В июне — ноябре 1919 года Георгий Пятаков был членом РВС, а в ноябре — членом РВС 42-й дивизии 13-й армии Южного фронта. В это время армия сначала вела упорные оборонительные бои, затем участвовала в августовском контрнаступлении Южного фронта, в результате которого было задержано наступление Добровольческой армии на Курск и Орел.
Пятакова вскоре отзывают в Москву и секретным приказом РВС Республики по личному составу армии Х° 10 от 8 января 1920 года назначают начальником Регистрационного управления Полевого штаба РВСР, временно исполняющим должность начальника того же управления Т. Самсонова — первым его помощником, а В. Ауссема — вторым, с 1-го января. Георгий Леонидович принял дела управления и 13 января приступил к исполнению своих обязанностей. А 31 января его назначают еще и комиссаром Академии Генерального штаба, предшественницы Военной академии им. М.В. Фрунзе.
1 января 1920 года вошли в действие новые Штат и Положение о Региструпре. В общем виде стоящие перед ним задачи формулировались следующим образом (§ 1): «Выяснение военных, политических, дипломатических и экономических планов и намерений стран, враждебно действующих против Российской Социалистической Федеративной Советской Республики и нейтральных государств, а также их отдельных групп и классов, могущих нанести тот или иной вред Республике…» Задания для Региструпра исходят от ПШ и РВСР. РВСР назначает начальника Управления и «через одного из своих членов имеет непосредственное наблюдение за деятельностью Региструпра».
В состав Управления вошли четыре отдела (мобилизационный, оперативный, информационный и хозяйственнофинансовый) и комендантская часть. Мобилизационный отдел привлекал сотрудников «для работы по тайной разведке», занимался их обучением и разрабатывал для них инструкции и указания. Оперативный — составлял общий и частный планы агентурных сетей, распределял задания между местными органами Региструпра и отдельными агентами, снабжал агентов всем необходимым для работы, опрашивал возвращающихся из-за рубежа людей и оценивал их сведения. Информационный обрабатывал и сводил все данные, получаемые от оперативного отдела и из зарубежной прессы и документов, издавал разного рода сводки, обозрения и т. п.; в его функции входило также «сообщение представителям Советской печати различных сведений из добытых Региструпром материалов, по утверждению начальником Региструпра». Работой по информации в Управлении, переданной из Всероссийского Главного штаба в конце 1919 года, с февраля 1920 года руководил В. Груздуп.
В «Положении» отмечалось, что, как и прежде, «ответственными работниками и сотрудниками Региструпра и его местных органов, независимо от занимаемой ими должности или выполняемой работы, могут быть лишь члены Р.К.П.». Но «в исключительных случаях работа может быть поручена и лицу, не состоящему членом Р.К.П., если за таковое лицо ручаются два ответственных работника Региструпра или его местных органов». Как видно из поставленных перед Региструпром задач, данное «Положение» представляло собой документ все еще военного времени.
Примером работы военной разведки в этот период может служить деятельность разведывательных органов одного из важнейших фронтов Гражданской войны — Западного. Уполномоченный Региструпра Полевого штаба РВСР по разведке в Польше И. Уншлихт докладывал Л. Троцкому 6 июня 1920 года (копия доклада была направлена и в Региструпр):
«15 декабря 1919 г. мне было поручено Вами организовать аппарат для агентурной разведки на Польшу. Сведения о польской армии и внутренней жизни страны, имеющиеся тогда в распоряжении Региструпа, были весьма скудны. Созданный мною за весьма короткое время аппарат сумел в течение трех месяцев выяснить и дать довольно точную картину организации польской армии и ее состава, а также обрисовать политическое и экономическое состояние страны. Получаемые за последнее время в довольно значительном количестве материалы пополняют лишь нашу схему и вместе с тем доказывают ее правильность. Можно было с большой достоверностью предполагать, что аппарат мой, развиваясь и укрепляясь, будет давать положительные результаты.
В апреле месяце Региструп, основываясь на том, что моя агентура является параллельной по отношению к фронтовому аппарату и выполняет ту же работу, настоял на слиянии этих двух аппаратов. Однако после происшедшего объединения оказалось, что мою агентуру нужно приспосабливать к фронтовой работе, изменяя задания и проч. Таким образом к моменту нашего наступления эта часть аппарата Регистрозапа находилась в стадии реорганизации.