После слов игумена смиренномудрый Нифон упал на землю и, обливаясь слезами, говорил:«Кто я такой, зловонный грешник, чтобы принять на израненную свою выю такое тяжкое иго?«Услышав плач святого, вся братия прибежала в церковь посмотреть, кто так тяжко скорбит. Когда в храме собрались все братья, игумен возвестил о том зачем пришли епископы и клирики. Как только братья услышали об этом, они окружили святого с таким плачем и рыданиями, что и епископы, и клирики вошли в церковь, и передали святому грамоту от всего Солунского клира. Святой же с плачем говорил:«Архиереи святые, я, уязвленный множеством моих грехов, пришел в это место, чтобы безмолвствовать и здесь же умереть. Как могу я сейчас уйти с пути покаяния и восприять заботу о стольких душах, когда едва могу спасти собственную грешную душу?«На это епископы отвечали:«Отче, не противься Божественному решению, потому что все единомысленно и единогласно хотят, чтобы ты стал их пастырем». Тогда, просвещенный Духом Святым, игумен сказал:«Ступай, отче честный, ибо такова воля Божия, ибо ты возрастил талант, и тобою спаслись многие. Но всегда вспоминай сию священную обитель, любовь нашу и братьев, и помогай нам частыми твоими молитвами, а также в наших земных потребностях. Мы же всегда будем помнить о тебе, как о насельнике и чаде нашей святой обители, потому что Господь в эту ночь повелел мне, недостойному, не полагать препятствия на твоем пути». С этими словами он облобызал блаженного Нифона, то же сделали со слезами и прочие братья. Наконец преподобный сказал:«Отцы и братья мои, да совершится воля Господня, как вы желаете, однако поджидает меня, недостойного, великая опасность, потому молитесь о мне ко Господу».
Когда епископы, клир и святой Нифон пришли в Салоники, то их встретило множество народа, который хотел увидеть преподобного и получить его благословение, и тут один спешил опередить другого. С наступлением воскресенья его рукоположили во архиерея — пасти народ Божий. Через несколько дней Нифон понял, что христиане испытывают смущение от латиномудренных нововведений Флорентийского псевдособора, и начал постоянно учить народ Божественным заповедям апостолов, основываясь на постановлениях Соборов, полностью опровергая софистические доказательства латинян и заповедуя твердо хранить Православие. Утешал он свою паству и во время бесчиний и искушений, происходивших от только что воцарившихся агарян, побуждая ради надежды на обетованные блага безропотно переносить скорби и мучения плена.
Своими премудрыми поучениями он подвигал немилосердных и жестоких богачей на милость к нищим, ибо сам был настолько милостив и нищелюбив, что неоднократно по ночам ходил один, чтобы подать все необходимое больным и немощным. Кротостью своих слов он привлекал всех к Божественной воле. Премудрый привел в христианскую веру даже многих неверных, обратив их от заблуждения. Слух о нем прошел повсюду, так что к нему приходили многие. Узнали о нем и в Великой Церкви, и захотели его увидеть.
Через два года Собор архиереев Константинопольской Церкви вызвал его по неотложным Церковным делам в столицу. Это случилось устроением Божиим, так как светильник, поставленный на более высоком месте, светит всем. Когда святой прибыл в Константинополь, то патриарх, архиереи, весь клир и народ приняли его со всеми почестями за его добродетель и премудрое руководство паствой. Там же был и Захария, они облобызались и радовались безмерно. При этом исполнилось пророчество божественного Захарии о том, что они встретятся еще в этой жизни. Однако через несколько дней святейший Захария, заболев, отошел ко Господу, божественный же Нифон со всеми почестями благоговейно предал погребению его честные останки.
Спустя немного времени преставился о Господе и Константинопольский патриарх, и тут же, без промедления, все архиереи и клирики царской властью возвели на Вселенский престол премудрого Нифона, против его воли. Имея в святой своей душе ревность по Богу, он громогласно стал проповедовать, как новый апостол, Божественное учение, вразумляя, в меру запрещая, всячески стараясь отогнать волков от стада Христова и укрепить Православие. Божественными своими и премудрыми словами он спас многих неверных, которые принимали от него Божественное Крещение и, укрепляемые его молитвами, возвращались к себе на родину. После Крещения они старались держаться в стороне, чтобы избежать опасности от нечестивых.
Радовалась Церковь Христова, имея такового светильника, сияющего во всей вселенной, и не было в те времена другого, подобного ему. Однако ненавистник добра диавол не смог вынести известности преподобного, но подвиг некоторых клириков–скандалистов разлучить святого с его паствой. Сговорившись против доброго пастыря, они указом султана изгнали его из Патриархии.