Однажды в тонком сне ему явился Ангел Господень и сказал, что бесы уйдут из Мануфина после перенесения туда честных мощей бессребреников Кира и Иоанна. И как только это повеление было исполнено, нечистые духи отступили, а бывшее капище стало источником исцелений. После того как святитель прогнал из Александрии бесов невидимых, о позаботился, чтобы изгнать отсюда и бесов видимых — христоненавистников евреев, облюбовавших старинный город еще во дни Александра Великого. С течением времени они сильно умножились и не переставали, по обычаю своего рода, склонного к мятежам, тайно и явно замышлять злое против христиан. В силу своей непримиримой ненависти к Спасителю, они стали причиной множества волнений, мятежей, кровопролитий и убийств.
Позвав к себе начальников синагог, блаженнейший патриарх Кирилл посоветовал им удерживать свой народ от скверных поступков и образумиться, но те начали действовать с еще большей злобой. Так, в Александрии был прекрасный большой храм, называемый Александровым, поскольку был построен епископом Александром. Задумав перебить христиан, нечестивые евреи вооружились и однажды ночью стали с шумом бегать по улицам и кричать под окнами домов, где жили христиане, что горит храм Александра. Услышав крики, христиане тотчас же с поспешностью бросались тушить пожар, но как только человек выбегал на улицу, на него набрасывались злодеи и убивали — кого мечом, кого ножом, кого копьем… Многие горожане погибли во время этой резни.
Утром, узнав о случившемся, святитель Кирилл сильно опечалился, и призвал Ореста, эпарха города, по закону судить евреев. Но тот, хотя и был сам христианином, из–за ненависти к преподобному помог евреям и скрыл убийц. Тогда, исполнившись Божественного гнева, предстоятель взял с собой множество христиан и сам прогнал евреев из Александрии, дома их разрушил, а синагогу закрыл. За совершенное самоуправство эпарх разгневался на патриарха и стал творить зло родным и друзьям святителя. Например, велел принародно сорвать одежды с Иеракса, секретаря блаженнейшего, мужа известного и всеми уважаемого, и нещадно бить его.
С той поры между эпархом и подвижником возник большой раздор и несогласие: святитель защищал христиан, а эпарх — евреев. Оба они порознь написали царю Феодосию Младшему об этом деле и ждали какой последует приказ. Между тем, в Александрии было и другое обстоятельство, ставшее причиной убийств и сильного возмущения.
Жила в городе Александрии дева–философ по имени Ипатия — благочестивая и добродетельная дочь философа Феоны. Епископ Киринский Синесий пишет, что своей премудростью она превосходила всех философов того времени. Она хранила чистоту девства, не желая выходить замуж, с одной стороны, преимущественно ради любви к Иисусу Христу, а с другой, чтобы спокойно предаваться чтению философских книг. Каждый день к ней в Александрию приходили из разных стран священники и вельможи; весь народ почитал ее и с любовью выслушивал душеполезные советы и наставления. Дева–философ хотела примирить патриарха с эпархом и со смирением и кротостью приходила то к одному, то к другому. Своими разумными словами она убеждала обоих примириться, хотя святейший патриарх и ранее несколько раз искал мира с эпархом, но тот, по своему злому нраву и злопамятству, не хотел ни о чем и слышать.
Однажды днем, когда дева–философ возвращалась на колеснице домой, какие–то мятежники, не желавшие мира между эпархом и святителем, неожиданно набросились на нее, стащили с колесницы и, разодрав одежды, стали немилосердно избивать, пока не убили, но даже этим они не насытили свою злобу. Какое бесчеловечие и зверская жестокость! Бросившись на тело девы, они разрубили его на куски и сожгли в местечке, называемом Кинарос.
Узнав об этой трагедии и несчастье, все александрийцы сильно опечалились, а живущие на Нитрийской горе монахи, исполнившись ревности, спустились в Александрию, чтобы помочь и защитить своего предстоятеля. Их было около пятисот человек. Случайно по дороге встретив эпарха, восседавшего на колеснице, они начали шуметь, понося его и называя идолопоклонником — прежде он был еллином и незадолго до того принял Крещение в Константинополе. Один наиболее раздраженный монах, отец Аммоний, бросил в эпарха камень и попал в голову. Собравшийся народ оттащил иноков от эпарха. Подозревая, что это святитель направил против него монахов, эпарх воспылал гневом и подверг Аммония таким жестоким пыткам, что тот умер. Узнав об этом происшествии, Кирилл опечалился и послал за телом инока, которого с почестями предал погребению.