Эти события придали смелости евреям. Они построили себе новую синагогу, а затем, для надругательства и посрамления Спасителя и христиан, дерзнули совершить следующее беззаконное деяние: соорудили длинный крест, поймали ребенка–христианина и, обнажив его, распяли на нем, но не с помощью гвоздей, а с помощью тонких прутьев. Надругавшись над ним, они плевали ему в лицо и глумились, так же как и их отцы издевались над Господом, и так сильно избили его, что ребенок умер. Так то благословенное дитя стало причастником и подражателем Иисусовых Страстей.
Божественный Кирилл сообщил царю об этом нападении и злочестии, и правитель, хотя и с промедлением, вынес справедливый суд. Он приказал жестоко наказать еврейских начальников, а эпарха Ореста лишил должности. После прекращения возмущений и соблазнов, святитель стал прилежно и богоугодно пасти свое словесное стадо, до определенного времени наслаждаясь миром. Следующим испытанием для александрийских христиан и всей Церкви стала богохульная ересь нечестивого Нестория, который стал Константинопольским патриархом после Сисиния. Вначале своего патриаршества он ничего противного вере не проповедовал и внешне казался благочестивым. Но в душе этот несчастный был еретиком, называя Владыку Христа только «Высоким Человеком», а не Богом, Госпожу же Богородицу — не Богородицей, а «Христородицей».
Первыми начали сеять эту ересь, как терние посреди пшеницы, единомысленные Несторию жившие вместе с ним епископ Дорофей и пресвитер Анастасий. Однажды, поучая народ в кафедральном соборе Константинополя, Дорофей произнес такое хульное слово: «Кто назовет Марию Богородицею, да будет анафема». А Анастасий во время своей проповеди сказал: «Пусть никто не называет Марию Богородицей, потому что Мария была человеком и женщиной. А как может родиться Бог из человеческого тела?» Когда народ услышал эти богохульные слова, то стал возмущаться и со своими недоумениями они пришли к патриарху Несторию. Тогда этот скверный, единомысленный иудеям, не смог уже более таить в своем сердце еретический яд, и открыто изблевал против Христа и Богоматери такие богохульства: «Я не называю Богом Того, Кто был зачат во чреве Жены, и ожидал дни и месяцы, пока не родился. И Ту Женщину, что родила плотского Человека из собственного естества, не называю Богородицей».
С той поры начались споры и разделения в народе, потому что одни противились ереси Нестория и отвращались ее, другие же имели с ним общение и соглашались с его нечестием. Но эти разделения случились не только в Константинополе, но почти по всей вселенной, поскольку Несторий вместе со своими последователями записал свою ересь в книги, которые распространял повсюду, даже в пустынях, где обитали монахи. И стольких клириков, иноков и мирян увлек в это заблуждение, что, как прежде Арий разодрал свыше тканый хитон Христов, так и Несторий разделил всю полноту Церкви на многие части.
Узнав обо всем, святитель Кирилл Александрийский сильно опечалился и как верный раб Христа и Божией Матери вооружился на брань за Их честь. Как истинный пастырь, он приготовился выгнать мысленного волка из загона словесных овец. Сначала предстоятель Александрийской Церкви написал Несторию письмо с назиданием, в котором с братской любовью советовал отречься от этих еретических мнений и, обратившись к благочестию, исправить тех, кого сам же увлек в нечестие. Однако, получив письмо треблаженного, нечестивый Несторий не только не исправился, но стал еще хуже, и старался еще больше распространить свое ложное учение, а противящихся его заблуждению клириков и монахов мучил различными способами. Он сильно разгневался на божественного Кирилла и клеветал на него перед всем народом.
Когда святитель Кирилл увидел, что Несторий не исправляется он написал к нему другое, уже более суровое письмо, в котором обличал его ересь; так же преподобный обратился с письмами к Константинопольскому клиру, к царю, а затем к папе Целестину и другим патриархам. Подобным же образом Кирилл написал в разные города и страны к епископам, правителям и архонтам, ко многим отшельникам и прочим монахам. Александрийский первоиерарх доказывал на основе Священного Писания, насколько страшным и душевредным было заблуждение Нестория, побуждал всех беречься от этой ереси, как от смертоносного яда.
Наконец, поскольку день ото дня ересь Нестория умножалась и уже многие епископы совратились в нее, благочестивый царь Феодосии, желая утишить соблазны и очистить Церковь Христову и пшеницу веры от шипов и терний несториева заблуждения, повелел в 431 году собрать в Ефесе Третий Вселенский Собор, на который со всей вселенной собралось более двухсот епископов, а те, которые по причине каких–то препятствий не смогли прийти сами, прислали вместо себя своих представителей.