Что касается антисемитизма, то период его замалчивания был относительно недолгим. С началом большого террора эта тенденция переросла в классовое оправдание ненависти к евреям.
В 1937 г. директор Института истории Академии наук БССР выдвинул тезис о ключевой роли иудейского капитала в развитии еврейской истории и его противостоянию языческому капиталу. Это историк объяснял все события и перипетии еврейской истории с точки зрения интересов иудейского капитала. Такие факторы, как нападения на древних иудеев вавилонян, греков, римлян, крестоносцев, сопровождавшие эти нападения погромы, пленения, изгнание из страны проживания "учёный" в расчёт не принимал. В лучшем случае им отводилась роль исторического фона, на котором происходила борьба иудейского капитала с неиудейским. Существует мнение, что заказ на такое "исследование" поступил из ЦК ВКП(б).
Однако следует подчеркнуть, что в период большого террора репрессии не носили антиеврейского характера. Согласно статистическим данным в 1937-1938 гг. органами НКВД были арестованы 29 000 евреев, т.е. менее 1% всего еврейского населения СССР. Примерно такой же процент арестованных в соотношении с общей численностью населения был среди русских и украинцев.
Массовые аресты 1936-1939 гг. затронули многих старых большевиков, представителей партийно-государственной, военной элиты, среди которых было значительное число евреев, поэтому на так называемых московских показательных процессах процент подсудимых-евреев был особенно велик. Например, на процессе по делу так называемого антисоветского объединённого троцкистско-зиновьевского центра (август 1936 г.) были приговорены к расстрелу 15 человек, в том числе Г. Зиновьев, Л. Каменев, Е. Дрейцер, И. Рейнгольд, Э. Гольцман, Фриц-Давид (И.Д. Круглянский), М. Лурье. На процессе так называемого параллельного антисоветского троцкистского центра (январь 1938 г.) в числе приговорённых к расстрелу были Я. Дробнис, Я. Лившиц, Л. Сосновский, М. Богуславский, Б. Норкин, Г. Пушин. Приговорённые были убиты в тюрьме уголовниками по наущению тюремных властей.
Репрессиям подверглось большинство иностранных коммунистов, бежавших в СССР от преследований фашистских режимов. Многие из этих коммунистов были евреями, что советским властям не помешало обвинить их в шпионаже в пользу нацистской Германии. После подписания советско-германского пакта (1939 г.) многие из них были выданы нацистам.
Жертвами сталинского террора стали евреи-руководители польской компартии А. Варский, Г. Валецкий, Ю. Ленский, лидер компартии Венгрии Б. Кун, видный немецкий коммунист Г. Нейман и др.
В 1938 г. было сфабриковано дело об "антисоветской националистической подпольной бундовской организации". На евреев, бывших членов независимых социалистических (коммунистических) партий, перешедших впоследствии в РКП(б), также обрушились жесточайшие репрессии. В годы большого террора жертвами карательных органов оказались старый большевик С. Диманштейн, видный в прошлом член партии социлистов-сионистов М. Литванов, бывшие деятели Бунда А. Вайнштейн, Я. Левин, М. Рафес, Мария Фрумкина; руководители Еврейской автономной области И. Либерберг, М. Хавкин, деятели Евсекции С. Агурский, А. Чемерисский, А. Мережин, А. Волобрянский; историки А. Киржиц, Г. Фридман и др. К ним следует "добавить" и многих деятелей советской еврейской общественности, науки, культуры.
В рассматриваемый период Комиссия по вопросам культов при ЦИК СССР запретила еврейским религиозным общинам выпекать опресноки (мацу), разрешив выпечку только в государственных пекарнях, что делало этот продукт непригодным для употребления религиозными евреями. Это решение властей вызвало волну протестов со стороны верующих. В письме пяти членов Ленинградской хоральной синагоги И. Сталину, председателю ЦИК СССР М. Калинину и председателю Совнаркома В. Молотову говорилось, что запрет на выпечку мацы "не имеет прецедента в истории". В ответ на это обращение верующих евреев (1938 г.) были арестованы несколько раввинов Московской общины при хоральной синагоге во главе с Ш.И.Л. Медалье, а также руководитель столичной религиозной общины М. Брауде. Их обвинили в шпионаже. Медалье и несколько его подельников были расстреляны.
В 1937-1938 гг. прошли массовые аресты среди так называемых хасидов - представителей одной из ветвей иудаизма.
В 1937 г. в Цхинвале (Грузия) были расстреляны девять особо почитаемых грузинских евреев.
В 1939-1941 гг. прошли аресты большинства еврейских священников, и в сохранившихся синагогах почти не стало раввинов.
Итоги "борьбы с религиозными предрассудками" таковы: к концу 1939 г. в СССР осталось всего 159 "служителей культа" - евреев, в том числе на Украине - 82, в Белоруссии - 58, 18 - в Грузии и 1 - в Азербайджане. Для сравнения: в 1927 г. в стране ещё было 1034 синагоги и 830 раввинов. Ещё раз подчеркнём, что у православных, католиков, мусульман и буддистов потери среди священнослужителей также были очень большими.
Советско-германский пакт о ненападении, подписанный 23 августа 1939 г., "подвёл" под советскую юрисдикцию территории с почти двухмиллионным еврейским населением. За исключением немногих представителей еврейской буржуазии, сумевших перебраться на Запад, большинство еврейского населения, оказавшегося на территории СССР, лояльно относилось к новой власти, которая провозгласила национальное и социальное равенство. В короткий срок на новых территориях были ликвидированы безработица и различные формы дискриминации в области занятости и образования, что положительно сказалось на положении местного еврейства.
Но уже 28 октября 1939 г. Народное собрание Западной Украины, созданное по инициативе и при участии советских "специалистов", приняло законы о национализации банков, крупных промышленных предприятий и транспорта, о национализации помещичьих и монастырских земель. Аналогичные законы были приняты на присоединенных территориях Западной Белоруссии, Бессарабии и прибалтийских стран. Прибывшие вслед за войсками на эти территории советские чиновники взяли курс на ускоренную и тотальную национализацию средств производства по уже отработанной схеме. Эти мероприятия сразу же ударили по еврейскому населению. Многих евреев не брали на службу в советские учреждения из-за "буржуазного происхождения" или работы в весьма развитой сети еврейских общественно-политических организаций. Были также закрыты еврейские учебные заведения, существовавшие до присоединения, но было организовано много школ с преподаванием на языке идиш, а также и еврейских театров.