Стены кремля, выходящие на площадь Минина и Пожарского, были засыпаны землей и потеряли прежнее величие. Нижние ярусы башен, лишенные света и вентиляции, превратились в сырые, темные подвалы, кирпич стал опревать, своды рушиться. В Дмитровской башне стены первого яруса не выдержали, и земля через проломы вывалилась внутрь помещений.
Вредно влияют всевозможные пристройки, приставленные или опирающиеся на кремлевские стены. В настоящее время большинство этих сооружений сломано и убрано, кроме наиболее крупных зданий первой половины XIX века — например служебного корпуса при губернаторском доме. Для этих сооружений использованы фундаменты примыкающих к ним прясел, арки, а частично и пилоны между ними разобраны и заменены новой системой арок и стен. Не заполненные кладкой части глубоких ниш остались внутри стены и превратились в глухие пазухи, где до середины лета не тает лед, накопившийся от конденсированной влаги. В течение многих десятков лет сюда же стекала вода с крыш соседних зданий, в результате чего появилась продольная сквозная трещина, которая отделила кремлевскую стену от стены здания.
Кирпич в облицовке стен разрушается прежде всего от шелушения и постепенного отслаивания тонких поверхностных пленок. Процесс этот протекает быстрее в кирпичах повышенной влагопоглощаемости или недостаточно хорошо обожженных, в свободно стоящих кирпичных и каменных стенах, не защищенных кровлей. В кладке из большемерного кирпича с древнерусской системой перевязи швов от действия воды и мороза раскалывается кирпич, появляются трещины, параллельные плоскости стены, которая расслаивается пластами толщиной в полкирпича, т. е. по 14–15 см (рис. 47). При каменной кладке трещина образуется глубже в зависимости от средней толщины каменных блоков примерно на 30 см от наружной поверхности стены. Так получилось на пряслах у Георгиевской и Коромысловой башен. На большинстве прясел трещины начинались с боевого хода зубцов от внутренней стенки брустверов и зубцов и шли к земле, постепенно приближаясь к поверхности стены. Там, где уровень земли внутри кремля был выше наружного, наблюдались серьезные разрушения в нижней части фасада стены, тогда как верхние части оставались относительно прочными (на пряслах Георгиевская — Борисоглебская, Тайницкая — Коромыслова, Никольская — Кладовая). На двух последних пряслах известковый раствор в нижних рядах стены разложился до такой степени, что кладку можно было разбирать руками без инструментов. Это произошло потому, что в течение десятков лет в кремле между Тайницкой и Коромысловой башнями стояли четыре большие конюшни на 50 лошадей каждая, были конюшни и около Никольской башни. Воды, насыщенные вредными для известкового раствора веществами, просачиваясь, попадали в толщу стены.
К действию стихийных сил можно добавить разрушения от ураганных ветров. Хотя на Восточно-Европейской равнине они бывают не часто, но в летописи XV века рассказывается, что сильным порывом ветра была унесена за Волгу лошадь с телегой. В 1830 году сорвало крышу Коромысловой башни, а в 1833-м — Тайницкой и Северной. В наши дни ветер дважды (1958 и 1966 гг.) повреждал кровлю и сдвигал стропила Георгиевской башни. Смерч же, который пронесся вдоль берега Оки 3 июля 1974 года и срезал каменные шатры Успенской церкви Благовещенского монастыря, прошел мимо кремля.
Пожары были настоящим бедствием городов царской России. Много раз от них страдали и сооружения Нижегородского кремля, причем особенно от пожаров 1531, 1704, 1711 и 1715 годов, тогда особенно сильно пострадала Ивановская башня. Горела она вместе с Белой башней и в 1819 году. Белая и Кладовая башни выгорели внутри в 1923 году, но при этом не было таких серьезных повреждений, какие получили Часовая и Северная башни, зажженные молнией в 1807 году: при пожаре обе они были разорваны сквозными трещинами, и крупные многотонные фрагменты кладки угрожали полностью отделиться от основного массива. В 1827 году на этих башнях поставили натяжные бандажи — три на Часовой и два на Северной, которые простояли на них вплоть до реставрации 1955 года. В плохом состоянии оказались части кремля, выстроенные на террасах береговых склонов Волги и речки Почайны. С течением времени на обоих этих участках между стенами и откосами накопилась земля, перемешанная с мусором. Слой насыпного грунта у стен, стоявших над Почаинским оврагом, достигал 8–9 м и был удален лишь в 1964 году. Пилоны, поддерживавшие арки прясла между Северной и Тайницкой башнями, не выдержали этой односторонней нагрузки, и еще в давнее время в них произошли сдвиги кладки. Стена около Георгиевской башни, где насыпь доходит до 11,5 м, и сейчас подвергается усиленному увлажнению, тогда как толща земли, аккумулирующая тепло, при резких колебаниях температуры в зимнее время и переходное от зимы время еще более усиливает процессы размораживания кладки.