Есть и другие причины возникшей в Узбекистане конфликтной ситуации, связанные со спецификой экономического и политического развития страны. В начале 90-х годов узбекские власти поощряли развитие исламской культурной традиции: открывались новые мечети, в Намангане и Андижане фактически всем руководила религиозная община, мусульманская молодежь имела возможность получать религиозное образование в исламских центрах арабских стран, Пакистана, Ирана. Однако ислам в Узбекистане стал быстро политизироваться — но не столько под воздействием агитации мусульманских пропагандистов, сколько вследствие неспособности светской власти обеспечить сносное и безопасное проживание ее гражданам. Гражданская война в Таджикистане, попытка в Узбекистане сформировать религиозную оппозицию, студенческие выступления в январе 1992 года напугали власти, которые начали гонения активистов запрещенных партий и движений, отнесенных к разряду «религиозно-экстремистских», — Исламской партии возрождения, «Адолат» («Справедливость»), «Товба». Заодно репрессиям подверглись и вполне светские политические объединения — «Эрк», «Бирлык» и другие, лидеры и активисты которых попали в «черные списки», а затем очутились либо в тюрьмах, либо в эмиграции.
Но вместе с действительно имевшими место проявлениями экстремизма и фанатизма узбекские власти безжалостно подавили и своих потенциальных политических соперников, и ростки исламского возрожденческого движения, причем не только в своей стране, но и в соседнем Таджикистане. Таким образом, в Узбекистане, так же как это произошло ранее в Таджикистане, реализовался одинаковый сценарий: светские оппозиционные движения, стоявшие на умеренной политической платформе или же занимавшиеся культурно-просвещенческой деятельностью, были запрещены и разгромлены. Репрессии властей вынудили оставшихся на свободе (и в живых) оппозиционеров либо покинуть свои страны, либо уйти в подполье, либо примкнуть к антиправительственным силам. На поверхность вышли экстремистские организации (наподобие Исламского движения Узбекистана) — апологеты насилия, связанные с такими структурами, которые способны были оказать помощь в приобретении оружия, организации лагерей подготовки боевиков и проч.
Борьба узбекских властей с исламистами в итоге не привела к их уничтожению, но породила новые проблемы. К тому же существование талибского режима в непосредственной близости от границ этого центральноазиатского государства служит питательной почвой для местных исламистов, борьба с которыми имеет долгосрочные перспективы. Поэтому-то Узбекистан, а также и Таджикистан пытаются максимально использовать свое прямое участие в нынешней антитеррористической акции в Афганистане: они надеются с помощью американцев разгромить одним махом исламское оппозиционное движение и его зарубежных спонсоров. За это узбекскому и таджикскому режимам придется, возможно, расплачиваться внутриполитическими осложнениями. Ведь в руках оппозиции, выступающей в этих странах под исламскими знаменами, окажется мощный козырь, тем более что и нерешенные социальные проблемы, материальные трудности, связанные с углубляющимся дисбалансом экономики, а также демографический рост и массовая безработица создают питательную базу экстремизма, пополняют ряды сочувствующих повстанцам. Осенью 1998 года в Наманганской области произошли волнения, напрямую не связанные с религиозным фактором: протест населения вызвало резкое падение жизненного уровня, и основные требования касались снижения цен и повышения заработной платы. Однако во главе социального движения выступили исламисты, что свидетельствовало о том, что их шансы стать выразителями протестных настроений в условиях отсутствия профсоюзного движения и светской оппозиции оказались весьма велики.
Подведем некоторые итоги. На постсоветском Юге роль ислама как внешней угрозы в пропагандистских целях иногда преувеличивается, но как внутренняя угроза для ряда правящих режимов, в первую очередь узбекского и таджикского, она легко может реализоваться.