В феврале 1925 г., когда отряды СА снова обрели официальное признание, Гитлер категорически запретил штурмовикам носить оружие. Период вооруженных группировок закончился. Теперь штурмовики должны были просто расчищать улицы при проведении фашистских митингов. Рем не разделял взглядов Гитлера на СА. В воображении Рема штурмовые отряды рисовались в виде народной армии, создание которой входило в тайные планы по ремилитаризации Германии. Разногласия между двумя лидерами вылились в открытый конфликт, после чего Рем в апреле 1925 г. прекратил свое членство в НСДАП, а в 1928 г. вообще покинул Германию и отправился в Боливию, где ему был предложен пост военного советника.
До ноября 1926 г. отряды СА оставались без общего руководства, подчиняясь местному гауляйтеру. В ноябре Гитлер провозгласил себя верховным вождем СА. Реальная же власть над СА перешла в руки начальника штаба. Этот пост занял известный командир добровольческого корпуса Франц Феликс Пфеффер фон Заломон. Поскольку фамилия Заломон звучала как-то по-еврейски, фон Заломон предпочитал называть себя Францем Пфеффером или даже Францем фон Пфеффером, что истине не соответствовало вовсе, зато позволяло сохранить баронскую приставку. Фон Заломон реорганизовал отряды СА по военному типу. Вместо прежних неопределенных «отрядов», возникли: группен (отделения), труппе (взводы), штюрме (роты), штандартен (полки), бригаден (бригады) и гауштюрме (дивизии). Число гауштурмов, по численности приближавшихся к дивизии, точно соответствовало числу территориальных управлений — гау — в НСДАП.
В августе 1927 г. численность СА достигла 30 000 человек. Спустя два года эта цифра удвоилась. В 1930 г. появились моторизованные отряды СА, обеспечивавшие штурмовым отрядам большую мобильность. К тому времени стало ясно, что взгляды фон Заломона на СА мало отличались от взглядов Рема. К тому же Гитлеру стало известно, что глава штурмовых отрядов втайне от фюрера пытался использовать армию в подготовке отрядов СА. В августе 1930 г. Гитлер отстранил его от руководства и телеграммой вызвал Рема из Боливии. Рем вернулся на родину перед Рождеством и 5 января 1931 г. официально был назначен на должность начальника штаба. Прежде всего Рем пересмотрел структуру СА, разделив отряды на шарен (бывшие группен), труппе, штюрме, штурмбанне, штандартен, унтергруппен (прежние гауштюрме) и группен. Если прежде самая крупная единица СА подчинялась руководству НСДАП, то сформированные группен не подходили под структуру отрядов НСДАП, поэтому подчинялись непосредственно Рему, ну и Гитлеру, конечно.
17—18 октября 1931 г. в немецком городе Брунсвике прошла «учебная мобилизация», в которой приняло участие 104 000 человек, обмундированных в униформу, это была выразительная демонстрация силы, которая переполошила веймарское правительство. В декабре ношение униформы было запрещено. Этот запрет продержался до июня, когда стало ясно, что его никто не собирается соблюдать. Вместо униформы военного образца нацисты стали носить единообразную гражданскую одежду: белую рубаху с черным галстуком. В июле 1932 г. Рем сформировал еще более крупное соединение СА-обергруппе. Вскоре обергрупп стало пять. Теперь отряды СА контролировали улицы, разгоняли митинги враждебных нацистам партий и терроризировали своих противников. Действуя в рамках закона, Гитлер сумел держать в руках правительство, шантажируя и запугивая его своими коричневыми отрядами.
30 января 1933 г. благодаря победе на выборах и закулисным интригам Гитлер стал канцлером, или премьер-министром Германии. Произошедший спустя месяц пожар в рейхстаге позволил Гитлеру раздуть антикоммунистическую кампанию и провести несколько законов, наделявших его диктаторскими полномочиями. Геринг, занимавший к тому времени пост министра внутренних дел Пруссии, придал отрядам СА статус вспомогательной полиции, в задачу которой входила поимка «врагов государства» и отправка их в концентрационные лагеря.
В сентябре 1933 г. во время парада, посвященного победе НСДАП на выборах, маршем прошло около 120 000 человек в униформе.
Рем получил должность рейхсминистра без портфеля. Число обергрупп СА к январю 1934 г. возросло до десяти. Однако дни «начальника штаба» были уже сочтены. Рем не скрывал своих разногласий с Гитлером по поводу роли СА. Рем высказывался за «вторую революцию», ему хотелось превратить СА в настоящую армию и даже заменить рейхсвер на СА. Гитлер же считал, что СА выполнили свою задачу по разгрому политических противников, поэтому дальнейшее существование столь многочисленной и влиятельной организации становилось опасным. Кроме того, Гитлер собирался начать войну, а для этого ему была нужна настоящая профессиональная армия, а не «коричневая пена», как пренебрежительно называли СА кадровые военные. Гитлер заручился поддержкой военных, пообещав им провести перевооружение и развертывание армии.