма авторитетным. В 1886 г., т. е. за два года до начала раскопок Косцюшко-Валюжинича, Бертье-Делагард издал труд о руинах античного Херсонеса и пещерных городах Крыма. Дополненный материалами археологических раскопок, он был переиздан в 1893 г. под названием «Древности Южной России. Раскопки Херсонеса».
Бертье-Делагард поставил своей целью опровергнуть господствующее мнение о былом великолепии развалин Херсонеса и о варварском их разрушении жителями Севастополя. По мнению исследователя, византийский Херсонес задолго до строительства Севастополя был жалким и убогим поселением, не заслуживавшим того восхищения, с каким Мартин Броневский описывал его руины. Что касается античного Херсонеса, то он, как полагал Бертье-Делагард, находился не подвизантийским городом на берегу Карантинной бухты, а совсем в другом месте — в окрестностях Казачьей бухты.
К. Косцюшко-Валюжинич