Граф И. Игнатьев, министр внутренних дел, в докладе Александру III утверждал: "признавая вредные для христианского населения страны последствия экономической деятельности евреев, их племенной замкнутости и религиозного фанатизма, правительство в последние 20 лет целым рядом предпринятых мер старалось способствовать слиянию евреев с остальным населением и почти уравняло евреев правах с коренными жителями", но антиеврейское движение "неопровержимо доказывает, что, несмотря на все старания правительства, ненормальность отношений между еврейским и коренным населением продолжает существовать по-прежнему". Причину такого отношения Игнатьев, как и Кутайсов, видел в захвате евреями торговли, промышленности и даже значительной земельной собственности, "причём благодаря сплочённости и солидарности, они за немногими исключениями, направили все свои усилия не к увеличению производительных сил государства, а в эксплуатации беднейших слоёв окружающего населения". Почему-то о многовековом угнетении коренного населения представитель правящего класса, к коему граф Игнатьев принадлежал, ничего сказано им не было. О Радищеве граф тоже забыл.
22 июня 1881 г. было опубликовано повеление Александра III, в котором говорилось "о ненормальном отношении между коренным населением некоторых губерний и евреями" и предписывалось создать в губерниях черты оседлости особые комиссии из представителей местных сословий и обществ под председательством губернаторов для изучения экономической деятельности евреев и определения тех её аспектов, которые "имеют вредное влияние на быт коренного населения", а также для разработки мер по ослаблению этого влияния. "Вредные аспекты" (в который раз одни и те же) были перечислены. Евреев обвиняли в "замкнутости, обособленности, религиозном фанатизме, захвате торговли, промыслов и земельной собственности, в солидарном, дружном направлении всех усилий к эксплуатации коренных жителей". Таким образом, вся вина за погромы в циркуляре возлагалась на самих евреев. Содержание циркуляра определило состав и направление деятельности губернских комиссий, в которые вошли известные антисемиты. Циркуляр разрешал включать в комиссии евреев, однако более одного еврея нигде, кроме Ковно, включено не было. Часто от евреев -членов комиссий держали в тайне ход рассмотрения некоторых вопросов. Если министерство внутренних дел замечало, что в отчётах губернских комиссий появляются материалы о пользе, которую евреи приносят, состав комиссии изменялся, так как перед ней стояла строго определённая цель - доказать вредность деятельности евреев. Поэтому либерально настроенные члены комиссий выходили из их состава и их заменяли юдофобы. Когда в Могилёвской комиссии стали говорить о пользе хозяйственной деятельности евреев, губернатор В. фон Вааль заявил, что задача комиссии - обсуждать вред, причинённый евреями, а не приносимую ими пользу. В отчётах некоторых комиссий содержались измышления, предвосхитившие миф о всемирном еврейском заговоре.
В отчёте Виленской комиссии утверждалось, что евреи всюду являются "государством в государстве, с которым ведут вечную экономическую войну".
Члены Могилёвской комиссии утверждали о существовании еврейской организации (Альянс + ОПЕ), стремящейся к мировому господству. В отчёте этой комиссии говорилось о необходимости уничтожения сословия еврейских землевладельцев, а также запрещения еврейских театральных представлений.
Пять комиссий требовали ограничения права жительства евреев в сёлах и деревнях.
Восемь комиссий требовали запретить евреям содержать питейные заведения в сёлах и деревнях.
Волынская комиссия требовала ограничить число синагог и молельных домов, а также отменить закон об избрании евреев членами правления религиозных общин.
Бессарабская и Минская комиссии требовали ограничить право жительства евреев, требовали упразднить еврейские больницы.
Черниговская комиссия требовала ограничить право жительства евреев даже в городах черты оседлости.
Но даже в обстановке такого антиеврейского шабаша члены пяти комиссий высказались за предоставление евреям права жительства, хотя бы для того, чтобы сократить еврейское население черты оседлости. Граф И. Игнатьев, осознав, по-видимому, серьёзность положения еврейского населения, инициировал принятие Кабинетом министров "Положения о мерах к охранению государственного порядка и общественного спокойствия", в котором было заявлено, что в случае преступных посягательств против существующего государственного строя или безопасности частных лиц и их имущества или подготовления таковых будет объявлено особое положение, если для "охранения порядка применение действующих постоянных законов окажется недостаточным".
Благодаря принятым мерам, в конце 1881 г. и в 1882 г. число погромов заметно сократилось. Исключение составили трёхдневный погром в декабре 1881 г. в Варшаве и пасхальный погром в 1882 г. в Балте.
В Варшаве активными участниками погрома была польская чернь и русские солдаты. Польская интеллигенция и католическое духовенство решительно его осудили.
В Балте (Подольская губерния) активнейшими участниками еврейского погрома (29-31 марта) были полицейские, солдаты, а также вызванные из сёл и деревень на "подмогу" крестьяне. Евреев, пытавшихся защищаться, полиция арестовывала. За три дня было убито 12 человек, 39 - тяжело ранено, 20 женщин - изнасиловано. Множество домов и квартир, в которых жили евреи, было разрушено.
Погром в Балте как бы озадачил императора. Он распорядился дела о беспорядках (так назывались тогда еврейские погромы) рассматривать в безотлагательном порядке. Даже Победоносцев осуждал Игнатьева за покровительство юдофобской демагогии, способствовавшей еврейским погромам.
В таких условиях император был вынужден создать Центральный комитет для рассмотрения еврейского вопроса под руководством товарища министра внутренних дел Готовцева. В "беспорядках", произошедших на юге России, комитет по традиции обвинил евреев. После первых заседаний комитета было высказано предложение: возвратиться к началам, выработанным в "стародавнем законе, по которому евреи считаются инородцами". Комитет также разработал программу, которую следовало осуществить безотлагательно, для того, чтобы показать крестьянам, что правительство о них заботится, и таким образом предупредить новую волну погромов. Предлагалось запретить евреям проживать в сёлах и деревнях, приобретать в сельской местности недвижимое имущество или брать его в аренду, торговать спиртными напитками. Игнатьев дополнил эту программу: предложил лишить евреев-ремесленников права постоянного проживания во внутренних губерниях (он опасался, что после изгнания из деревень многие евреи-ремесленники поселятся вне черты оседлости). Игнатьев предложил запретить евреям торговать по воскресеньям и в дни христианских праздников. Понимая, что предложенный доклад может не получить поддержки Комитета министров, Игнатьев просил принять его в ускоренном порядке, поскольку речь шла не об отмене законов, а о временном приостановлении их действия "согласно указанию государя императора о необходимости принятия немедленных мер для предупреждения еврейских беспорядков". Министры, однако, сочли, что столь сложный вопрос следует обсудить без спешки, в обычном порядке.
20 апреля 1882 г. на заседании Комитета министров политика министра внутренних дел в отношении евреев была подвергнута решительной критике. Государственный контролёр Д. Сольский заявил: "Евреи такие же русские подданные, как и все её остальные, и власти правительственные обязаны охранять их от преступных посягательств на их жизнь и собственность". Министр финансов Н. Бунге отмечал, что антиеврейский курс правительства подрывает престиж России за границей и размещение русских бумаг на финансовых рынках сталкивается с неимоверными сложностями, а Ротшильды объявили, что они больше не покупают русских государственных бумаг.