С 1940 года Мюллер выполнял функции не только руководителя IV отдела РСХА, но и главного инспектора пограничной полиции. Это означало, что к его обычным обязанностям прибавились наблюдения за потоком пересекавших границу лиц, пресечение диверсий (совместно со службой контрразведки), паспортный и визовый контроль, розыск преступников, пытающихся скрыться за границей. В ведении «хитрого баварского лиса», как его называли сослуживцы, оказался и ряд финансовых вопросов, в частности контроль за уплатой налогов и утечкой капитала за границу. Несмотря на практически неограниченные возможности, Мюллер не воспользовался возможностью договориться с финансистами и создать солидный запас средств на будущее. Он оставался принципиальным и абсолютно неподкупным, жил только на положенное по должности жалованье, отказывался от дорогих подарков, которые могли быть восприняты как взятка. Эти качества были характерны для него и позже: когда члены СС имели право на получение спецпайков, Мюллер отказался от этой привилегии, воспользовавшись лишь общим правом на получение продуктовых карточек.
Историки единогласно отмечают, что к бизнесменам и крупным торговцам Мюллер относился настороженно. Он мог донимать их проверками, вызывать на допросы, в то время как простые служащие в аналогичных случаях отделывались простым предупреждением. Но наибольшее раздражение шефа гестапо вызывала интеллигенция. Хорошо известное высказывание Мюллера о том, что всех интеллигентов надо собрать в одну шахту и взорвать, многие пытаются объяснить тем, что он сам не получил надлежащего образования. Но, скорее всего, причина крылась в другом: в склонности интеллигенции к созданию десятков групп, обществ, партий, нарушающих священный для Мюллера порядок. Однажды он заявил: «Я ненавижу все союзы: НСЛБ, РДБ, союз юристов; я рад, что война навела здесь порядок». Не меньшее возмущение у него вызывала привычка интеллигентов подчеркивать свою элитарность и образованность.
Двадцатого января 1942 года он получил высокую награду – крест «За военные заслуги» II степени с мечами. Гиммлер и Гейдрих, рекомендуя своего подчиненного, дали ему исключительно высокую оценку: «…Он внес огромный вклад в борьбу с враждебными государству течениями, в подавление национальных движений сопротивления в оккупированных областях». За этой хвалебной оценкой стоит мрачная статистика.
С Принц-Альбрехтштрассе Мюллер руководил работой концлагерей, занимался разгромом сопротивления, поиском внедренных на территорию Германии разведчиков и, после захвата радиостанций, радиоиграми. Тем не менее, можно отыскать свидетельства, которые представляют Мюллера вовсе не садистом, наслаждающимся чужими страданиями, и даже не циником, ни во что не ставящим чужие жизни, а человеком, не чуждым справедливости.
Необъяснимые поступки Мюллера
Ряд показаний свидетелей, в том числе тех, кто прошел через допросы в гестапо, заставляют задуматься: а был ли Мюллер в действительности таким, каким его изобразили многие послевоенные историки? Известны примеры, когда он защищал простых солдат или случайно задержанных граждан от произвола. Например, солдату, которому грозило заключение в темном карцере, Мюллер выправил у окулиста справку, по которой ему было противопоказано содержание в темноте. Известно, что он отпускал обвиняемых, вина которых не была доказана документально.
Его решение принять в центральный аппарат гестапо Франца-Йозефа Губера, который во времена Веймарской республики активно вел преследование нацистов, а позже открыто выражал недовольство Гитлером, можно объяснить старой дружбой или стремлением получить дополнительную информацию в обмен на продвижение по службе. Однако довольно трудно найти объяснение тому, что он неоднократно противодействовал уничтожению евреев и военнопленных. По обнаруженным в архивах воспоминаниям сотрудников гестапо и других ведомств, Мюллер часто находил аргументы для замены отправки в концлагеря перевербовкой пленных, а детей и специалистов рекомендовал не уничтожать, а онемечивать. Ряд его циркуляров был направлен на смягчение репрессий для евреев, имевших заслуги перед Германией. Нашлись даже документы, которые свидетельствовали о том, что Мюллер напрямую отдавал приказ лечить советских военнопленных. Он также санкционировал организацию комиссии, в задачи которой входило выявление злоупотреблений со стороны начальников концлагерей и охранников. В ходе проверки часть из них была осуждена судом СС за излишнюю жестокость и неоправданные убийства.