В июле 1918 года, когда в Ярославле вспыхнул контрреволюционный мятеж, Я. Ленцмана назначили председателем Ярославского губернского военно-революционного комитета, во главе которого он встал 11 июля и принял на себя общее руководство подавлением мятежа. Через три дня в помощь ВРК прибыл отряд Красной армии под командованием А. Геккера. Уже на следующий день, после ожесточенных боев, руководитель мятежа А. Перхуров вместе с отрядом в пятьдесят человек бежал из города. К 22 июля от мятежников были очищены и окрестности города. После подавления мятежа Яна Ленцмана послали уполномоченным ЦК РКП(б) в Орел.
С декабря 1918 года он вновь работает в Советской Латвии как член Временного советского правительства, с января 1919-го — заместитель председателя СНК и комиссар внутренних дел, с марта 1919-го — член ЦК КПЛ. В апреле 1919 — феврале 1920 года Ленцман назначен членом РВС и начальником политотдела Армии Советской Латвии, преобразованной 7 июня 1919 года в 15-ю армию. Армия вела оборонительные бои против германских, эстонских, латышских и белогвардейских войск и в июле оставила территорию Латвии, освобождала Псков в aBi-усте, воевала с армией Юденича, вела наступление в октябре — ноябре на Лугу, Волосово, Гдов и Ямбург. Яна Давидовича отозвали из армии в феврале и послали на партийную работу — заместителем председателя зарубежного бюро компартии Латвии. В соответствии с решением декабрьского 1919 года совещания в Региструпре, партийные загранбюро действовали в тесном контакте с военной разведкой.
Начальником Регистрационного управления Полевого штаба РВСР Яна Давидовича назначили в августе 1920 года. Прошло немногим более месяца, и заместитель председателя РВСР Э. Склянский, главком С. Каменев утвердили Положение и Штат Региструпра, вторично в течение одного года. В то же время Политбюро ЦК ВКП(б) принимает решение о создании закордонной разведки, в котором говорится: «Только серьезная, правильно поставленная разведка спасет нас от случайных ходов вслепую».
Первым пунктом сентябрьского «Положения» стояло определение того, чем является Региструпр («самостоятельным органом стратегической агентурной разведки глубокого типа и центральным органом управления подведомственных ему органов агентурной разведки штабов Округов, Фронтов и Отдельных действующих армий не, входящих в состав фронтовых войсковых соединений»), и затем только указывались его задачи («действует в мирное и военное время добывая все необходимые сведения и разрабатывая их по всем вопросам в областях: военной, дипломатической и экономической жизни всех стран. В военное время главенствующее значение приобретает выяснение планов и намерений враждебно действующих государств и нейтральных стран с целью выяснения их ближайшей политической конъюнктуры и заблаговременного определения возможных противников»).
Согласно новому «Положению», управление разрабатывает и выполняет задания РВСР, которые даются ему непосредственно или через Полевой штаб. Подчиняется Региструпр непосредственно комиссару ПШ и через него — РВС Республики.
В состав Региструпра теперь входило пять отделов: оперативный (агентурный), информационный, общий, организационный и хозяйственно-финансовый. Функции их распределялись следующим образом:
Оперативный отдел — составление общего и частных планов агентурных сетей, насаждение агентуры в соответствии с планами, разработка и распределение заданий между местными органами и отдельными агентами, общее и личное детальное инструктирование агентов и снабжение их всем необходимым, приглашение агентов на службу и сбор сведений от них. оценка полученных сведений, подбор и представление на утверждение РВСР «официальных, неофициальных и полуофициальных военных представителей». Последнее было новой обязанностью для Региструпра, раньше военнодипломатической работой занимался Всероссийский Главный штаб (ВГШ);
Информационный отдел — обработка и сводка полученных из различных источников сведений, обработка зарубежной и иностранной прессы и документов, издание различных сводок, направляемых по утвержденному начальником Региструпра перечню адресов;