После казармы "средством исправления" евреев была избрана школа. Ключевую роль в приобщении евреев к христианской культуре играл министр народного просвещения С. Уваров, руководивший системой образования в духе выдвинутого им лозунга - "православие, самодержавие, народность". Уваров сформулировал задачи нового Европейского комитета, первая из которых гласила: "Действовать на нравственное образование нового поколения евреев учреждением училищ в духе, противном нынешнему талмудическому учению".
В феврале 1841 г. разработанное Уваровым "Положение о еврейских училищах" было утверждено Николаем I. Уваров убедил императора, что только насильственными мерами невозможно уничтожить "фанатизм евреев". В своей докладной записке Николаю I Уваров отмечал, что многие правительства, пытавшиеся решить еврейский вопрос путём преследований и принуждений, в конце концов отказывались от этих методов и строили свои отношения с евреями на разумных началах. К "разумным началам" Уваров относил, в первую очередь, борьбу с Талмудом. С точки зрения Уварова основным препятствием к "распространению просвещения" среди евреев становилось "ложное предубеждение, будто Талмуд должно считать необходимым для евреев учением". Он предложил создать сеть школ, в которых Талмуд преподавали бы лишь формально, а основное внимание уделяли бы светским предметам. Такую направленность новых школ предполагалось держать в тайне, чтобы не оттолкнуть от них широкие слои еврейского населения.
Власти планировали привлечь к поддержке проекта немногочисленных тогда сторонников движения Гаскалы - еврейского Просвещения - и отводили им важную роль в его осуществлении. Учитывалось, что по инициативе приверженцев Гаскалы был открыт ряд еврейских школ с преподаванием религиозных и светских предметов в Умани (1822 г., 1825г.), Одессе (1826 г.), Вильно (1830 г.), Риге (1832 г.), Кишинёве (1838 г.). Уваров предлагал открыть во всех городах черты оседлости начальные еврейские училища низшего и высшего разрядов с преподаванием русского языка и "Закона Божьего по Священному Писанию". Предполагалось, что языком преподавания будет русский, но из-за недостатка русскоязычных учителей допускалось первое время преподавать на немецком. Для начальных школ преподавателей набирали из "заслуживающих доверия" меламедов (учителей, работавших в хедерах), пока будут подготовлены учителя из выпускников училищ высшего разряда.
Для осуществления проекта был вызван в Петербург выпускник Мюнхенского университета М. Лилиенталь, который с 1839 г. возглавлял еврейское училище в Риге и превратил его в образцовое.
В феврале 1841 г. М. Лилиенталь приехал в Петербург и согласился принять на себя выполнение поставленной перед ним задачи - осуществить проект коренного переустройства еврейских школ. Осенью 1841 г. М. Лилиенталь совершил поездку в Вильно и Минск для привлечения еврейского населения к новому правительственному проекту. В Вильно он столкнулся со скептическим отношением евреев к школьной реформе. В своих воспоминаниях он писал, что "Старцы сидели, погружённые в раздумья. Наконец, главарь их задал многозначительный вопрос: "Знакомы ли вы, доктор, также с понуждениями нашего правительства? Меры, принимаемые против не принадлежащих к греко-христианскому вероисповеданию, ясно показывают, что правительство желает иметь в государстве только одну церковь, заботится только о своей мощи и величии, а не о нашем благосостоянии в будущем. С сожалением должны мы признаться, что очень мало доверяем предложенным новым мерам Совета министров и глядим на будущее с тревожным предчувствием". Старцы выразили мнение большинства евреев. Планы правительства, содержание которых разъяснил евреям Лилиенталь и сторонники Гаскалы, ещё более холодно были встречены в Минске. Представители еврейской общины говорили ему: "Пока государство не предоставит еврею гражданских прав, образование будет для него только несчастьем. Простой и необразованный еврей не гнушается унизительными занятиями фактора или мелкого торговца; черпая утешение и радость в своей религии, он мирится со свой жалкой долей. Еврея же образованного, просвещённого, но не имеющего возможности занять почётное положение в государстве, чувство неудовольствия повлечёт к отречению от религии". Лилиенталь и представители Гаскалы предложили Уварову проводить реформу ненасильственными методами, что, однако, не встретило поддержки министра.
В июне 1842 г. было опубликовано высочайшее повеление, вводившее надзор со стороны Министерства народного просвещения за всеми еврейскими заведениями и объявлялось о созыве в Петербурге Комиссии для образования евреев в России и "для содействия видам правительства в проведении школьной реформы".
В мае 1843 г. в Петербурге начались заседания Комиссии, в которой принимали участие видные еврейские религиозные деятели, а правительство представлял Лилиенталь. Не имея возможности открыто выступать против предложенных Уваровым реформ, религиозные деятели добились от него уступок в ряде пунктов. Так, возраст поступающих в казённые еврейские училища был повышен с шести до восьми лет (т.е. дети дольше получали традиционное еврейское образование). На еврейские предметы было отведено больше учебных часов, чем планировало министерство просвещения, причём эти предметы должны были преподавать на основе первоисточников, а не по катехизисам, как первоначально предполагалось. Входящим в Комиссию религиозным деятелям удалось добиться отмены планов реформирования традиционных хедеров, а также отклонить над ними контроль министерства просвещения.
13 ноября 1844 г. был издан указ императора "Об образовании еврейского юношества", который сопровождался секретной инструкцией. В указе говорилось о создании казённых еврейских училищ двух типов: первого разряда с двухгодичным курсом начального образования (соответствовало православным приходским училищам) и второго разряда с реальным направлением (соответствовало общим православным уездным училищам). Училища подчинялись министерству народного просвещения; смотрителями (вопреки первоначальным рекомендациям) и преподавателями общеобразовательных предметов назначались исключительно христиане. Только еврейские предметы разрешалось преподавать учителям-евреям, которых должны были готовить два раввинских училища, открытые в 1847 г. в Вильно и в Житомире. Предполагалось, что обучение будет бесплатным, но на содержание училищ должны были идти средства евреев-налогоплательщиков, а также пошлин от ввозимых в Россию еврейских книг и средств, полученных от откупа с двух разрешённых в империи еврейских типографий.
В секретной инструкции говорилось, что "цель образования евреев состоит в сближении их с христианским населением и в искоренении предрассудков, внушаемых учением Талмуда".
Первые казённые еврейские училища открылись в 1847 г. В связи с этим событием во многих еврейских общинах был объявлен пост. Еврейские общины посылали туда сирот, бедные семьи посылали в училища детей только за определённое вознаграждение. В широких слоях еврейского населения считалось, что школьная повинность мало чем отличается от рекрутчины.
В 1855 г. в 79 еврейских училищах первого разряда обучалось, примерно, 2 тысячи детей. В то же время в общих учебных заведениях, как средних, так и высших, появились первые учащиеся-евреи, в основном выходцы из богатых семей (в 1841 г. - 13 студентов-евреев и 101 гимназист).