Однако и такая, не всегда действенная, королевская защита, утратила своё значение для евреев при слиянии в 1569 г. Польши и Литвы в Речь Посполитую согласно Люблинской унии. По этой унии, король избирался совместно польскими и литовскими вельможами. Наступило время их господства. Если Стефан Баторий (1576-1586 гг.), сумев сохранить за собой определённую самостоятельность, уравнял евреев в правах с мещанством, разрешив им заниматься ремёслами и освободив их от унизительной процедуры присяги и т.д., то при его преемниках реакционное влияние католической церкви серьёзно усилилось. И это тяжело отразилось на судьбах евреев.
Во-первых, участились процессы, на которых евреи обвинялись в ритуальных преступлениях.
Во-вторых, в больших количествах стала печататься литература, распространяющая вымыслы об употреблении евреями христианской крови, а также обвинявшая их в других злобных действиях против христианского мира. Классическим примером такого писания является памфлет ксендза Маецкого, напечатанный в Кракове в 1598 г. За ним последовали другие. И вера в кровавые преступления проникала и закреплялась в сознании христианского населения. Наветы такого рода сопровождались грубейшими небылицами. Так, Маецкий утверждал, что евреям потому нужна кровь христиан, что ею останавливаются менструации не только их женщин, но и мужчин.
Этими обстоятельствами умело воспользовались магистраты, присвоив себе право суда над евреями. Королю пришлось снова напомнить, что евреи подлежат только земскому суду и что дела, в которых заинтересованы евреи, должны, согласно королевским установлениям, рассматриваться раввинским судом. Вражда к конкурентам (евреям) проявилась в погромах, совершённых, в частности, в Вильне и Познани. Но наиболее надёжным средством подавления еврейской конкуренции в сфере экономической жизни стало ограничение их в праве торговли. Король удовлетворял подобные ходатайства мещан и купечества. Но от этого страдало остальное население: с устранением конкуренции выросли цена на товары первой необходимости, а также цена кредита и королю приходилось часто отменять подобные решения.
Поэтому польские евреи стали перемещаться на Украину, охватывавшую в то время части Подолии, Волыни, Киевщину, Полтавщину и Черниговщину. На Украине, находившейся некогда под властью русских князей, а в XIV в. отошедшей Литве, население состояло преимущественно из православного крестьянства, пользовавшегося определёнными вольностями и, в течение довольно долгого времени, не знавшего никаких податей и повинностей, кроме военной службы. Государство в этих краях раздавало бесхозные земли малонаселённых районов лицам господствующего сословия, превращая их в крупных помещиков, которые постепенно пытались закабалить вольных крестьян. Крестьяне же, уступая панам некоторую долю своих продуктов, не допускали посягательств на свою свободу и на свой труд. Так обеспечивался "баланс" их отношений, основанный на понимании помещиками того, что крестьяне могут уйти в степной простор.
Положение изменилось, когда южная Русь согласно Люблянской унии была присоединена к Польше, т.е. когда помимо Подолья, уже ранее перешедшего во владение Польши, польское господство распространилось также на территорию Киевского, Брацлавского и Волынского воеводств. Если и в прежние годы польское право постепенно насаждалось в южно-русскую жизнь за счёт литовского законодательства, то теперь Польша стала активно "осваивать" новые пространства. Одним из важнейших результатов такой деятельности явилось то, что земля была отнята у крестьян и передана в собственность помещиков. Помещик стал рассматривать крестьянина в качестве своей собственности. Поэтому, недовольные своим новым положением, крестьяне стали уходить в степи.
В это же время началась интенсивная колонизация Украины, в которую хлынула мелкопоместная шляхта. Помещики стали привлекать новых поселенцев, обещая им свободу от всяких повинностей и податей. Среди новых поселенцев были и евреи, образовавшие много городских поселений.
Шляхта, как уже говорилось, исповедовала католичество, а крестьянство - православие. И это обстоятельство явилось одной из причин, по которой между этими сословиями возникли практически непримиримые противоречия.
Вторая причина возникновения непримиримых противоречий между православными и католиками, состояла в том, что казаки, вольные поселенцы, в своё время занявшие свободные земли, были превращены в панских подданных. Они хоть и не знали налогового бремени, но они отказывались даже от подчинения юрисдикции помещиков. И когда недовольство нарастало, они уходили в глубь Украины. Там, за днепровскими порогами, скопилось украинское казачество - опора украинской народной массы, оказавшейся под гнётом поляков-помещиков. Правительство Польши пыталось приручить казаков, превратив их в пограничное охранное войско. Но вначале это ему не удавалось, и польскому правительству приходилось вступать с казаками в вооружённые стычки. Бунты запорожцев вызывали сочувствие украинского крестьянства. Поэтому правительство в 1638 г. закрепостило всех украинских казаков, не записанных в воинские реестры; казацкие поселения были включены в состав имений шляхты, а сами же казаки были прикреплены к земле (закрепощены) и были обязаны отрабатывать барщину и платить дань помещикам. Тогда же и реестровые казаки, не принимавшие участие в восстаниях, также были ограничены в праве самоуправления.
Католики-помещики обременяли православных крестьян разнообразными налогами и повинностями, и в этом процессе на долю евреев выпала печальная роль. Польские помещики широко пользовались услугами евреев, бравших у них на откуп право производства и продажи водки, и вообще принимавших участие в различных отраслях помещичьего хозяйства. Арендатор-еврей, "замещая" помещика, наделялся им определёнными властными полномочиями, необходимыми для организации и управления производственно-хозяйственной деятельностью с целью достижения максимальной выгоды как для арендодателя, так и для себя. Проблема состояла в том, что арендатору приходилось управлять крепостными, во все времена относившимися к выполнению навязанных ему обязательств перед помещиком, мягко говоря, абы как. "Поправлял" крепостного еврей, о котором у крестьянина-христианина уже давно сформировалось далеко не дружелюбное представление. Поэтому, когда в 1648 г. разразилось страшное восстание казаков под предводительством Богдана Хмельницкого, поддержанное крепостными, а также и городским мещанством, евреи и поляки пали жертвой кровавых расправ восставших.