Общий отдел — рассылка секретных пакетов Управления, ведение персонального учета сотрудников («открытых») и приказов по Региструпру, общее делопроизводство, хранение шифров и соответствующей переписки; отдел ведал также типографией и комендатурой;
Организационный отдел — учет и распределение открытых (легальных) ответственных работников Управления и подчиненных ему органов, организация новых и реорганизация по мере необходимости существующих низовых подразделений, контроль и координация их действий и периодическое инспектирование, разработка разного рода нормативных документов.
По сентябрьскому штату в Управлении было предусмотрено 327 сотрудников.
Осенью — зимой 1920–1921 годов в военную разведку приходят люди, имеющие опыт подпольной партийной и разведывательной или контрразведывательной работы. Среди них те, кто много сделал для организации деятельности Управления и немало лет проработал в центральном аппарате и за рубежом: помощник начальника управления А. Зейбот; начальник оперативного отдела Я. Берзин и его сотрудники Я. Биркенфельд. К. Звонарев, Н. Новицкий; начальник информационного отдела О. Дзенис и его сотрудники Я. Фрейман, С. Будкевич; начальник организационного отдела В. Груздуп и его сотрудники О. Стигга, Н. Мустафин и другие.
В феврале 1921 года Ленцман обратился к руководству РВСР с просьбой о выделении сумм, необходимых для дальнейшей работы Региструпра. Он заметил при этом, что принял Региструпр в августе 1920 года в нерабочем состоянии: если какие сведения и добывались, то только войсковой разведкой, причем из-за нескоординированности действий центра и его местных органов каждый действовал в меру своего понимания дела. Поэтому в Латвию, например, различные подразделения разведки заслали примерно 700 агентов, а в Грузию — не менее 500. Поскольку подходящих людей найти было трудно, то на агентурную работу за рубеж и в местные подразделения посылали кого придется. Ленцман утверждал, что среди агентов процветали пьянство, провокации и спекуляция. Теперь же (т. е. при нем) все изменилось — новые небольшие аппараты Региструпра (например, в Литве, Латвии, Эстонии, Германии и Польше) дают более ценную информацию, чем старые громоздкие организации.
К тому времени ПШ РВСР уже был объединен с Всероссийским Главным штабом, и на их основе образовался Штаб РККА — единый орган управления всеми Вооруженными силами Республики. Региструпр теперь преобразовывался в Разведывательное управление. В связи с этим 13 марта 1921 года Ян Ленцман передал на утверждение проект Положения и Штата Разведупра Штаба РККА, в составлении которого принял участие и начальник агентурного отдела Я. Берзин. Исходя из уже имевшегося опыта работы, разработчики проекта писали: «Начальники отделов и отделений должны быть особо выдающимися специалистами своего дела, хорошими организаторами и вполне надежными в политическом отношении»; «работа в отделе должна вестись непрерывно днем и ночью, поэтому необходимо, чтобы помощники начальников отделений могли сменяться»; «ввиду чрезвычайной трудности и ответственности работы, оплата труда начальников отделов и отделений и их помощников должна быть наивысшая; кроме того необходимо обеспечить этих сотрудников всеми видами довольствия и освободить их от всяких хозяйственных повинностей».
Но уже вскоре после этого Ленцман приказом РВСР по личному составу № 123 от 12 апреля 1921 года был освобожден от занимаемой должности из-за назначения на хозяйственные работы. 15 апреля он подал рапорт комиссару Штаба РККА К. Данишевскому: «Доношу, что согласно распоряжения Ц.К. Р.К.П. и согласно распоряжения Зампредреввоенсовета Республики тов. Склянского сдал дела Регистрационного Управления моему помощнику тов. Зейботу и сего числа отправляюсь в Петроград для поступления на новую должность Нач. Петроградского Торгового Порта».
В дальнейшем он занимал следующие посты: начальник Петроградского торгового порта (1921–1924) и член Петроградского губкома РКП(б); заместитель председателя правления Китайско-Восточной железной дороги (1924–1925); председатель правления Совторгфлота (1925–1931), работал в латышской секции Коминтерна, был управляющим сибирским филиалом «Гипромеза» в Томске, помощником начальника Управления государственных доходов Наркомата финансов, начальником общей группы отдела кадров строительства Дворца Советов. Этот грандиозный проект, как известно, не был осуществлен. На месте прежнего строительства долгое время был бассейн «Москва», а затем был восстановлен храм Христа Спасителя.