23 декабря 1905 г. делегация во главе с А. Дубровиным была представлена Николаю II. Император принял от делегации значки "Союза" для себя и наследника российского престола и заявил: "Объединяйтесь, люди русские, и я рассчитываю на вас, я верю, что с вашей помощью мне и русскому народу удастся победить всех врагов России... Поблагодарите всех русских, примкнувших к "Союзу русского народа"... Скоро, скоро воссияет солнце правды, и тогда все сомнения исчезнут". Неудивительно, что по прямому указанию императора "Союз" получал денежные средства из государственных источников через министра двора барона В. Фредерикса.
Члены "Союза" убили депутатов Думы М. Герценштейна (18 июля 1906 г.) и Г. Иоллоса (31 марта 1907 г.). Вследствие раскола, возникшего в процессе борьбы за лидерство, из "Союза" выделился ряд организаций. Так, в 1907 г. из него вышел протоиерей И. Восторгов, создавший в Москве "Русский монархический союз". В 1908 г. известный своей ненавистью к евреям В. Пуришкевич вышел из "Союза русского народа" и создал "Союз Михаила Архангела".
Все эти деятели вдохновлялись не только проповедями "реакционных священнослужителей", но и такими "старыми" антиеврейскими творениями, как "Письмо Симонии" Барреля, "Речь Раввина Гедше", "Завоевание мира евреями" Осман-Бея, проторившими дорогу к такому получившему "широкое признание" опусу С. Нилуса, как "Протоколы сионских мудрецов". И, хотя опус демагога Нилуса разоблачил В. Бурцев, доказав, что он создан по заказу резидента царской охранки в Париже, Рачковского, его стали активно использовать в пропагандистских целях реакционеры всех мастей.
К сожалению, после революции 1905-1907 гг. российское общество (за исключением малочисленной группы русских интеллигентов) было под сильнейшим влиянием антиеврейских бредовых идей, поддерживаемых явно и косвенно не только царскими чиновниками, но и Николаем II. Именно в такой обстановке произошло ещё одно громкое событие, известное, как "дело Бейлиса".
Мендель Бейлис, киевлянин, работавший на кирпичном заводе Зайцева приказчиком, в 1911 г. был обвинён в ритуальном убийстве христианского подростка Андрея Ющинского. Процесс над Бейлисом проходил в 1911-1913 гг. По ходу дела выдающиеся представители русской интеллигенции, такие как, например, Александр Блок, Максим Горький, Владимир Вернадский, Владимир Немирович-Данченко, Владимир Короленко и другие, поняли, что именно высшая власть царской России в лице министра юстиции И. Щегловитова инспирировала этот процесс, прибегая к самым грубым фальсификациям, ложным свидетельствам, а также к давлению на следствие, переходящему в прямое управление его протеканием.
Уже в день похорон А. Ющинского в Киеве распространялись прокламации, призывающие к кровавой мести евреям за замученного ими мальчика.
Сначала производившие следствие начальник Киевского охранного отделения Е. Мищук, пристав Н. Красовский, судебный следователь по особо важным делам В. Фесенко, не видели в деле никаких оснований для подозрений в ритуальном характере убийства. Они хотели привлечь к ответственности настоящих виновников преступления - содержательницу воровского притона В. Чеберяк и её помощников, опасавшихся, что А. Ющинский, её сын, много знавший о преступной деятельности притона, может проговориться.
Между тем, статьи в черносотенной прессе настаивали на ритуальном характере убийства. Запрос крайне правых депутатов 3-й Государственной думы по поводу расследования убийства Ющинского повлиял на министра юстиции И. Щегловитова, хорошо знавшего об антисемитских настроениях императора. Он активно вмешался в следствие. Фесенко, которого закон запрещал менять, был отстранён от следствия; Мищук и Красовсикй были уволены. В убийстве мальчика был обвинён М. Бейлис.
Ведение следствия было поручено прокурору Г. Чаплинскому, а для надзора за ведением следствия был командирован из Петербурга вице-прокурор 1-го уголовного департамента А. Лядов. Его задача состояла в том, чтобы дело развивалось в "нужном направлении".
Продолжавшееся более двух лет следствие, не смогло, однако, найти никаких доказательств виновности М. Бейлиса. Поэтому летом 1913 г. министр вызвал в Петербург начальника Московского уголовного розыска А. Кошко, считавшегося лучшим сыщиком в России, и поручил ему ознакомиться с материалами дела и выявить "возможно выпуклее всё то, что может послужить подтверждению наличия ритуала". После месячного изучения материалов дела Кошко заявил Щегловитову, что обвинение не имеет под собой никаких оснований и держать Бейлиса под стражей нельзя.
По инициативе Г. Слиозберга и адвоката А. Марголина, руководителя созданного в 1911 г. комитета защиты Бейлиса, было проведено частное расследование обстоятельств убийства Ющинского, доказавшее, что виновными в преступлении были В. Чеберяк и собиравшиеся у неё воры. Несмотря на то, что некоторые члены Киевской судебной палаты считали , что следствие по делу Бейлиса должно быть прекращено за отсутствием улик, дело передали в Киевский окружной суд. Его председатель Грабарь был заменён П. Болдыревым, который был более послушен указам министра Щегловитова. Среди сотрудников киевской прокуратуры не нашлось желающих выступать в суде в роли государственного обвинителя, и Щегловитов вынужден был отправить в Киев товарища прокурора Петербургского окружного суда О. Виппера.
Процесс начался 25 сентября 1911 г. В первый же день суда газета правого толка "Киевлянин" (редактор В. Шульгин) нашла все улики против Бейлиса сфабрикованными.
Обвиняемого защищали известные адвокаты: О. Грузинберг, Д. Григорович-Барский, А. Зарудный, Н. Карабчиевский и В. Маклаков. Гражданскими истцами, поддержавшими обвинение, выступали член фракции правых в 3-й Государственной думе Г. Замысловский и известный адвокат-антисемит А. Шмаков. В ходе процесса проводились медицинская, психиатрическая и богословская экспертизы, которые должны были выяснить, было ли убийство А. Ющинского ритуальным актом. Большинство экспертов отвергли эту версию. В богословской экспертизе участвовали известный гебраист академик П. Коковцов, профессор Киевской духовной академии А. Глаголев, московский казённый раввин Я. Мазе, профессор Петербургской духовной академии И. Троицкий, писатель В.Г. Короленко, выступавший в суде в качестве этнографического эксперта, а также разоблачавший в печати деятельность правительственных чиновников и абсурдность обвинения евреев в употреблении христианской крови для ритуальных целей. Только ксендз (католический священник) из Ташкента пытался доказать, что иудаизм предписывает совершать ритуальные убийства, и этому посвящена обширная раввинистическая литература, но не мог привести название ни одной книги.
Адвокаты в своих выступлениях блестяще доказали абсурдность обвинения. И хотя присяжные заседатели были тщательно подобраны (семь крестьян, два мещанина, три мелких чиновника), 20 сентября 1913 г. Мендель Бейлис был оправдан. Но всё же в судебном постановлении было сказано, что труп был обескровлен, т.е. суд косвенно поддержал версию ритуального убийства. Министр И. Щегловитов, фактически потерпев поражение в важном для антиеврейских кругов процессе, обрушился с преследованиями на тех, кто пошёл ему наперекор. А. Марголин был лишён звания присяжного поверенного; В. Шульгин, резко критиковавший в газете "Киевлянин" власти за стремление возродить в России кровавый навет, и В. Маклаков, опубликовавший в редактируемой П. Струве газете "Русская мысль" статью о деле Бейлиса, были приговорены к трёхмесячному заключению за "распространение в печати заведомо ложных сведений о деятельности правительствующих лиц".