Выводы эти встретили поддержку со стороны компетентного знатока античных памятников академика Н.П. Кондакова (1844—1925), что ставило Косцюшко-Валюжиннча в весьма затруднительное положение. Рассказывая монастырскому начальству, что он под христианским Херсонесом ищет языческий город, Косцюшко-Валюжинич не имел поддержки со стороны научных авторитетов. Правда, уже А.С. Уваров отыскал в базиликах византийского времени обломки античной эпохи. Но кто мог поручиться, что они всегда находились на этом месте, а не были привезены морем из Казачьей бухты в период строительства храма? К.К. Косцюшко-Валюжинич не мог представить в пользу своего мнения убедительных доказательств.
Эти доказательства появились лишь в 1899 г. В нескольких шагах от монастырской калитки на свет вышли монументальные ворота V в. до н.э., а справа и слева от них — стены великолепной кладки. Не меньшей неожиданностью было то, что в стене близ ворот оказалась ниша, прикрытая плитой. Когда удалили окрашенную охрой глину и плита отпала, взору предстали погребальные урны, золотые украшения поразительной сохранности.
В своем письме от 12 марта 1899 г. в Императорскую археологическую комиссию Косцюшко-Валюжинич писал: «Много столетий топтали это место своими ногами жившие здесь византийцы и татары, и, наконец, сотни тысяч богомольцев, туристов и ученых, не подозревавших, что под ними погребена целая маленькая Троя с нетронутыми гробницами ее знаменитых граждан».
Среди тех, кто одним из первых увидел открытые Косцюшко-Валюжиничем ворота и стены, был его главный соперник и оппонент Бертье-Делагард. Как настоящий ученый, он отказался от своего ошибочного мнения и признал, что по характеру кладки ворота и стены принадлежат греческому городу V—IV вв. до н.э. А это означало, что город, основанный гераклейцами в V в. до н.э., находился на том же месте, где византийский Херсонес (Корсунь по русским летописям).
Последовали и официальные признания. Скромный археолог сразу стал знаменитостью. Археологическая комиссия, наконец, удостоила его избрания в свои члены-корреспонденты. Царь повелел увеличить бюджет раскопок на 2 тысячи рублей. По этому поводу из Археологической комиссии пришла телеграмма: «Ура! Ура! Ура! Милейший Косцюшко-Валюжинич, беспредельно радуемся беспримерному счастью».
План Херсонеса
В марте 1904 г. Косцюшко-Валюжинич писал: «Зачем я не родился столетием раньше. Я бы пал к ногам Великой Екатерины и спас бы Херсонес, раскопав его, от будущих врагов, причинивших ему, начиная с Крымской кампании, и причиняющих в настоящее время больше зла, чем это сделали скифы и остальные варвары».
Вскоре древние башни и стены, очищенные археологом от земли, стали свидетелями грозных событий революции 1905 г. На рейде восточнее Карантинной бухты 15 ноября бросил якоря мятежный крейсер «Очаков». Оставшиеся верными царскому правительству батареи Северной стороны открыли по нему артиллерийский огонь. Несколько снарядов разорвались у склада древностей, над большой западной базиликой. В час ночи 17 ноября каратели провели под башней Зенона на гарнизонную гауптвахту командующего революционным флотом лейтенанта Шмидта и его сына. Шмидт хромал, кровь текла по его лицу. Матросы грубо толкали пленника в спину. Косцюшко-Валюжинич был свидетелем этого зрелища, и оно его потрясло.
Посетители Херсонесского музея-заповедника неподалеку от ныне восстановленного Владимирского собора могут увидеть скромную одинокую ограду. На обломке колонны — имя Косцюшко-Валюжинича. Человек, отдавший жизнь Херсонесу, похоронен внутри стен древнего города как его именитый гражданин.
В оценках археологов последующих поколений Косцюшко-Валюжинич нередко не первый исследователь Херсонеса, а лишь его открыватель. Укреплению этого мнения способствовало отсутствие у Карла Казимировича капитальных работ по какой-либо из проблем истории открытого им города. В год столетия начала раскопок Косцюшко-Валюжиничем в Херсонесе на одном из заседаний Крымской научной конференции в сентябре 1988 г. прозвучал доклад саратовского археолога Владимира Ивановича Каца, изменивший наши представления об открывателе Херсонеса. Оказалось, что Косцюшко-Валюжинич был пионером в исследовании такого сложного и важного исторического источника, как клейма на керамике. Он первым выявил группу клейм, принадлежавших Херсонесу, определив характерные для нее признаки. В дальнейшем им был составлен список должностных лиц, ставивших эти клейма. Последние были использованы не только для датировки археологических комплексов, но и как аргумент в споре о местонахождении древнейшего Херсонеса. После смерти исследователя его труд попал в руки симферопольского коллекционера и нумизмата И. Махова и был издан под его именем. Потребовалось целое столетие для того, чтобы восторжествовала справедливость, и труд российского ученого был оценен по заслугам.