Разумеется, Мюллер не шел против непосредственного начальства «в лоб», от него ни разу не слышали пространных речей в защиту еврейского населения. Однако он нередко приводил вполне разумные аргументы в пользу того, что людей использовать значительно выгоднее, чем расстреливать или морить голодом в концлагерях. Мог ли Мюллер прекратить геноцид еврейского населения в Германии? Учитывая идеологию нацизма и личную ненависть правящей партии к евреям – не мог. Он мгновенно стал бы жертвой той системы, созданием которой занимался.
Еще одной странностью Мюллера, которую ему по необъяснимой причине прощали соратники по СС, было почти открытое восхищение СССР. Точнее, налаженной системой разведки и контрразведки. Мюллер считался лучшим экспертом по этим вопросам и составлял пространные докладные записки для многих высоких чинов Германии: Гитлера, Гейдриха, Гиммлера. Шелленберг и ряд других лиц упоминают о том, что уже в ходе войны он не раз высказывался о превосходстве военной организации противника и несовершенстве нацистской идеологии. Иными словами, позволял себе обсуждать вопросы, за которые любого другого отдал бы приказ доставить в гестапо.
В одной и бесед, по словам Шелленберга, Мюллер назвал национал-социализм «кучей отбросов на фоне безотрадной духовной пустыни», а Россию представил как образец единой и мощной бескомпромиссной силы. В ходе разговора Мюллер высказал еще одну идею: если бы это было в его компетенции, он бы предпочел заключить мировое соглашение со Сталиным. В тот момент Шелленберг счел это провокацией, однако позже пришел к выводу, что его собеседник стал идеологическим перевертышем и сторонником той самой коммунистической системы, с которой так долго и успешно боролся на заре своей карьеры. Аналогичное наблюдение сделал анонимный осведомитель Гелена, написавший, что Мюллер является скрытым сталинистом.
Другие современники подмечали, что группенфюрер в конце войны нередко высказывал опасные мысли о превосходстве России, бездарности командования, грядущей катастрофе.
Тем не менее, Гитлер продолжал доверять Мюллеру. В конце концов, разве не стараниями гестапо проводилось «окончательное решение еврейского вопроса»? Разве не Мюллера стоит благодарить за раскрытие разведывательных сетей и предотвращение диверсий? И разве не он сумел раскрыть покушения, совершенные на фюрера в пивной в ноябре 1939 года и позже, 20 июля 1944-го?
Покушение 20 июля 1944 года было далеко не первой из 42 попыток убить Гитлера. Заговорщики еще до начала войны планировали остановить фюрера, толкавшего страну к кровопролитию. В июльском покушении принимали участие Штауффенберг и его адъютант Вернер фон Хефтен. Гитлера планировали убить при помощи бомбы во время совещания в ставке, однако все пошло совсем не так, как планировалось. Портфель с активированной бомбой, который Штауффенберг как бы случайно поставил рядом с фюрером, случайно передвинул полковник Брандт. Вышедший под предлогом телефонного разговора Штауффенберг услышал взрыв и поспешил скрыться. Однако Гитлер выжил, хотя и получил множество ранений, контузию и ожог ног. Началось расследование. Последовали аресты всех, кто был близок к заговорщикам. Всего было казнено 200 человек, представлявших собой цвет армии: генералы, полковники, фельдмаршал Вицлебен, а также дипломаты и государственные служащие. Довольно долго удалось скрываться начальнику криминальной полиции рейха Артуру Небе. Заслуга по поимке этого выдающегося, по мнению многих, человека, снабжавшего заговорщиков секретной информацией, принадлежит Мюллеру.
Ситуация, в которой оказался шеф полиции, была непростой. С одной стороны, участие Небе в заговоре подтверждалось целым рядом показаний. С другой стороны, Артур Небе пользовался не только уважением Мюллера (как и шеф гестапо, он поднялся с самых низов и сделал карьеру благодаря профессиональным качествам), но и его дружбой. Руководитель I отдела Вернер Бест отметил, что у Мюллера «не было товарищеских отношений с шефами других отделов, которые, к тому же, все были академиками, по сравнению с которыми Мюллер чувствовал себя скованно и испытывал комплекс неполноценности. Только между Мюллером и Небе установились такие дружеские отношения, не выходившие, однако, за служебные рамки, когда они говорили друг другу „ты“». Неизвестно, что чувствовал Мюллер, оказавшись перед необходимостью найти человека, с которым у него было немало общего, но медлить он не стал. Чтобы сбить со следа гестапо, Небе инсценировал самоубийство: оставил на пляже озера «дипломат», вошел в воду… Следов, ведущих в обратном направлении, не нашли, однако Мюллера эта уловка обмануть не могла.