Ликвидация первых очагов контрреволюции явилась крупной победой. Трудящиеся всех национальностей Туркестана еще теснее сплотились под знаменем Советов.
Летом 1918 года над молодым рабоче-крестьянским государством нависла новая опасность. Англо-франко-американские империалисты начали вооруженную интервенцию против России. Англичане, французы, а затем и американцы оккупировали северные районы. Япония и страны Антанты высадили войска во Владивостоке и захватили Приморье. Немцы хозяйничали на Украине, в Белоруссии и на Северном Кавказе. На Средней Волге, Урале и в Сибири англо-американские империалисты организовали контрреволюционное выступление чехословацкого корпуса и стали хозяйничать на огромной территории от берегов Волги до Владивостока. Так враги навязали советскому народу длительную и кровопролитную войну.
Гражданская война охватила всю Среднюю Азию и Казахстан. В июле 1918 года Дутов вновь укрепился в Оренбурге, отрезал Туркестан от центральных районов России. В Закаспийской области белогвардейцы, эсеры и меньшевики совершили контрреволюционный переворот. Бесчинствовали проникшие на территорию Семиреченской области чехословацкие и белогвардейские банды. В Ферганской долине разрасталось басмаческое движение.
Туркестан оказался в кольце фронтов. Положение осложнялось еще и тем, что бухарский эмир и хивинский хан усилили враждебные действия против молодой Советской республики.
В это тяжелое время ЦК РКП (б), правительство РСФСР и лично В. И. Ленин оказывали неоценимую помощь Туркестанской АССР. Весной 1918 года, после разгрома первой дутовской авантюры, в Туркестан были направлены красногвардейские отряды, партийные, советские и военные работники, которые помогли в борьбе за упрочение Советской власти в крае. Забота Центрального Комитета была особенно важна для пролетариата края летом 1918 года.
Красные войска были разбросаны по четырем фронтам, не хватало вооружения, боеприпасов, продовольствия, обмундирования. Из-за нехватки нефти и угля паровозы топили хлопковым маслом и сушеной рыбой, которая накопилась в районе Аральского моря. Трудящиеся перешли на голодный хлебный паек — с мая 1918 года выдавалось по четверти фунта (100 граммов) в день на человека, а осенью норма была сокращена до 50 граммов. В крае вспыхнула эпидемия холеры и тифа, уносившая ежедневно сотни жертв.
Коммунистическая партия и правительство Туркестана напрягали все силы для укрепления обороны республики. В июле 1918 г. был создан военно-политический штаб, осуществлявший главное руководство всеми вооруженными силами республики. ТуркЦИК и Совнарком обратились к населению с призывом: «Социалистическое отечество в опасности и для защиты его все к оружию». («Наша газета», № 149, 23 июля 1918 г.).
Спешно было организовано обучение военному делу членов профсоюзов, шла мобилизация членов партии и профсоюзов в ряды Красной Гвардии. По требованию трудящихся местных национальностей их стали обучать военному делу в Ташкенте, Самарканде, Андижане и других городах. Партийные организации развернули широкую разъяснительную работу, мобилизуя трудящихся на борьбу против врагов революции. В сентябре 1918 г. начала свою деятельность Чрезвычайная следственная комиссия по борьбе с контрреволюцией. Усиливаются органы милиции на местах. Создаются боевые дружины, которые становятся главной силой поддержания порядка в городах края.
В ответ на антисоветские террористические выступления эсеров в Москве и других городах России — покушение на В. И. Ленина, убийство В. Володарского и М. Урицкого, VI съезд Советов Туркреспублики (октябрь 1918 г.) объявил «красный террор организованным массам буржуазии» и предупредил, что «всякая попытка контрреволюции и буржуазии свалить власть Советов рабочих, солдатских и дехканских депутатов как в центре, так и на местах, будет подавляться самым беспощадным образом».
В конце октября 1918 года был созван Краевой съезд депутатов Красной Армии и Красной Гвардии, решения которого имели важное значение в деле организационного строительства армии, укрепления дисциплины, усиления политико-воспитательной работы и повышения боеспособности вооруженных сил Туркреспублики. В начале ноября 1918 г. для руководства обороной республики был создан высший военно-политический орган — Верховная Военная коллегия.
Враги Советской власти не только извне, но изнутри стремились задушить молодую республику. Большую опасность представляли контрреволюционные подпольные организации, действовавшие под руководством и при помощи империалистических агентов.