Транспортировка рельефов, весивших до 60 центнеров, представляла большие трудности, особенно на участке узкой старой дороги. Карл Гуманн, опытный инженер, приказал соорудить из длинных стволов нечто вроде саней и уложить на них открытые сокровища. Приходилось иметь дело и с препятствиями другого рода. По турецким законам треть находок принадлежала владельцу участка, треть — государству, треть — организатору раскопок. Стоило немалого труда уговорить правительство Турции продать свою долю.
Так, 97 каменных плит и 2000 фрагментов были переправлены в Берлин. Началась работа реставраторов. Она показала, что высшие олимпийские боги занимали восточную сторону алтаря, дневные божества — южную, боги ночи, созвездий и преисподней — северную. Почти вся западная сторона отводилась широкой входной лестнице. Пониманию последовательности рельефов помогли знаки каменотесов на плитах (буквы греческого алфавита), а в некоторых случаях — имена богов.
В 1902 г. в Берлине появилось здание Пергамского музея с восстановленным алтарем. В 1908 г. в результате осадки фундамента плиты пришлось снять, тем более, что в это время стали известны новые обломки фриза, несколько изменившие представление о его композиции. Новое здание Пергамского музея было открыто для обозрения в 1930 г., но экспозиция продержалась недолго. В 1939 г. все берлинские музеи были закрыты. Война…
Есть что-то символическое в судьбах величайшего памятника античного искусства. Когда авиация союзников обрушила тысячи бомб на Берлин, боги и гиганты нашли убежище в одном из подземелий близ Тиргартена. Там они пролежали всю войну, лишь изредка содрогаясь от взрывов. К концу войны, когда весь Берлин представлял собой море развалин, трофеи были вывезены туда, где им ничто не угрожало.
Прошло еще несколько лет, и зал Эрмитажа с Пергамским фризом открылся для всеобщего обозрения. Это было большим событием в художественной жизни нашей страны. Может быть, за всю многовековую историю Пергамский фриз впервые нашел зрителей, которые могли так хорошо понять и оценить его идею. Каждый, кто входил в зал, оказывался в окружении мятущихся мраморных фигур. Фронтовику это напоминало поле боя, где даже «мертвые, прежде чем упасть, делают шаг вперед». Древний рельеф казался таким же современным произведением искусства, как и возникшая в годы блокады 7-я симфония Шостаковича. В этом нагромождении тел была та же хаотичность и разорванность, тот же яростный порыв и титаническое звучание.
С передачи собственности Берлинского музея правительству Германской Демократической Республики начинается новая глава истории Пергамского алтаря — восстановление алтаря и установка фриза. С 4 октября 1959 г. музей Пергамского алтаря был открыт для жителей Восточного Берлина и его гостей.