После погребения сестры великий Григорий снова предался безмолвию, трезвению, молитве и непрестанному богомыслию. Но враг безмолвия и богосозерцания, мерзкий Варлаам, приехал в Константинополь, как мы уже сказали, и выставил в качестве приманки для тех, кто разевал рот на подобное, внешнюю премудрость, приведя в течение малого времени в свое злочестие весь город и, прежде всего, Патриарха. Он почти убедил всех отречься от Православия, а божественных его проповедников — святого Григория и его единомышленников вызвали патриаршим письмом на суд Церкви. Взяв Исидора, Марка, Феодора, своих друзей, святой прибыл в Константинополь. Убедившись в том, что почти все именитые мужи, за исключением одного или двух, поверили Варлаамовой болтовне, Григорий своими беседами, с помощью благодати Святаго Духа, вернул их всех, и самого Патриарха, в лоно Православной Церкви. Прочитав дивные сочинения Григория, написанные против учения Варлаама и его богохульств, его провозгласили учителем благочестия согласным с божественными отцами Церкви. Сам Патриарх премного благодарил святого.
Чтобы искоренить Варлаамово заблуждение, решили созвать общий Собор, как только возвратится царь. Божественным мановением на Собор в столицу пришли все единомысленные Григорию подвижники из разных областей: преподобный Давид со своими сподвижниками, Дионисий, который предсказал посредством Божественного видения победу дивному Григорию над еретиками, и другие. Последним прибыл царь. Собор состоялся в храме святой Софии и осудил Варлаама и его богохульные сочинения, угрожая ему отлучением. И если бы он не притворился, что покаялся, принял и истинно исповедует Православие и осуждает свои ложные еретические сочинения, то из–за народного гнева не смог бы остаться в живых. Посрамленный таким образом, Варлаам вернулся к любимым своим латинянам. Но тот же лукавый сделал преемником и наследником Варлаамова заблуждения другого Григория, по прозвищу Акиндин. Снова был собран Церковный Собор, не меньший предыдущего (против Варлаама), и снова Григорий, великий подвижник и знаменитый защитник Православия, разрушил все заблуждения доказательствами из Священного Писания и учения Православной Церкви. Едва прошло два месяца после Собора, как началась гражданская война, которую развязал патриарх Иоанн, по прозвищу Калека. Поскольку божественный Григорий был против войны и советовал заключить мир, Патриарх искал всевозможные способы, чтобы наказать Григория. Забыв обо всех почестях и похвалах, которые сам же ему ранее выказывал, не в силах выдумать против Григория какую–нибудь клевету, Патриарх обратился против Православия, обрушив на Церковь и ее божественные догматы ужасную брань, и все для того, чтобы наказать преподобного, якобы защищающего еретическое учение. Патриарх привел в Православную Церковь Акиндина, хранителя ереси, рукоположив его в диаконы и готовясь посвятить во священника и учителя Церкви. Святого же Григория, проповедника истины, оклеветанного в разжигании войны, он осудил на заключение в темницу.
Тогдашняя царица Анна, услышав, что Акиндин, преданный анафеме на двух Святых Соборах, рукоположен в диаконы, изгнала его из Церкви. Божественный же Григорий оставался в темнице четыре года, хотя был весьма болен и нуждался в ежедневном лечении. Григорий, с Божией помощью, стойко переносил все тяготы тюрьмы. В конце концов Патриарх, оклеветавший его, стал ненавистен царям и его осудили на заключение; Соборным решением он был лишен священного сана за ересь и отлучен от Церкви. Его погибель стала гибелью для ереси и свидетельством истинности Православия. Тотчас же прекратилась и гражданская война. Великий Григорий вышел из тюрьмы и торжественно, с венцом исповедника, вернулся к любимым и любящим его братьям. Чтобы опустить лишнее, скажу, что позже его рукоположили в митрополита Солунского, причем и царь, и патриарх Исидор усиленно просили его принять сан. Поскольку и в Салониках была какая–то междоусобица, архиерея Божия Григория снова изгнали из Церкви, и он снова вернулся на Святую Гору, как раз в праздник Рождества Богородицы. Один благочестивый священник, отвечавший за призрение сирот, уговорил священников, служивших литургию, помолиться Богу, чтобы Тот показал им с помощью знамения, какое дерзновение имеет Григорий пред Богом и в каком чине будет пребывать на Небесах. Этот благочестивый священник тайно молился Богу, чтобы Он явил знамение на его расслабленной дочери, и чтобы та исцелилась (надо сказать, что члены тела ее были сухими и неподвижными в течение трех лет). И Бог, прославляющий своего служителя, ради которого и было моление, внезапно поднял девушку с постели, она начала свободно ходить, и, не вспоминая о прежней болезни, здоровая бегала по всему дому.