На баженовских проектах Кремль утрачивает свое прежнее значение внутренней цитадели, укрывавшей за своими стенами народные святыни и царские палаты. Грандиозный дворец, реконструированные набережные и площади (в том числе и Красная), превращали Кремль во всенародный форум, грандиознее римского, преобразуя городской центр в средоточие гражданской общественной жизни.
Одобренный императрицей проект встревожил и возмутил москвичей, хотя никто не сомневался в могучем таланте зодчего. Просто никакой дворец не мог бы компенсировать утрату Кремля. Да, по-видимому, и сама царица, заказывая проект, едва ли всерьез собиралась осуществить его. Ей нужно было показать миру «неисчерпаемые» богатства царской казны, будто бы вовсе не истощенной войнами с Турцией, — к такому выводу пришли современные исследователи баженовского проекта.
Но искренний и прямодушный Баженов поверил в государственную необходимость и реальную осуществимость замысла. Он построил замечательную деревянную модель дворца (которая хранилась в Музее архитектуры, в бывшем Донском монастыре, а теперь выставлена в Кремле) и уже приступил к разборке кремлевской стены со стороны Москвы-реки. Заключались договоры с подрядчиками, шли подготовительные работы.
А в 1775 году Екатерина приказала прекратить их вовсе, сославшись на то, что пороховые взрывы привели к трещинам в стенах Архангельского собора. Если начало строительства было демонстрацией финансового могущества императрицы, то и приказ о прекращении постройки имел демонстрационное значение: Екатерина как бы подчеркивала, что не хочет «идти против воли народной». А для самого Баженова это был один из тяжелейших ударов в жизни — он-то верил, что дело начато всерьез!
По новому заказу Екатерины он начал строить для нее подмосковную резиденцию в Царицыне. С присущей Баженову широтой замысла был спроектирован и этот ансамбль, включавший два дворца — один для самой Екатерины, другой — для цесаревича Павла, различные службы, павильоны в парке, мосты, подъезды, парковые пруды.
Строительные работы близились к концу, необычайный ансамбль уже воплотился в камне, вызывал восторг знатоков, но смущал царедворцев своей новизной. Было решено показать будущую резиденцию самой императрице. Баженов встречал ее на строительной площадке в радостной уверенности, что его оригинальный замысел будет оценен по достоинству. Последовало новое тяжкое разочарование — императрица выразила полнейшее неудовольствие и приказала сломать дворцовые постройки, почти законченные.
Существует несколько предположений о причинах этого царского каприза: императрица нашла «непочтительным» размещение павловского дворца рядом и как бы «наравне» с ее собственным, не понравились ей подъездные пути, и весь ансамбль показался ей сумрачным, будто бы нарочно задуманным как место домашнего ареста для нее по проискам сторонников Павла, престолонаследника.
Сыграла свою роль в судьбе царицынского ансамбля и дружба Василия Баженова с известным русским просветителем Иваном Новиковым, одним из крупнейших деятелей передовой журналистики XVIII века. Екатерина питала к нему острую неприязнь, видела в нем врага крепостнического строя и давно готовилась к беспощадной расправе с опасным противником (в 1792 году он был приговорен к пятнадцатилетнему заключению в Шлиссельбургской крепости). Узнав, что Баженов близок к новиковскому кругу, императрица наказала своей немилостью и зодчего и его творение в Царицыне.
На месте сломанного дворца ученик Баженова Матвей Казаков построил новое здание, но и оно не было доведено до конца. Сохранились в Царицыне, рядом с казаковской руиной, лишь недостроенные баженовские сооружения — Оперный дом, Фигурные ворота, мост над дорогой. Исполнены эти постройки в необычном, своеобразном стиле, где традиции древнерусского зодчества сочетаются с мрачноватой готикой.
Эти руины из красного кирпича с белокаменным орнаментом, уцелевшие среди царицынского парка, невдалеке от живописных прудов, лишь «отдаленно свидетельствуют потомкам о несвершенных замыслах больших русских зодчих» — так выразился о царицынских памятниках их знаток и исследователь, советский архитектор А. В. Щусев.
Павел I, отослав Баженова снова в Петербург, поручил ему проектирование Михайловского замка. Исполнение постройки было потом передано архитектору Бренна, и тот достроил дворец, но современные исследователи установили, что проектное решение целиком принадлежит Баженову.
Назначенный в конце жизни вице-президентом Академии художеств, Баженов приступил к сбору чертежей и проектов всех выдающихся зданий в России. Однако и эта работа не была осуществлена: помешала болезнь, а потом и преждевременная смерть мастера.