Нашёлся же, конечно, и "полезный, правильный" еврей - некто С. Брегман, заместитель наркома госконтроля РСФСР, кооптированный в ЕАК в конце 1944 г., обвинивший комитет в отсутствии политической бдительности и попустительстве "в отношении некоторых неустойчивых людей, которые колеблются, шатаются", позволяющих себе "выступать в антипартийном духе" и "делать поклёп на советскую действительность".
Во второй половине 1945 г. статьи, распространяемые ЕАК за рубежом, всё чаще подвергались критике за "мелкоеврейскую тематику" и "отсутствие тем, отражающих текущую жизнь Советского Союза". Подобные критические замечания в адрес ЕАК со временем появлялись всё чаще. В партийных органах к Комитету и его руководителям уже накопилось немало серьёзных претензий. 25 декабря 1945 г. М. Шкирятов и заместитель начальника Управления ЦК Е. Андреев направили на имя Г. Маленкова донесение, в котором подчёркивались намерения руководства ЕАК "превратить эту организацию в какой-то Комиссариат по еврейским делам" и говорилось о политической вредности этих намерений. Авторы донесения высказали "глубокое убеждение: Еврейский антифашистский комитет нельзя оставлять в том состоянии, в котором он находится в настоящее время..." Власти, как всегда, испугались даже таких хилых инициатив отдельных комитетчиков, о которых говорилось выше. Принцип, согласно которому "инициатива наказуема", нарушать не дозволялось никому.
Летом 1946 г. сотрудники Министерства государственной безопасности изъяли всю комитетскую документацию и доставили её в ЦК ВКП(б) для ревизии. Заместитель начальника отдела внешней политики этого органа А. Панюшкин сразу после изъятия документов ЕАК вызвал к себе С. Михоэлса и И. Фефера и сообщил им, что "есть мнение закрыть ЕАК". На что Михоэлс напомнил Панюшкину, "что фашизм ещё не исчез и с ним нужно бороться", поэтому закрытие ЕАК было бы преждевременным. Через некоторое время появилось "мнение", согласно которому Комитет может сгодиться для сохранения полезных контактов с американскими общественными еврейскими организациями, в том числе и с Компартией США, возглавляемой евреем и финансируемой СССР. Так как "новое мнение" принадлежало "лучшему другу еврейского народа", то ЕАК продолжил свою деятельность в составе отдела внешней политики ЦК ВКП(б), возглавляемого ещё "одним лучшим другом" - М. Сусловым.
В конце сентября 1946 г. на стол Суслова легла "Справка о деятельности Антифашистского еврейского комитета", подготовленная комиссией ЦК, проверившей Комитет. В "Справке" приводились не только уже упоминавшиеся "ошибки" ЕАК, но и названы новые. Составители "Справки" очень возмущались телеграммой протеста, направленной ЕАК польскому правительству в связи с антиеврейскими выступлениями в Кракове, а также попытками Комитета выступить в роли посредника между еврейскими организациями и советскими властями. Составители "Справки" утверждали также, что ЕАК, вместо того, чтобы бороться с западной, прежде всего сионистской, пропагандой, "продолжает линию буржуазной сионистской пропаганды" и по существу "борется за реакционную идею единой еврейской нации". Ревизоры обвиняли ЕАК в "непомерно большом внимании", уделяемом им "работе на Палестину". Такой вывод делался на том основании, что в Палестину ЕАК было отправлено в полтора раза больше материалов, чем в Англию, и что руководство Комитета выражало сочувствие эмиграции евреев в Палестину и созданию там национального еврейского государства. Заканчивалось обвинение совсем уже не слабо: ЕАК пособничает реакционным американским политикам, "которые путём массового переселения евреев стремятся насадить в Палестине массовую агентуру американского империализма". Отсюда по умолчанию вытекало, что десятки тысяч евреев, в том числе и советских, среди которых абсолютное большинство прошли гетто и лагеря смерти, и уцелели чудом - агенты американского империализма. Именно такой вывод и нужен был Министерству государственной безопасности, которое уже готовило против руководителей ЕАК "шпионское дело", предварительно направив в ЦК ВКП(б) и Совет министров СССР материал, озаглавленный "О националистических проявлениях некоторых работников Еврейского антифашистского комитета". М. Суслов 19 декабря 1946 г. представил составленную по полученным материалам записку в секретариат, Политбюро ЦК ВКП(б) и Сталину. В этой записке был сделан вывод: "Деятельность Еврейского антифашистского комитета, как на заграницу, так и внутри СССР, приобретает всё более сионистско-националистический характер и поэтому является политически вредной и нетерпимой".
Казалось, что приговор ЕАК будет немедленно подписан, но Сталин думал иначе. Существует мнение, что идеологическая почва для ликвидации нелюбимого комитета ещё не была подготовлена. Кампания борьбы с "низкопоклонством перед Западом", "упадничеством" и "безродным космополитизмом" ещё только разворачивалась, и народ ещё не полностью проникся ненавистью к такого рода "выродкам". Работа в этом направлении продолжалась.
14 августа 1946 г. было опубликовано постановление ЦК ВКП(б) о журналах "Звезда" и "Ленинград", в котором резкой и совершенно необоснованной критике были подвергнуты А. Ахматова и М. Зощенко. 7 октября 1946 г. заведующий отделом Управления кадров ЦК ВКП(б) М. Щербаков направил в Секретариат ЦК записку "О национальных и религиозно-мистических тенденциях в советской еврейской литературе", в которой тема, заданная в постановлении ЦК, рассматривается с учётом "национальной специфики": "... В трактовке судьбы еврейского народа сказываются настроения глубокой скорби, безысходности, трагической обречённости, религиозной мистики. Это особенно проявилось в годы Великой Отечественной войны и в послевоенное время в творчестве еврейских писателей...". Скорбеть, по мнению Щербакова, евреям было не о чем, и это вредило советской власти.
Несмотря на старания "друзей" ЕАК, Сталин принял принципиальное решение о политической поддержке Советским Союзом цели сионизма на международной арене, состоящей в создании на землях Палестины еврейского национального государства. Это весьма прагматичное политическое решение вовсе не говорило об изменении сталинского отношения к евреям и, в особенности, к сионистам. Официальная позиция Сталина по палестинской проблеме была неоднозначной. Ненавидел он и британцев, хозяйничающих на этой земле согласно полученному от ООН мандату, вследствие чего их влияние на арабские страны было велико, в то время, как влияние СССР в этом регионе было незаметным. Влияние Великобритании "не нравилось" и американцам. Поэтому, чтобы вызвать у арабов гнев против Великобритании, правительство США стало давить на хозяйку мандата, настаивая на том, чтобы европейские евреи, спасшиеся от нацистов (а таких было, примерно, 20 000 человек), смогли поселиться в Палестине. Великобритания такому решению сопротивлялась. Зная о возникших противоречиях между этими государствами, Сталин, полагая, что их можно обострить, поддержал ходатайство США. Расчёт заключался в том, чтобы подорвать британское влияние на арабские страны, категорически возражающие против появления евреев на Ближнем Востоке, и одновременно усилить в этом регионе советское влияние, опираясь на множество евреев-беженцев, разделявших в той или иной степени социалистические идеи и желающих их воплотить в жизнь на земле обетованной. (Надо сказать, что прибывшим из Европы в Палестину евреям это в значительной степени удалось). Но главное решение Сталина заключалось в том, что Советский Союз сыграл исключительно важную роль в принятии 29 ноября 1947 г. резолюции ООН N 181 о разделении Палестины на два независимых государства. В своей речи по этому случаю А. Громыко, представлявший в ООН СССР, произнёс буквально следующее: "В результате войны, навязанной гитлеровской Германией, евреи как народ потерпели больше, чем какой-либо другой народ".