27 декабря 1934 года у А. Н. Толстого произошел инфаркт миокарда. 15 января 1935 года он писал А. М. Горькому: «…Лечит меня Бадмаев, изумительный человек, умный и нежной души. Пью разные травы и настойки, медвежью желчь, тертых ящериц и прочие замечательные вещи. Второй день выхожу, но чувствую себя неважно…Вот что значит сердце. В ноябре написал пьесу, в три недели 12 картин, а сейчас трудно связать две фразы. Бадмаев говорит, что наладится».
Даже в 50-е годы непременным условием лечения инфаркта миокарда был длительный (около 2 месяцев) постельный режим. А. Н. Толстой уже через три недели вышел на улицу, а в конце февраля приехал в Москву для участия в работе пленума Правления Союза писателей СССР.
В ответном письме А. М. Горького А. Н. Толстому есть такие строки: «…Если здоровье позволяет, перекатитесь сюда, в Горки… захватив с собою фунтов 16 Бадмаевских трав, Черткова [Черткова О. Д. — друг семьи Горького, фельдшерица, которая следила за здоровьем писателя] знает, как надо обращаться с ними, ох! — она очень хорошо знает это!»
В 1932 году вместе с учеными Института экспериментальной медицины А. М. Горький обсуждал вопрос о новых, более перспективных формах научно-исследовательской работы в области медицины. Он же взял на себя инициативу довести результат этих бесед до руководителей партии и правительства. Речь шла о создании комплексного научно-исследовательского института для всестороннего изучения здорового и больного человека. Предложение было принято. Основой этого центра стал Институт экспериментальной медицины, получивший по декрету Совнаркома от 15 октября 1932 года новый статус и, соответственно, переименованный во Всесоюзный институт экспериментальной медицины (ВИЭМ).
Именно в этот период Наркомздрав РСФСР наконец проявил интерес к предложению Н. Н. Бадмаева поставить на научную основу изучение тибетской медицины. С февраля 1932 года началась переписка по данному поводу между Нарком-здравом и руководством института.
Большинство ведущих сотрудников института одобрили проект, предусматривавший открытие стационара и амбулатории, создание лекарственного фонда за счет экспедиций, проведение лабораторных исследований, организацию музея, работу по переводу тибетской медицинской литературы и ряд других пунктов. Правда, даже соглашаясь с проектом, некоторые возражали против руководства в этом деле Н. Н. Бадмаева, отводя ему более скромную роль.
Но нашлись люди, которые горячо его поддержали. Профессора А. Д. Сперанский и В. В. Савич написали письмо на имя директора ВИЭМ (от 14 декабря 1932 года), убеждая руководство в необходимости организовать в стенах института систематическое изучение восточной медицины, научно-практическое значение которой «в лучшем случае игнорируется, в худшем — приравнивается к знахарству». Да, писали они, теория восточной медицины тесно связана с мистической философией Востока, но разве любая медицина — и восточная, и западная — не стремится использовать больше, чем может в данный момент объяснить? К тому же нельзя объяснить то, чего не знаешь и, главное, не хочешь знать. Необходимо вывести восточную медицину из подполья, ибо существующее положение делает ее достоянием шарлатанов, приносящих немалый вред. «Причины здесь те же, которые порождают религиозные суеверства. Те создавались господствующей религией, эти — господствующей медицинской школой, поддерживаемой наукой и охраняемой законом. Но подлинная наука не нуждается в такой защите. Задача закона — охранять не науку, а здоровье трудящихся от посягательств невежества, небрежности или спекуляции. И совершенно безразлично, к недрам какой именно школы причисляет себя сознательный или бессознательный вредитель».
Поддержал идею изучения тибетской медицины в стенах Всесоюзного института экспериментальной медицины и Н. И. Бухарин — видный политический деятель, действительный член АН СССР, редактор «Известий», возглавлявший в то время научно-исследовательский сектор ВСНХ. Об этом свидетельствует его письмо директору ВИЭМ Л. Н. Федорову:
"Дорогой тов. Федоров!
Я, по сути дела, присоединяюсь к записке Сперанского и Савича. По-моему, одна из благороднейших задач ученых СССР состоит в том, чтобы добиться синтеза между ценным наследием запада и востока, синтеза, которого не допускает империалистическая ориентация буржуазии, или во всяком случае мешает его созданию. Поэтому я бы думал, что в рамках вашего учреждения хорошо было бы отвести место и для работ Н. Н. Бадмаева, с соответствующей экспериментальной базой и обеспечением издания соответствующих трудов. Нам вовсе не след исходить из предрассудков культуры Средиземного моря или даже «белой расы». Да и наверняка можно a priori сказать, что мы могли бы получить немало ценного, если бы пошарили поглубже в сокровищах научной мысли востока.
30 декабря 1932 года в ВИЭМ наконец состоялось первое совещание, на котором выступил с докладом Н. Н. Бадмаев. А вскоре в Забайкалье отправилась экспедиция для сбора и заготовки животного лекарственного сырья и целебных растений. Задание было выполнено успешно. Кроме того, удалось приобрести и ценные книги по тибетской медицине.
В 1934 году при институте начало работать специальное Бюро по изучению восточной медицины во главе с фармакологом профессором С. В. Аничковым. Стоял вопрос и об открытии соответствующей клиники. Предполагалось развернуть исследования достаточно широко и включить в сферу научной проверки средства и методы врачебной науки не только Тибета, но и арабо-персидской медицины, что получило отражение в названии Бюро и клиники. Организационный период, однако, затягивался.
Руководителем клиники был назначен профессор С. П. Заводской, Н. Н. Бадмаеву отвели роль консультанта — для директора института Л. Н. Федорова он по-прежнему оставался нежелательным лицом, которому не следовало давать реальных прав. Результаты такого отношения проявились достаточно быстро — созданное подразделение было вскоре переименовано в Бюро восточной и народной медицины. Этот шаг не был случайным, хотя кроме Н. Н. Бадмаева никто не придал ему значения.
Н. Н. Бадмаев пытался убедить членов Бюро, что переименование знаменует собой принципиальное отступление от первоначальной идеи. Ведь тибетскую медицину нельзя приравнивать к народной и низводить ее до уровня знахарства. Не отдельные лекарственные средства надо испытывать, а изучать всю систему взглядов, весь врачебный арсенал, включающий помимо лекарственных препаратов диететику и разнообразные физические методы лечения.