С декабря 1919 года Владимир Христианович служит в центральном аппарате военной разведки. В приказе по Региструпру Полевого штаба РВСР № 148 от 29 декабря сказано: «Прибывший в распоряжение Регистрационного управления из штаба 8-й армии член РВС Ауссем назначается начальником 2 отделения 1 отдела с 25/XII-19 г. с прикомандированием к Управлению». В январе 1920-го он назначается помощником, затем заместителем начальника Региструпра. За подписью Ауссема были объявлены Положение и Штат регистрационных отделений штабов армий, ставших «органом, ведущим тайную агентурную разведку и руководящим таковой в дивизиях и контролирующим ее».
16 февраля 1920 года В. Ауссем сообщил в приказе по Управлению, что «вступил в исполнение должности начальника Регистрационного управления» в соответствии с приказом РВСР по личному составу № 64 от 15 февраля. Но днем ранее — 14 февраля — он подписал приказ № 42 по Управлению в качестве его начальника. В этом документе был приведен Штат Региструпра с предусмотренными в нем четырьмя отделами: мобилизационный, оперативный (агентурный), информационный и хозяйственно-финансовый. Ближайшими помощниками Ауссема стали его заместитель Д. Ипполитов и начальник оперативного отдела — впоследствии видный военный разведчик А. Аппен.
Между тем ситуация на фронтах менялась, и в апреле 1920 года Владимир Христианович докладывал, что разведка в тылу белогвардейских войск «на окраинах» страны отпадает или сокращается до минимума одновременно с очищением этих окраин. На первое место выходит глубокая разведка в странах Западной Европы, Японии и Америки, рассматриваемых в качестве потенциальных противников. Начальник военной разведки не сомневался, что в осуществлении планов этих стран против советского государства будет использована и многочисленная русская эмиграция. Заграничная тайная разведка, как писал начальник Региструпра, значительно отличается от разведки в тылу белогвардейцев, она требует большого политического кругозора, знания языков и местных условий, для чего достаточно 10–20 человек из старой (дореволюционной) русской эмиграции, которым можно доверить связи Коминтерна. Но проблема в том, чтобы найти их и отправить в распоряжение Управления. Резолюция на документе гласит: «Тов. Ауссему необходимо помочь людьми, знающими тамошние условия и языки».
В июне 1920 года в Региструпре произошел неприятный инцидент, который, вероятно, и привел к смене начальника Управления. 7 июня член РВСР и член РВС Юго-Западного фронта Сталин отозвал на фронт начальника Региструпра Юго-Западного фронта Ф. Маркуса, помогавшего в организации работы Закордонному отделу ЦК КП(б) У. 8 июня один из руководителей Закордота Ф. Кон телеграфировал Ауссему: «Вчера тов. Сталин приказанием по телеграфу отозвал Маркуса с работы и дал ему другое назначение. Я по прямому проводу указал Сталину на то, что он разрушает с таким трудом налаженную работу, но на него не подействовало. Решительно протестуя против такого образа действий, я вместе с тем не могу не указать, что для успешной работы я должен быть уверен в том, что присылаемые в мое распоряжение товарищи не будут сняты с поста без моего ведома и согласия. Если это условие не может быть соблюдено, я прошу прислать мне заместителя, который согласится при таких условиях вести столь ответственную работу. Я этого на себя не беру. Вызовите меня к прямому проводу. № 24. Феликс Кон. Верно начреги-стротделюгозапа военком Маркус».
В связи с этим происшествием Ауссем подал рапорт члену РВСР и военкому Полевого штаба РВСР Д. Курскому: «Успешное ведение агентурной разведки возможно исключительно при помощи партийных организаций. Это является не только результатом общих рассуждений, но блестяще подтверждается на деле на примерах Северных участков нашего Западного фронта, где вся эта работа проведена финским, эстонским и латышским Ц.К.-ми и зарубежными бюро. С большим трудом при содействии Ц.К. Р.К.П. Р.У. (Региструпру. — Примеч. сост.) удалось добиться от Ц.К. К.П.У. образования при нем закордонного бюро, которое уже приступило к работе и по докладам инспектора Р.У. (им был В. Груздуп. — Примеч. сост.) обещало в ближайшем будущем дать хорошие результаты. Между тем работа эта расстраивается уже вторично на протяжении одного месяца вмешательством членов Реввоенсовета ЮЗ фронта, отнимающих у этого бюро командированного в его распоряжение на роль инспектора тов. Маркуса. При таких условиях разрушения с трудом налаженной организации без предупреждения и по неизвестным мотивам, я принужден сложить с себя ответственность за дальнейшую постановку дела агентурной разведки и за возможные сюрпризы на фронте. Понимая же, что подобное сложение с себя ответственности, занимающего определенную должность лица вообще недопустимо, прошу освободить меня от должности Начальника Регистрационного Управления для какого угодно иного назначения по усмотрению Реввоенсовета». Рапорт Ауссема датирован 10 июня. На следующий день он выбыл в распоряжение члена РВСР Д. Курского, а его на посту начальника сменил Я. Ленцман. Ф. Маркус в августе 1920 года вернулся на должность начальника Регистротдела Юго-Западного фронта и одновременно возглавил Закордонный отдел ЦК КП(б) У.