Владислав Ягелло, великий князь литовский, занявший польский престол и тут же перешедший в католичество, не смог противостоять церковникам, и его длительное правление (1386-1434 гг.) было для евреев, мягко выражаясь, тяжёлым.
Духовенство, следуя своим немецким "старшим товарищам" стало обвинять евреев в осквернении гостии. Якобы за это ритуальное преступление в 1399 г. раввин и старейшины познаньской общины были сожжены самосудом, устроенным толпой фанатиков.
В 1407 г. в Кракове произошёл еврейский погром, в результате которого местные жители разбогатели. Затем наветы на евреев по наущению католических священников совершались почти регулярно. Причина погромов - банальная зависть к удачливому конкуренту. Притом, что основная масса евреев занималась мелкой лавочной торговлей, сапожным, портняжным, столярным и плотницким делом, а удельный вес купцов, ростовщиков, аптекарей и лекарей был мизерным. Пропаганда, как и во все времена, своё гнусное дело совершало "качественно".
В годы правления Владислава Ягелло вышли установления, запрещающие евреям не только браки с христианами, но даже простое общение с ними.
В граничащей с Польшей Литве положение евреев в те годы было иным. Правивший Литвой великий князь Витовт, даровал еврейским общинам Бреста, Гродно и другим большим (по тем понятиям) городам привилегии, аналогичные тем, которые были дарованы Казимиром Великим. Но в конце XV в. положение евреев стало ухудшаться, так как шляхтичи (назвавшие себя дворянами) получили большинство в Сейме, состоявшем уже из короля, сената, представителей аристократии, высшего католического духовенства и так называемой посольской избы, представляющей шляхтичей, избиравших в сеймиках (региональных собраниях) своих депутатов Сейма.
Теперь жизнь евреев перестала регулироваться только королевскими указами. За королём осталось право определять подсудность евреев и регулировать жизнь евреев в общинах и отношения общин с магистратами.
Что касается торгово-промышленной деятельности евреев, то она попала в зависимость от решений Сейма и сеймиков. Появилась конституция, в которой статьи, направленные против евреев как конкурентов христиан, прикрывались религиозными "обёртками". К тому же сама королевская власть под влиянием указанных факторов уже не могла оказывать евреям прежнего покровительства. Вследствие этого евреи стали подвергаться усиливавшимися нападкам всех сословий титульной нации.
Христианскому населению объяснялось, что иудеи преуспевают в экономической сфере не умением торговать, брать в долг и своевременно отдавать денежные средства, не добросовестным трудом и связями со своими единоверцами, разбросанному волею Бога по всему миру, а благодаря помощи нечистой силы. Чернь усваивала такую информацию легко и надолго. Производство такой информации не требовало серьёзных затрат.
Взошедший в 1447 г. на польский престол литовский великий князь Казимир IV Ягелончик, сумел подчинить себе духовенство и шляхту и подтвердить привилегии, пожалованные евреям Казимиром Великим, и отменить меры, ограничивавшие жизнь и деятельность евреев. Его действия возмутили духовенство. Его короля положение усугубили военные неудачи, названные духовенством несчастьем, насланным Господним наказанием за покровительство, оказываемое иудеям. В связи с ухудшившимся экономическим положением король вынужден был подчиниться воле шляхты, соглашавшейся служить в армии и платить налоги лишь при условии расширения её прав, и духовенству, грозившему проклятиями. Эти требования были удовлетворены и закреплены в 1454 г. Нешавским указом. Как следствие действий короля вскоре раздались лозунги религиозной нетерпимости к иудеям, а затем и реакция на них со стороны коренного населения.
Так, например, в 1464 г. толпа, состоящая из монахов, крестьян и обедневших шляхтичей, совершила в Кракове кровавый погром. Погромы произошли и в других городах компактного расселения иудеев.
Преемникам Казимира IV, ещё как-то пытавшегося защищать евреев, в 1494 г. пришлось пойти на новые уступки духовенству, шляхте, городскому мещанству в вопросах ограничения прав евреев.
Конец XV в. ознаменовался появлением в Польше первого гетто, т.е. части города, за пределами которой евреям запрещалось проживать. В Кракове под гетто было определено предместье Казимеж, куда заставили переселиться евреев после постигших их кварталов пожаров и жестокого разграбления оставшегося имущества. С тех пор Краковскому магистрату было дано право не поселять у себя евреев.
Примерно в это же время в Литве в 1498 г. престол великого князя после смерти Казимира IV занял его сын Александр. Сначала он как бы благоволил евреям, но, будучи плохим правителем, быстро опустошил казну и пополнил её, ограбив литовских евреев "до нитки". Лишённые своих средств, они двинулись, главным образом, в Польшу. Польский король Ян Альбрехт оказал им покровительство.
Когда после смерти Яна Альбрехта литовский великий князь Александр взошёл в 1501 г. на польский престол, духовенство и шляхта надеялись, что он поступит с польскими евреями также, как и с литовскими. Однако новый король отнёсся к ним не только благосклонно, но даже в 1503 г. приказал литовским изгнанникам вернуться в Литву, а литовским властям - возместить им потери за принадлежащее им отнятое имущество.
Сигизмунд I Старый (1506-1548 гг.), не останавливавшийся перед жесткими мерами борьбы с реформаторским движением в среде католичества, проявлял если не благосклонность, то полную терпимость к евреям. Но в это же время, именно в связи с возникновением реформаторского движения, особую силу приобрело католическое духовенство - государственная религия Польши и оплот королевской власти. По командам его иерархов ксёндзы стали сгущать атмосферу ненависти к евреям, а вражда к ним со стороны шляхты стала более жесткой. Когда в Познани евреям запретили арендовать товарные склады и торговать за пределами гетто, король приказал не чинить этих притеснений. Тогда духовенство предъявило королю следующий аргумент: от евреев, арендующих склады на рынках в районах компактного проживания купцов титульной нации, возникает соблазн для христиан их отвращения от истинной веры. Король Сигизмунд не осмелился возразить духовенству и в 1520 г. запретил евреям арендовать склады на рынках. После этого в ряде городов еврейских купцов заставили хранить товары в гетто. Затем по ходатайству многих магистратов евреи были ограничены в правах торговли. Им запретили брать на откуп сбор налогов и торговать в деревнях. Одновременно им было приказано исполнять договоры, заключенные их общинными советами с городскими магистратами. Эти договоры не были добровольными актами. Окружённые неприязнью, евреи вынуждены были уступать магистратам, отказываться частично от прав, ранее предоставленных им королевскими указами. Таким образом, в одних городах они могли жить и торговать лишь в определённых частях, в других - численность евреев ограничивалась, или же евреи вообще в них не допускались. Несколько позже, как и в старые "недобрые" времена, евреям запрещалось иметь христиан в услужении.
Двойственность положения евреев состояла в том, что крупные землевладельцы, сдававшие евреям землю в аренду и нанимавшие их в качестве управляющих имениями, относились к ним благожелательно. Те приносили им прибыли. Мелкопоместная шляхта, добившаяся значительного влияния на короля, заставила его издать постановления, имеющие целью унизить евреев ношением отличительного знака на одежде и парализовать их экономическую деятельность. Противники евреев, в том числе шляхта и польское купечество, требовали, чтобы откупщиками назначались не евреи-финансисты, как это часто делала власть, а назначались только шляхтичи. Король хоть и не мог игнорировать эти требования, но королевским покровительством всё-таки как-то их сдерживал. Но тёмные силы находили в среде мещанства и крестьянства благодатную почву для своего развития. Королевская власть теряла силу и оказалась неспособной остановить победное шествие духовенства, уверенно порабощавшего разум и волю общества. Однако защита, которую она власть оказывала евреям, служила им моральной поддержкой. Так, когда, вопреки воле короля были назначены три еврея (1556 г.) виновными якобы в глумлении над гостией, король Сигизмунд Август выразил по этому поводу резкое осуждение. Осуждено было королём подобное деяние, совершённое в Литве, когда, мстя евреям за то, что в их руки перешёл винный откуп, мещане Бельска возвели на приказчика откупщика обвинение в умерщвлении христианской девочки (1561 г.). В этом случае король поспешил пожаловать евреям грамоту, в силу которой право суда по таким делам принадлежало королю с Радой, причём обвинение должно было считаться доказанными при наличии обличителей: четырёх христиан и трёх евреев. Иначе сам обвинитель подвергался каре. Местные власти отказались признать законность этой грамоты, и евреям пришлось выхлопотать новую привилегию, по которой местные власти обязывались признать королевскую привилегию в качестве единственно законной, а также обнародовать её на ярмарках.