В марте 1910 года Костенко арестовали за революционную деятельность и заключили в Трубецкой бастион Петропавловской крепости, а в июле он был осуждён на шесть лет каторги. В декабре 1911 года Костенко помиловали. Репутация политического преступника, каторжанина не помешала ему сначала возглавить судостроительную контору, а затем получить должность главного инженера Общества Николаевских заводов и верфей «Наваль» (ныне Черноморский судостроительный завод).
После революции В. П. Костенко занимал различные руководящие должности на судостроительных предприятиях в Николаеве, Харькове, Ленинграде.
В 1928 году Костенко был арестован, а в 1929-м направлен в Соловецкий лагерь особого назначения, затем привлечён к работе в особых бюро при ОГПУ в Харькове, а потом в Ленинграде. Освобождён в 1931 году.
В 1932–1941 годах он руководит возведением кораблестроительных предприятий на Дальнем Востоке.
В феврале 1941 года Костенко снова арестовали, а в июле 1942 года освободили.
С 1931 года и до конца жизни (с перерывомв 1941–1942 годах) В. П. Костенко был одним из руководителей судопроектного института «Проектверфь» (с 1936 года — Государственный союзный проектный институт-2, сокращённо ГСГТИ-2). Ныне это проектная фирма «Союзпроектверфь». С 1948 года В. П. Костенко был также членом научно-технического совета ЦНИИ им. академика Крылова.
Костенко умер в Ленинграде 14 января 1956 года, похоронен на Серафимовском кладбище.
Перипетии судьбы инженера Костенко в сложные, а точнее сказать, страшные годы никак не отразились на их крепкой дружбе с Новиковым-Прибоем, который в силу своих связей и возможностей хлопотал за опального Владимира Полиевктовича, что было в те годы довольно опасно. Только Силыч ведь был не из пугливых. Сам он словно в рубашке родился: не попал под репрессии, хотя был «запятнан» дружбой со многими «врагами народа», не сносившими головы в крутую годину. Среди них и Александр Воронский, и Борис Пильняк, и Павел Васильев, и боцман Воеводин, и Леонид Завадовский…
Кроме Костенко огромную помощь в работе над «Цусимой» оказал Новикову-Прибою и ещё один офицер с броненосца «Орёл» — Леонид Васильевич Ларионов.
Об удивительной личности Л. В. Ларионова рассказывает в своей книге «Взрыв корабля» замечательный современный писатель-маринист Николай Черкашин.
Леонид Васильевич Ларионов (1882–1942), сын флотского офицера, окончил Морской корпус в 1901 году, участвовал в Цусимском сражении в качестве младшего штурмана эскадренного броненосца «Орёл». В бою был тяжело ранен. По возвращении из японского плена Ларионов работал несколько лет в учёном отделе Главного морского штаба по научному разбору документов Русско-японской войны.
С 1914 по 1917 год капитан 1-го ранга Ларионов командовал яхтой морского министра Григоровича и состоял при нём офицером для особых поручений. Так же, как и его патрон, Ларионов лояльно встретил советскую власть. Он прослужил на Балтике до 1921 года и с окончанием Гражданской войны был демобилизован.
Как пишет Черкашин, не всем хватило кораблей. Далеко не все морские офицеры, перешедшие на сторону новой власти, смогли найти применение своему опыту и знаниям на флоте в качестве военспецов. Кораблей у молодой советской республики действительно было мало: одни погибли в Гражданскую, другие были уведены интервентами, третьи стыли и ржавели в «долговременном хранении». К тому же готовились новые командиры — из рабоче-крестьянской массы. И бывшие мичманы, лейтенанты, кавторанги устраивались кто как мог: шли в бухгалтеры, учётчики, учителя, одним словом, в совслужащие.
Совслужащим стал и Ларионов. Сначала он служил в Упрснабе северо-западных областей, позже — в Поверочном институте Главной палаты мер и весов СССР, затем на протяжении шести лет в Сейсмологическом институте Академии наук СССР.
В середине 1930-х кто-то, пишет Черкашин, припомнил ему офицерские погоны, и Ларионов остался без работы. На его попечении были мать, больная жена, пятилетний сын и престарелая нянька. В эти «немыслимо трудные годы, когда деньги приходилось рассчитывать даже на трамвайную поездку, когда покупка пирожного для больного сына образовывала в семейном бюджете ощутимую брешь», Ларионов занялся литературным трудом. Он писал «Аварии царского флота» и ежевечерне по старой штурманской привычке заполнял «вахтенный журнал» — дневник своей нелёгкой сухопутной жизни. Вот одна из тех дневниковых исповедей: «Приход революции не был для меня неожиданностью. Мой путь до семнадцатого года был покрыт большими терниями. Трудное детство. Ранняя потеря отца. Цусима. Раны. Плен. Пять лет лечения. После плена следствие и суд над Небогатовым. Бедствование без денег. Меня никто не тянул. Всей карьерой обязан сам себе. Но подлостей не делал и подлизыванием не страдал. В 1916 году к 1 декабря заплатил все долги и 5 декабря попал в капитаны 1-го ранга. С 1917 по 1935 год я честно служил и работал, испытывал много лишений, и холод, и голод. Временами работал день и ночь. Высшей радостью были достижения Союза. Только социализм мог их дать. С точки зрения морской: освоение Арктики — мечта отца и моя, флот, поставленный на исключительную высоту».