Подлинные фрагменты Зачатской башни стали видны только в 1961 году, когда обрушилась закрывавшая их кладка XVIII века. Обнаружился верх сводчатого прохода, ведущего из башни в печуру в толще крепостной стены, а над ним несколько белокаменных ступеней. После расчистки был раскрыт проход шириной 110 см в боевую печуру, из которой начиналась каменная лестница наверх. От нее сохранилось пять ступеней высотой 34–36 см и шириной по 27 см, что значительно круче обычных для кремля лестниц, а также кирпичная облицовка стены с остатками наклонного свода (рис. 48). В дальнейшем здесь же был найден белокаменный угол между башней и стеной, в котором кладка уцелела на высоту около 1 м на протяжении 9 м к Белой башне. В плане стена отошла от первоначального створа на 12–15 градусов, а массив башни был смещен с первоначального положения и подвинут на 4,5 м в сторону реки. Сдвиг произошел в конце XVII — первой половине XVIII века и не зафиксирован письменными источниками. При последующем восстановлении стена была заложена по направлению к смещенной башне. «Сход к Живоносному источнику» состоял из трех помещений, причем в среднем находились ворота, а две боковые караульные камеры имели окна, обрамленные белым камнем и имитирующие бойницы.
Расчищенные в настоящее время части помещений в стене прясла у юго-западного угла башни, которые принадлежали ее воротному ярусу, показывают, что внутреннюю планировку Зачатской башни можно реконструировать по типу Никольской. Однако в ней, как и в Ивановской башне, ниже ворот не было казематов подошвенного боя.
Борисоглебская башняДревняя стена на прясле между Георгиевской и Борисоглебской башнями сохранилась на протяжении 110 м от Георгиевской башни. Конец ее упирался в массив, конструкция которого ясно читалась на западном торце. Он состоял из кирпичного щебня, уложенного слоями толщиной по 30–40 см, пролитого известковым раствором, который почти нигде не проникал до нижнего слоя; внутри массива оставались пустоты и сухая щебеночная засыпка. Все это подтверждало, что работа выполнялась в XIX веке, что это был контрфорс, подпиравший в продольном направлении оставшуюся часть прясла и основанный на древней кладке из белокаменных блоков и большемерного кирпича.
Дальше вдоль по склону ниже поверхности земли были раскрыты сильно деформированные остатки трех помещений, разделенных стенами из маломерного кирпича, а также фрагменты перекрывавших их сводов. В соответствии с планом 1842 года, подписанным полковником Стремоуховым, их можно считать «Духовским пролазом», который после расчистки и исследования пришлось разобрать при реставрационных работах 1966 года (рис. 49).
Ниже и дальше «пролаза» на расстоянии 160 м от Георгиевской башни была откопана крепостная стена с примыкающей к ней частью первого яруса Борисоглебской башни. Этот каменный массив высотой от 1,5 до 2,5 м (от древнего горизонта земли) был сдвинут на 4,5 м от прежнего положения, разорван сквозными трещинами и был заметно наклонен в сторону реки. Внутри массива находилась боевая печура, входившая в огневую защиту Борисоглебской башни, в ней целиком сохранились стены со всеми их характерными деталями на высоту пяты конусного свода. Белокаменный цоколь и части кирпичной облицовки, начинавшейся от одного ряда камня, определяют положение угла башни и толщину ее стен.
От всей северной части башни остались только следы опревшей бутовой кладки фундамента, но в южной половине сохранилась облицованная белым камнем стена круглого помещения нижнего яруса и ступени, ведущие из него наверх к выходу из башни в кремль.
Уровень пола хорошо виден по нижнему шву двух рядов белокаменной кладки, над которыми лежит кирпичная облицовка. Точный обмер кривой сохранившегося участка стены позволил определить положение центра окружности башни, установить размеры внутреннего помещения (шириной 6,7 м), а по положению наружного угла найти наружный диаметр башни на уровне земли, равный 15 м. К закругленной части с обеих сторон примыкали стены боевых печур.